Mode d’accouchement et virome intestinal infantile semblent liés

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Le mode d’accouchement influerait sur la composition de la flore virale des intestins des nouveau-nés, selon une nouvelle étude. Les virus eux-mêmes auraient un rôle majeur, encore méconnu, sur le bon développement du microbiote intestinal.

 

Un microbiote intestinal riche et diversifié dès la première année de vie semble être le gage de risques minorés de développer plus tard obésité, diabète ou encore maladies intestinales. Et le mode d’accouchement a une influence majeure sur le développement de cette flore naissante, mais les études sur le sujet se sont surtout focalisées sur les espèces bactériennes, délaissant d’autres résidents tout aussi importants : les virus. Une équipe irlandaise y a remédié en partie en réalisant la première étude relative à l’impact du mode d’accouchement sur la composition du virome infantile.

Plus d’Anelloviridae dans l’accouchement par voie basse

Les chercheurs ont prélevé des échantillons de selles chez 20 nourrissons âgés d’un an, la moitié d’entre eux nés par césarienne, l’autre par accouchement par voie basse. Caudovirales, Microviridae et Anelloviridae étaient les virus détectés les plus abondants dans les deux cohortes. Surtout, le microbiote viral des bébés nés par voie basse s’est révélé nettement plus riche que celui des bébés nés par césarienne. En particulier, les Anelloviridae étaient nettement plus nombreux, notamment le Torque Teno Virus (TTV), un virus très répandu dans la population humaine et retrouvé dans tous les compartiments biologiques bien que son rôle demeure méconnu. De précédents travaux ont montré que les Anelloviridae portés au niveau intestinal atteignaient un pic entre 6 mois et 1 an, avant de décroître à partir de l’âge de 15 mois. Leur origine reste difficile à établir tant les sources de colonisation possibles semblent variées : les auteurs énumèrent ainsi la transmission maternelle lors de l’accouchement et de l’allaitement, mais aussi les contacts avec le deuxième parent, les autres enfants et l’environnement.

Des virus prédateurs pour diversifier la flore ?

Quel rôle jouent donc ces virus au sein du microbiote intestinal ? Certains virus – les bactériophages – sont capables d’infecter les bactéries, dont celles présentes dans la flore digestive comme le phage crAss*. Ce phage est connu comme étant un grand prédateur de bactéries du phylum des Bacteroidetes, elles-mêmes présentes en grand nombre dès les premiers mois de vie. D’autre part, des séquences proches de phages infectant deux différentes souches de Bifidobacterium longum ont été détectées en plus grand nombre chez les nourrissons nés par voie basse. Pour les auteurs, ces résultats pointent vers une place à part entière des virus intestinaux qui, par leur pression de prédation notamment, contribueraient à accroître la diversité des espèces bactériennes dès le plus jeune âge.

 

*Cross-Assembly, la technique qui a permis de le détecter

 

Sources :

A McCann et al. Viromes of one year old infants reveal the impact of birth mode on microbiome diversity. PeerJ. May 2018 7;6:e4694