Le microbiote intestinal se constitue dès la naissance, probablement même avant, au travers des échanges placentaires entre la mère et le fœtus. L’environnement extérieur et ses micro-organismes ainsi que l’alimentation (allaitement, aliments) participent largement à son élaboration.

De nombreux micro-organismes dont des centaines d’espèces de bactéries composent le microbiote intestinal. Il existe des espèces dominantes, des espèces plus rares et des espèces transitoires circulant le long du tube digestif. Le côlon serait peuplé de près de 10 000 milliards de bactéries, soit autant que le nombre de cellules du corps humain.

Actuellement, l’analyse du microbiote se fait principalement par l’utilisation de techniques d’identification basées principalement sur l’étude des gènes (ADN) des micro-organismes (métagénomique) qui peuplent l’intestin.

Certaines bactéries du microbiote induisent l’expression de protéines qui interviennent dans l’extraction de l’énergie issue des aliments. En situation d’augmentation du rendement énergétique, il s’en suit une accumulation de graisse et une prise de poids.

Le microbiote intestinal va évoluer au cours de la vie et être influencé par divers facteurs environnementaux. Il se constitue dès la naissance jusqu’à l’âge de 3 ans. Puis, il continue de se diversifier pour se stabiliser à l’âge adulte. Enfin, au fil des années la flore intestinale s’appauvrit chez les seniors. Certains évènements peuvent également modifier le microbiote tels que la prise de médicaments (antibiotiques par exemple), les infections, un changement d’environnement, les maladies, le stress….

Chaque probiotique (bactéries, levures) a un mode d’action spécifique qui est souche-dépendant. Il va agir selon ses propriétés physiologiques et pharmacologiques propres, et selon différents modes d’action :

• Soit en stimulant le système de défense immunitaire
• Soit en libérant des composants anti-microbiens contre les micro-organismes pathogènes
• Soit en bloquant les toxines libérées par les bactéries pathogènes.

Chaque individu a un microbiote qui lui est propre. On parle de « signature ». Seule une petite fraction d’espèces est partagée dans la population humaine : environ 60 espèces bactériennes sont portées par 50 % des individus d’une même zone géographique.

Les antibiotiques détruisent une partie du microbiote intestinal en réduisant le nombre et la variété des bactéries peuplant la muqueuse intestinale. Les conséquences à court terme sont des diarrhées et à long terme peuvent conduire à des allergies, du diabète, une obésité.

Le microbiote intestinal est impliqué dans le métabolisme de l’hôte, il participe à la digestion des aliments, à l’absorption des nutriments et au stockage de l’énergie. De nombreuses études ont mis en évidence des dysbioses chez les patients obèses et les diabétiques. Chez l’animal, les chercheurs ont même montré que les perturbations métaboliques étaient transmissibles par le microbiote intestinal d’un animal à un autre. Les recherches se portent actuellement sur l’identification de nouvelles voies thérapeutiques par la modulation du microbiote intestinal.

Le microbiote est le nom donné à l'ensemble des micro-organismes (principalement bactéries, virus, champignons…) qui colonisent des endroits spécifiques de l'organisme. Ces micro-organismes vivent en harmonie dans l'organisme et interagissent pour son bon fonctionnement.