Virus respiratoire syncytial : quels liens avec le microbiote intestinal ?

La majorité des individus a contracté une infection par le virus respiratoire syncytial (VRS) avant ses un an. Si les symptômes se limitent à une infection bénigne des voies respiratoires supérieures pour la plupart des nourrissons, 0,5 à 2 % d’entre eux développent une infection sévère des voies respiratoires basses, dont des bronchiolites et des pneumonies nécessitant une hospitalisation. Or il n’existe pas de vaccin ou autre traitement préventif.

Des profils phylogénétiques types

Alors que l’on découvre chaque jour davantage les liens entre le microbiote intestinal et la santé respiratoire, une équipe a comparé le microbiote de 37 nourrissons en bonne santé à celui de 58 nourrissons hospitalisés pour une infection confirmée au VRS, modérée ou sévère. L’analyse des selles par séquençage de l’ARN 16 S ne montre pas de différences significatives dans la diversité (alpha) des microbiotes des trois groupes. En revanche, elle révèle des profils phylogénétiques types (« clusters »), distinguant non seulement les nourrissons VRS des témoins, mais aussi les 53 cas modérés des 5 cas sévères. En particulier, par rapport aux témoins, la famille bactérienne S24_7 se trouve surreprésentée dans le microbiote intestinal des nourrissons atteints d’une forme d’infection sévère, tandis que les Moraxellaceae et Tissierella Soehngenia s’avèrent réduites.

S24_7, marqueur de sévérité ?

Au sein de la famille S24_7, l’ OTU (sidenote: OTU Pour operational taxonomic unit, ou unités taxonomiques opérationnelles, qui désignent des regroupements de bactéries (qui ne sont pas nécessairement identifiées ou répertoriées dans les bases) présentant au moins. ) 191 retient tout particulièrement l’attention des chercheurs : en effet, son abondance augmente en cas d’infection sévère par rapport aux témoins, mais également chez les cas sévères versus modérés. Aussi pourrait-elle signer la sévérité de la maladie. L’hypothèse mécanistique : une possible interaction avec le système immunitaire. Les bactéries S24_7 portent en effet des gènes codant pour des enzymes dégradant l’IgA, une immunoglobuline impliquée dans la protection des muqueuses et la prévention des infections respiratoires hautes. Cependant les données ne permettent pas de déterminer si S24-7 cause ou résulte de l’infection à VRS, d’autant que d’autres productions métaboliques du microbiote n’impliquant pas les bactéries S24_7 pourraient être à l’origine d’une dérégulation de l’IgA ou d’une modification des réponses immunitaires. Quoiqu’il en soit, cette étude pose les jalons de l’identification de profils de microbiotes associés aux infections à VRS et à leur sévérité. Elle pourrait aider à repérer les nourrissons à risque de développer une forme sévère, et inspirer le développement de combinaisons microbiennes immuno-protectrices.