Obecnie w ramach leczenia niektórych chorób (biegunki poantybiotykowej, zespołu jelita drażliwego, zapalenia żołądka i jelit) możemy oddziaływać na florę jelitową w celu przywrócenia jej równowagi, wprowadzając pożyteczne mikroorganizmy (bakterie, drożdżaki).

Można modyfikować mikrobiotę. W tym celu można stymulować wzrost pożytecznych gatunków drobnoustrojów poprzez przyjmowanie prebiotyków albo wprowadzać pożyteczne mikroorganizmy poprzez przyjmowanie probiotyków. Jednocześnie konieczna jest zdrowa dieta (bogata w błonnik, niskotłuszczowa itp.). W niektórych przypadkach przeszczep flory jelitowej będzie wykorzystywany w celu wywarcia wpływu na mikrobiotę i skorygowania dysbiozy (na przykład w przypadku zakażenia spowodowanego przez Clostridium difficile).

Probiotyki to specjalne żywe mikroorganizmy, które w odpowiedniej ilości mają pozytywny wpływ na zdrowie. Prebiotyki to błonnik, który stanowi składnik odżywczy sprzyjający rozwojowi pożytecznych bakterii mikrobioty. Probiotyki i prebiotyki mają wzajemnie uzupełniające się działanie.

Prebiotyki to nieulegający strawieniu błonnik (inulina, fruktooligosacharydy [fructooligosaccharide, FOS], galaktooligosacharydy [galactooligosaccharide, GOS]) w diecie, które selektywnie stymulują wzrost pożytecznych bakterii w okrężnicy wchodzących w skład mikrobioty gospodarza.

Probiotyk to specjalny żywy mikroorganizm (np. Lactobacillus, Bifidobacterium, Saccharomyces itp.), który po spożyciu w odpowiednich ilościach wywiera korzystny wpływ na zdrowie gospodarza. Probiotyki występują naturalnie w niektórych pokarmach, jak również w lekach i suplementach diety.

Probiotyki były przedmiotem badań klinicznych, które wykazały pozytywny wpływ w szeregu przypadków: zapalenie żołądka i jelit, biegunka poantybiotykowa, zespół jelita drażliwego, przewlekłe nieswoiste zapalenie jelit, zapobieganie biegunce u podróżnych, zakażenia dróg oddechowych, zakażenia układu moczowo-płciowego oraz choroby na tle alergicznym.

Każdy probiotyk (bakteria, drożdżak) ma specjalny mechanizm działania, charakterystyczny dla danego szczepu. Będzie działał zgodnie ze swoimi właściwościami fizjologicznymi i farmakologicznymi. Istnieją dwa mechanizmy działania:
• poprzez stymulację odporności immunologicznej;
• poprzez uwalnianie związków przeciwdrobnoustrojowych zwalczających mikroorganizmy patogenne;
• poprzez blokowanie toksyn uwalnianych przez bakterie patogenne.

Przeszczep mikrobioty jelitowej polega na wprowadzeniu kału od jednego albo większej liczby zdrowych dawców do jelit pacjenta w celu przywrócenia równowagi florze jelit. Celem tego zabiegu jest wsparcie pacjenta w walce ze szkodliwymi bakteriami. Obecnie jest on stosowany w przypadku większości poważnych zakażeń, takich jak zakażenie spowodowane przez bakterię Clostridium difficile.