Mikrobiotę można znaleźć w różnych częściach ciała: na skórze, w przewodzie pokarmowym, układzie oddechowym, układzie moczowo-płciowym itp.

„Flora jelitowa” to stare pojęcie powszechnie używane do określania mikrobioty jelitowej. Te dwa pojęcia oznaczają to samo.

Ekosystem to dynamiczny zbiór organizmów żywych (roślin, zwierząt i mikroorganizmów) wchodzących w interakcje ze sobą i środowiskiem (glebą, warunkami atmosferycznymi, wodą, światłem itp.), w którym żyją.

Mikrobiota jelitowa ma wiele funkcji: odgrywa rolę w metabolizmie gospodarza (uczestnicząc we wchłanianiu pożywienia), rolę barierową (chroni przed patogenami), rolę obronną (stymuluje układ odpornościowy) i rolę podtrzymującą (na przykład podtrzymywanie nabłonka jelitowego). Znajduje się w sercu interakcji z różnymi narządami i między innymi uczestniczy w przekazywaniu informacji na osi jelita–mózg, stąd nazwa „drugi mózg”.

Mikrobiota jelitowa powstaje przy urodzeniu, prawdopodobnie nawet wcześniej, poprzez wymianę łożyskową między matką a płodem. Środowisko zewnętrzne i znajdujące się w nim mikroorganizmy, a także dieta (mleko matki, pożywienie) również uczestniczą w tym procesie.

Różne mikroorganizmy, w tym określone gatunki bakterii, tworzą mikrobiotę jelitową. W przewodzie pokarmowym krążą gatunki dominujące, rzadsze i przejściowe. W okrężnicy występuje prawie 10 000 miliardów bakterii, to znaczy tyle, ile komórek w ludzkim organizmie.

Obecnie mikrobiota jest analizowana głównie za pomocą technik identyfikacyjnych opartych głównie na badaniu genów (DNA) występujących w jelitach mikroorganizmów (metagenomiki).

Mikrobiota jelitowa będzie ewoluować przez całe życie i będą na nią wpływać różne czynniki środowiskowe. Powstaje ona na przestrzeni lat, w okresie od urodzenia do trzeciego roku życia. Następnie różnicuje się, aby ustabilizować się w okresie dorosłości. Ostatecznie z biegiem lat flora jelitowa zmniejsza się u osób starszych. Pewne czynniki, takie jak leki (na przykład antybiotyki), zakażenia, zmiana środowiska, choroba, stres itp., również mogą wpływać na mikrobiotę.

Każda osoba ma unikatową mikrobiotę. Nazywamy ją „podpisem”. Jedynie mała część gatunków występuje w całej populacji ludzkiej: około 60 gatunków bakterii występuje u 50% osób w tym samym obszarze geograficznym.

Mikrobiota to nazwa nadawana zbiorowi mikroorganizmów (głównie bakterii, wirusów, grzybów itp.), które kolonizują konkretne miejsca w organizmie. Mikroorganizmy te żyją w harmonii z organizmem i wchodzą ze sobą w interakcje, aby zapewnić mu bezproblemowe funkcjonowanie.