Dysbioza jest odzwierciedleniem braku równowagi w mikrobiocie po zmianach ilościowych i jakościowych w składzie flory bakteryjnej. Jest to związane ze szkodliwymi skutkami dla gospodarza, co może prowadzić do rozwoju określonych chorób.

Przypuszcza się, że mikrobiota jelitowa może odgrywać pewną rolę w występowaniu niektórych chorób neurodegeneracyjnych. W chorobie Parkinsona może występować przewlekłe zakażenie jelit spowodowane przez bakterię Helicobacter pylori skutkujące zakłóceniem osi komunikacyjnej między jelitami a mózgiem. U dzieci z autyzmem zaobserwowano brak równowagi mikrobioty (dysbiozę), która również w tym przypadku zakłóca wymianę informacji między jelitami a mózgiem. W innych przypadkach, takich jak choroba Alzheimera, mikrobiota to obiecujący obszar badań naukowych, który może pomóc dociec przyczyn tych chorób.

Zmniejszenie albo zwiększenie liczebności niektórych gatunków bakterii względem innych może zakłócić równowagę wspomnianej mikrobioty i prowadzić do rozwoju choroby. Taki brak równowagi (albo dysbioza) może dotyczyć różnych rodzajów mikrobioty: jelitowej, skórnej, oddechowej, moczowo-płciowej, ucha, nosa i gardła itp. Na przykład dysbioza mikrobioty jelitowej jest związana z różnymi zaburzeniami jelitowymi (biegunką poantybiotykową, przewlekłym nieswoistym zapaleniem jelit, zespołem jelita drażliwego itp.) oraz zaburzeniami pozajelitowymi (cukrzycą, otyłością, chorobą neurodegeneracyjną itp.).

Choroby alergiczne wiążące się z dysbiozą obejmują alergiczne zapalenie błony śluzowej nosa i egzemę atopową, szczególnie u dzieci.

Przyczyny dysbiozy są różne: leczenie farmakologiczne (szczególnie antybiotyki), zmiana diety albo środowiska, zakażenia wirusowe, bakteryjne albo pasożytnicze, choroby, stres itp. Wszystkie one mogą spowodować zachwianie równowagi mikrobioty.

Niektóre bakterie mikrobioty wywołują ekspresję białek, które odgrywają rolę w pozyskiwaniu energii z pożywienia. Gdy ilość pozyskiwanej energii się zwiększa, następuje akumulacja tłuszczu i zwiększenie masy ciała.

Antybiotyki niszczą część mikrobioty jelitowej poprzez zmniejszenie liczby i różnorodności bakterii nabłonka jelitowego. Skutkami krótkoterminowymi jest biegunka, a długoterminowe skutki mogą prowadzić do alergii, cukrzycy albo otyłości.

Mikrobiota jelitowa odgrywa rolę w metabolizmie gospodarza; uczestniczy w trawieniu pożywienia, absorpcji substancji odżywczych oraz magazynowaniu energii. Różne badania wykazały dysbiozę u pacjentów otyłych i cukrzyków. U zwierząt badacze wykazali nawet, że zaburzenia metabolizmu mogą być przenoszone przez mikrobiotę jelitową z jednego zwierzęcia na drugie. Obecnie badania skupiają się na identyfikacji nowych metod leczenia pozwalających na modulowanie mikrobioty jelitowej.

Badacze podejrzewają, że brak równowagi mikrobioty jelitowej prowadzi do problemów żołądkowych, szczególnie zaburzeń czynnościowych jelit, zarówno u dzieci, jak i dorosłych.

Mikrobiota jelitowa odgrywa pewną rolę w rozwoju zespołu jelita drażliwego i nieswoistego zapalenia jelit. W przypadku tych chorób zaobserwowano brak równowagi mikrobioty (dysbiozę) i może to być przyczyna reakcji zapalnych ze strony nabłonka jelitowego, które to reakcje powodują tego rodzaju problemy.