A microbiota humana pode ser encontrada em diferentes partes do corpo: pele, trato digestivo, sistema respiratório, sistema urogenital, etc.

«Flora intestinal» é um termo mais antigo comummente utilizado para definir a microbiota intestinal. Os dois termos têm o mesmo significado.

Um ecossistema é um conjunto dinâmico de organismos vivos (plantas, animais e microrganismos) que interagem entre si e com o ambiente (solo, clima, água, luz, etc.) em que vivem.

A microbiota intestinal tem muitas funções: desempenha um papel no metabolismo do hospedeiro (participando na absorção de alimentos), um papel de barreira (escudo contra agentes patogénicos), um papel de defesa (estimulando o sistema imunitário) e um papel de manutenção (mantendo a mucosa intestinal, por exemplo). Está no centro das interações com vários órgãos e, entre outras coisas, está envolvida na transmissão da informação ao longo do eixo cérebro-intestino, de onde vem a expressão «segundo cérebro».

A microbiota intestinal é formada à nascença, provavelmente ainda antes, através de trocas placentárias entre a mãe e o feto. O ambiente exterior e os seus microrganismos, assim como a dieta (leite materno, alimentos) também participam no seu desenvolvimento.

Vários microrganismos, incluindo algumas espécies de bactérias, compõe a microbiota intestinal. Há espécies dominantes, raras e transitórias em circulação no trato digestivo. O colon é povoado por 10 000 biliões de bactérias, o que é o mesmo que dizer, tantas quanto o número de células no corpo humano.

Atualmente, a microbiota é analisada sobretudo através de técnicas de identificação baseadas principalmente no estudo genético (ADN) dos micro-organismos (metagenómica) que constituem o intestino.

A microbiota intestinal vai desenvolver-se ao longo da sua vida e ser influenciada por diversos fatores ambientais. É formada ao longo de vários anos, do nascimento aos três anos de idade. Continua a desenvolver-se até estabilizar na idade adulta. Por fim, à medida que os anos passam, a flora intestinal encontra-se diminuída nos idosos. Algumas coisas podem ainda alterar a microbiota, como a toma de medicamentos (antibióticos, por exemplo), infeções, uma mudança de ambiente, doença, stress, etc.

Cada pessoa tem uma microbiota única, como se fosse uma «assinatura». Apenas uma pequena fração de espécies é amplamente partilhada na população humana: aproximadamente 60 espécies bacterianas habitam 50 % dos indivíduos de uma mesma área geográfica.

A microbiota é o nome dado ao conjunto de microrganismos (sobretudo bactérias, vírus, fungos, etc.) que colonizam zonas específicas do corpo. Estes microrganismos vivem em harmonia com o corpo e interagem por forma a assegurar o seu bom funcionamento.