La diminution ou l’augmentation d’espèces de bactéries au profit d’autres peut perturber l‘équilibre du microbiote en question et être liée au développement de maladies. Ce déséquilibre (ou dysbiose) peut concerner les différents microbiotes : intestinal, cutané, respiratoire, urogénital, ORL.. Par exemple, la dysbiose du microbiote intestinal est associée à différentes pathologies intestinales (Diarrhée Associée aux Antibiotiques, Maladies Inflammatoires Chroniques de l’Intestin, Syndrome de l’Intestin Irritable…) et non intestinales (diabète, obésité, maladies neuro-dégénératives..)

Les prébiotiques sont des fibres non-digestibles (inuline, FOS, GOS) du régime alimentaire qui stimulent de manière sélective, au niveau du côlon, la croissance des bactéries du microbiote ayant un effet bénéfique sur la santé de l’hôte.

Un probiotique est un micro-organisme vivant spécifique (ex : Lactobacillus, Bifidobacterium, Saccharomyces...) qui, lorsqu’il est ingéré en quantités suffisantes, exerce un effet bénéfique sur la santé de l’hôte. Naturellement présents dans certains aliments, les probiotiques  existent aussi sous forme de médicaments et de compléments alimentaires.

Un écosystème désigne un ensemble dynamique d'organismes vivants (plantes, animaux et micro-organismes) qui interagissent entre eux et avec le milieu (sol, climat, eau, lumière….) dans lequel ils vivent.

Le microbiote intestinal présente de nombreuses fonctions : il exerce un rôle dans le métabolisme de l’hôte (participation à l’assimilation des aliments), un rôle de barrière (bouclier contre les pathogènes), un rôle de défense (stimulation du système immunitaire) et enfin un rôle de maintenance (entretien de la muqueuse intestinale par exemple). Il est au cœur d’interactions avec différents organes, et serait, entre autres, impliqué dans la transmission d’informations selon un axe intestin-cerveau, d’où l’appellation de « deuxième cerveau ».

Parmi les maladies allergiques liées à une dysbiose, on retrouve surtout chez l’enfant les rhinites allergiques et l’eczéma atopique

Les origines d’une dysbiose peuvent être diverses : des traitements médicamenteux (antibiotiques en particulier), un changement d’alimentation ou d’environnement, des infections virales, bactériennes ou parasitaires, des maladies, le stress… Toutes peuvent provoquer une modification de l’équilibre du microbiote.

Les probiotiques contribuent au maintien l’équilibre du microbiote intestinal, et agissent ainsi en prévention de la Diarrhée Associée aux Antibiotiques et de la diarrhée du voyageur. Ils favorisent aussi la restauration de cet équilibre, permettant ainsi de traiter la gastroentérite infectieuse. Leur utilisation repose sur les recommandations d’un professionnel de santé.

Les probiotiques ont fait l’objet d’études cliniques qui ont mis en évidence un effet positif dans un certain nombre de cas : gastroentérite, Diarrhée Associée aux Antibiotiques, Syndrome de l’Intestin Irritable, Maladies Inflammatoires Chroniques de l’Intestin mais aussi en prévention des diarrhées du voyageur, infections respiratoires, infections uro-génitales, maladies allergiques.

Aujourd’hui, le principal moyen de prévenir la survenue d’une allergie alimentaire repose sur l’éviction des aliments en cause. Des recherches avancent sur le rôle préventif que pourraient jouer les probiotiques dans le développement des allergies.