Actuellement, dans la prise en charge de certaines maladies (Diarrhée Associée Aux Antibiotiques, Syndrome de l’Intestin Irritable, Gastroentérite), on peut agir sur la flore intestinale avec un objectif de rééquilibrage en apportant des micro-organismes (bactéries, levures) favorables.

Il est possible de moduler le microbiote, pour cela on va chercher soit à stimuler la croissance des espèces microbiennes favorables en consommant des prébiotiques soit à apporter des micro-organismes bénéfiques en consommant des probiotiques. En parallèle, on mise sur une bonne hygiène nutritionnelle (riche en fibres, pauvre en graisses…). Dans certains cas, la transplantation fécale sera utilisée pour agir sur le microbiote et corriger la dysbiose (par exemple lors d’une infection à Clostridium difficile).

Les probiotiques sont des micro-organismes vivants spécifiques qui, en quantité suffisante, ont un effet bénéfique sur la santé. Les prébiotiques sont des fibres qui constituent des substrats nutritifs permettant la croissance des bactéries bénéfiques du microbiote. Probiotiques et prébiotiques ont des effets complémentaires.

Les prébiotiques sont des fibres non-digestibles (inuline, FOS, GOS) du régime alimentaire qui stimulent de manière sélective, au niveau du côlon, la croissance des bactéries du microbiote ayant un effet bénéfique sur la santé de l’hôte.

Un probiotique est un micro-organisme vivant spécifique (ex : Lactobacillus, Bifidobacterium, Saccharomyces...) qui, lorsqu’il est ingéré en quantités suffisantes, exerce un effet bénéfique sur la santé de l’hôte. Naturellement présents dans certains aliments, les probiotiques  existent aussi sous forme de médicaments et de compléments alimentaires.

Les probiotiques ont fait l’objet d’études cliniques qui ont mis en évidence un effet positif dans un certain nombre de cas : gastroentérite, Diarrhée Associée aux Antibiotiques, Syndrome de l’Intestin Irritable, Maladies Inflammatoires Chroniques de l’Intestin mais aussi en prévention des diarrhées du voyageur, infections respiratoires, infections uro-génitales, maladies allergiques.

Chaque probiotique (bactéries, levures) a un mode d’action spécifique qui est souche-dépendant. Il va agir selon ses propriétés physiologiques et pharmacologiques propres, et selon différents modes d’action :

• Soit en stimulant le système de défense immunitaire
• Soit en libérant des composants anti-microbiens contre les micro-organismes pathogènes
• Soit en bloquant les toxines libérées par les bactéries pathogènes.

La greffe fécale, ou transplantation fécale, consiste à introduire dans les intestins d’un patient, les selles d’une ou plusieurs personnes saines afin de reconstituer la flore intestinale perturbée. Le but est de permettre au patient de mieux lutter contre les bactéries « défavorables». Elle est actuellement utilisée dans les cas d'infections les plus graves, comme l’infection à Clostridium difficile.