On trouve un microbiote dans différentes parties du corps : peau, tube digestif, appareil respiratoire, appareil uro-génital…

La « flore intestinale » est le terme ancien et couramment utilisé pour définir le microbiote intestinal. Les deux termes ont la même signification.

Un écosystème désigne un ensemble dynamique d'organismes vivants (plantes, animaux et micro-organismes) qui interagissent entre eux et avec le milieu (sol, climat, eau, lumière….) dans lequel ils vivent.

Le microbiote intestinal présente de nombreuses fonctions : il exerce un rôle dans le métabolisme de l’hôte (participation à l’assimilation des aliments), un rôle de barrière (bouclier contre les pathogènes), un rôle de défense (stimulation du système immunitaire) et enfin un rôle de maintenance (entretien de la muqueuse intestinale par exemple). Il est au cœur d’interactions avec différents organes, et serait, entre autres, impliqué dans la transmission d’informations selon un axe intestin-cerveau, d’où l’appellation de « deuxième cerveau ».

Le microbiote intestinal se constitue dès la naissance, probablement même avant, au travers des échanges placentaires entre la mère et le fœtus. L’environnement extérieur et ses micro-organismes ainsi que l’alimentation (allaitement, aliments) participent largement à son élaboration.

De nombreux micro-organismes dont des centaines d’espèces de bactéries composent le microbiote intestinal. Il existe des espèces dominantes, des espèces plus rares et des espèces transitoires circulant le long du tube digestif. Le côlon serait peuplé de près de 10 000 milliards de bactéries, soit autant que le nombre de cellules du corps humain.

Actuellement, l’analyse du microbiote se fait principalement par l’utilisation de techniques d’identification basées principalement sur l’étude des gènes (ADN) des micro-organismes (métagénomique) qui peuplent l’intestin.

Le microbiote intestinal va évoluer au cours de la vie et être influencé par divers facteurs environnementaux. Il se constitue dès la naissance jusqu’à l’âge de 3 ans. Puis, il continue de se diversifier pour se stabiliser à l’âge adulte. Enfin, au fil des années la flore intestinale s’appauvrit chez les seniors. Certains évènements peuvent également modifier le microbiote tels que la prise de médicaments (antibiotiques par exemple), les infections, un changement d’environnement, les maladies, le stress….

Chaque individu a un microbiote qui lui est propre. On parle de « signature ». Seule une petite fraction d’espèces est partagée dans la population humaine : environ 60 espèces bactériennes sont portées par 50 % des individus d’une même zone géographique.

Le microbiote est le nom donné à l'ensemble des micro-organismes (principalement bactéries, virus, champignons…) qui colonisent des endroits spécifiques de l'organisme. Ces micro-organismes vivent en harmonie dans l'organisme et interagissent pour son bon fonctionnement.