Pulmonaire

Le microbiote pulmonaire est longtemps resté méconnu, car il était couramment admis que des poumons sains étaient stériles. Ce paradigme a été remis en question avec la découverte des différents microbiotes humains.

Passées les voies aériennes supérieures (VAS - fosses nasales et cavité orale), les voies aériennes inférieures (VAI) dévoilent un écosystème bactérien spécifique très divers d’un point de vue qualitatif mais modeste d’un point de vue quantitatif1-2. Ceci s’explique notamment par la présence dès la trachée de systèmes de protection spécifique : système muco-ciliaire, réflexe glottique et toux, barrières physiques contre l’entrée d’organismes pathogènes.

La composition du microbiote pulmonaire, loin d'être uniforme, varie fortement entre les voies aériennes supérieures (nez, bouche) et les voies aériennes inférieures (poumons, bronches...)1-4. Chez les individus sains, les phyla prédominants sont les Bacteroidetes, les Firmicutes et les Proteobacteria (Streptococcus, Prevotella, Fusobacterium, Veillonella et Pseudomonas)5 devant Haemophilus et Neisseria6. En raison de la présence possible de virus et de champignons au niveau des poumons, d’éventuelles interactions in situ entre ces mirco-organismes et des bactéries, peuvent être envisagées dans la genèse de pathologies6.

Rôle supposé et dysbiose

Cette colonisation bactérienne au niveau pulmonaire pourrait être en partie issue de la contamination des VAI par les VAS lors de la réalisation d’examens bronchiques1, mais des biopsies réalisées sur des poumons explantés suggèrent que cet écosystème est réellement spécifique aux poumons 2,7. La complication pour étudier ce microbiote est donc d’éviter toute contamination extérieure.

Le rôle exact du microbiote respiratoire n’est pas encore bien élucidé : il serait très probablement impliqué dans la défense de l’hôte vis-à-vis de certaines pathologies, notamment l’allergie respiratoire8. L’équilibre de ce microbiote peut d’ailleurs être modifié par des facteurs exogènes (sondes d’intubation, tabac, virus ou médicaments) ou endogènes (altération de la clairance mucociliaire, du réflexe glottique ou de l’immunité locale). La dysbiose ainsi créée pourrait peut-être expliquer la survenue de certaines pathologies pulmonaires.

Sources
1 - Charlson ES et al. Topographical continuity of bacterial populations in the healthy human respiratory tract. Am J Resp Crit Care Med 2011 : 184 : 957-63. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21680950
2 – Erb-Downward JR et al. Analysis of the lung microbiome in the « healthy » smokers and in COPD. PLOs ONE 2011 ;6 :e16384. http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0016384
3 - Hilty M et al. Disordered microbial communities in asthmatic airways. PLoS ONE 2010 ; 5(1):e8578. http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0008578
4 - Charlson ES et al. Lung-enriched organisms and aberrant bacterial and fungal respiratory microbiota after lung transplant. Am J Respir Crit Care Med 2012 ; 186(6) : 536-45. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22798321
5 - Huang YJ, Lynch SV. The emerging relationship between the airway microbiota and chronic respiratory disease : clinical implications. Expert Rev Respir Med 2011 ; 5(6) : 809-21. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22082166
6 - Beck JM, Young VB, Huffnagle GB. The microbiome of the lung. Transl Res 2012 ; 160(4) : 258-66. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22683412
7 – Sze MA et al. The lung tissue microbiome in chronic obstructive pulmonary disease. Am J Resp Crit Care Med 2012 ; 185(10) : 1073-80. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22427533
8 – Nembrini C et al. Bacterial-induced protection against allergic inflammation through a multi-component immunoregulatory mechanism. Thorax 2011 ; 66(9) : 755-63. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/articles/21422039/

Les pathologies

Une dysbiose peut être à l'origine de multiples pathologies ayant des répercussions sur différents organes.

Agir sur le microbiote

Une modulation du microbiote en vue d'un rééquilibrage est possible. 5 procédés existent à l'heure actuelle.

  • Probiotiques

    L’OMS définit les probiotiques comme étant des « Microorganismes vivants qui, lorsqu’ils sont administrés en quantité adéquate, confèrent un bénéfice pour la santé de l’hôte ».
    Voir

Les différents microbiotes

Intestinal

Le microbiote intestinal est un organe à part entière.
Mieux caractérisé grâce à la métagénomique, il livre peu à peu ses secrets. Hautement diversifié, il vit en étroite relation avec son hôte. Etabli dès la naissance, il est spécifique de chaque individu et remplit différentes fonctions au sein de l’organisme : effet de barrière, fonctions trophique, métabolique, immunitaire… et d’autres qui restent à élucider.

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Vaginal

Le microbiote vaginal, écosystème constitué de micro-organismes, est dominé par le genre Lactobacillus. Son équilibre est fragile et des changements dans sa composition occasionnent des infections.

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ORL

Le microbiote ORL est un microbiote d’une extrême richesse. On estime sa diversité à au moins 700 espèces différentes.

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Cutané

Le microbiote cutané est extrêmement diversifié. Sa composition varie selon les zones cutanées et selon les individus, et son déséquilibre est associé à des maladies de peau.

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Pulmonaire

Le microbiote pulmonaire est longtemps resté méconnu, car il était couramment admis que des poumons sains étaient stériles. Ce paradigme a été remis en question avec la découverte des différents microbiotes humains.

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Urinaire

L’existence d’un microbiote urinaire a été découverte très récemment et ce dernier commence seulement à être décrit. Des déséquilibres de cette flore pourraient être associés à des troubles de l’appareil urinaire.

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Le BMI en bref

Le Biocodex Microbiota Institute, référence internationale sur les microbiotes

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