Les mycobiotes du nouveau-né : quelle mise en place ?

Vignette

À ce jour, les populations fongiques des nourrissons et leur impact sur la santé à long-terme ont été très peu étudiés. Chez des nouveau-nés âgés de 0 à 1 mois, leur caractérisation montre une faible diversité et une relative stabilité mais des variations en fonction des localisations, liées en partie au mode d’accouchement.

 

Les avancées technologiques permettent une caractérisation plus précise des populations microbiennes locales chez l’Homme. Si la recherche se penche principalement sur les bactéries, l’étude des mycobiotes commence à se développer. Elle vise à préciser le rôle de la composante fongique du microbiome dans différents types de pathologies, notamment les infections des muqueuses. Afin d’enrichir le corpus, une équipe américaine s’est spécifiquement intéressée aux nouveau-nés de façon à préciser l’évolution des populations fongiques de trois sites (cavité orale, peau et anus) au cours du premier mois de vie. Une cohorte de 17 enfants en bonne santé a été suivie ; leurs mycobiotes ont été régulièrement caractérisés et comparés à celui des autres enfants en fonction du mode d’accouchement ainsi qu’aux communautés fongiques vaginale et anale de leur mère.

Des mycobiotes proches, stables…

Premiers constats : la colonisation post-partum se structure autour d’un petit nombre de taxons. Toutes localisations confondues, 16 ont été répertoriés au maximum, dont une majorité de Candida albicans, Candida tropicalis, Candida parapsilosis, Saccharomyces cerevisiae et Candida orthopsilosis. Petite différenciation : le mycobiote anal comporte plus de C. albicans et C. parapsilosis que ceux dermiques et buccaux, la bouche présentant la plus faible diversité fongique. Second constat : la composition des mycobiotes se révèle relativement stable tout au long du premier mois de vie, sans signe d’augmentation de diversité ou d’une quelconque maturation.

… et d’origines multiples

Troisième constat : contrairement à l’étude des bactéries, celle de la population fongique révèle que le mode d’accouchement ne modifie que légèrement les populations retrouvées chez l’enfant : la peau de ceux nés par voie basse présente une plus forte proportion de C. albicans, un taxon dominant chez la mère pour les deux sites analysés, sans pour autant accroître le degré de similitude entre les communautés de l’enfant et celles de sa mère. Quant aux enfants nés par césarienne, leur cavité orale présente une plus grande proportion de C. orthopsilosis. Enfin, la comparaison avec les mycobiotes vaginaux des mères révèle une transmission verticale attendue (C. albicans notamment), co-existant probablement avec une colonisation liée à l’environnement périnatal. Ces résultats améliorent la connaissance du mycobiome humain et corroborent de récentes études. Ils requièrent toutefois des études complémentaires à plus grande échelle pour mieux identifier les sources et les causes de variabilité de la colonisation fongique, estiment les auteurs.

 

Sources :

T. Ward, M. Dominguez-Bello, T. Heisel, et al. Development of the Human Mycobiome over the First Month of Life and across Body Sites. mSystems 3:e00140-17. https://doi.org/10.1128/mSystems.00140-17