Podczas leczenia antybiotykami dzieci albo dorosłych lekarz może zalecić przyjmowanie probiotyków, aby zapobiec biegunce.

Obecna wiedza naukowa nie pozwala na ogólne prewencyjne stosowanie probiotyków. Jednakże w pewnych sytuacjach możliwe jest zalecenie podawania konkretnych probiotyków jako środka profilaktycznego (biegunka poantybiotykowa, biegunka u podróżnych, nawracające zapalenie pęcherza moczowego, alergiczny nieżyt nosa itp.).

Równowaga flory jelitowej jest częściowo związana z przyzwyczajeniami żywieniowymi. Dobra dieta (bogata w błonnik, niskotłuszczowa) pomaga zachować zróżnicowaną, wysokiej jakości mikrobiotę, co korzystnie wpływa na jej prawidłowe funkcjonowanie.

Probiotyki przyczyniają się do zachowania równowagi mikrobioty jelitowej i pomagają zapobiegać biegunce poantybiotykowej i biegunce u podróżnych. Pomagają również przywrócić jej równowagę, a co za tym idzie – leczyć zakaźne zapalenie żołądka i jelit. Ich stosowanie oparte jest na zaleceniach lekarza.

Obecnie główne sposoby zapobiegania występowaniu alergii pokarmowych są oparte na unikaniu konkretnych produktów spożywczych. Badacze sugerują możliwą rolę probiotyków w zapobieganiu rozwojowi alergii.

Niektóre produkty spożywcze pomagają podtrzymać mikrobiotę jelitową. Również sfermentowane produkty spożywcze, takie jak kapusta kiszona oraz sfermentowany nabiał są źródłem probiotyków. Endywie, banany, pory, nasiona roślin strączkowych, karczochy itp. zapewniają korzyści, takie jak wysoka zawartość błonnika, który ma pozytywny wpływ na ekosystem jelit.

Uznaje się, że karmienie piersią wpływa na rozwój mikrobioty jelitowej o prawidłowym składzie. Dlatego też wykształcenie zrównoważonej mikrobioty po narodzeniu pomaga zapobiegać niektórym chorobom (astmie, alergiom itp.).

Obecnie nie istnieją standardowe badania dotyczące profilaktyki chorób związanych z mikrobiotą.