Indice HACK : identifier les espèces clés de voûte de l'intestin pour améliorer les résultats des patients
Définir ce qu'est un microbiote intestinal sain est difficile en raison de la variabilité individuelle. L'indice HACK classe 201 bactéries intestinales en fonction de leur prévalence, de leur stabilité et de leur lien avec la maladie, offrant ainsi aux cliniciens un outil fiable et reproductible pour évaluer et optimiser la santé intestinale. Cet article s'inscrit dans le cadre d'un effort plus large visant à définir le microbiote intestinal humain et à soutenir les professionnels de la santé à l'aide d'outils pratiques fondés sur des données.
Section grand public
Retrouvez ici votre espace dédié
A propos de cet article
Auteur
Si vous lisez cet article, vous savez probablement que le microbiote est un élément fondamental de la santé dans de nombreux systèmes, du métabolisme à l'immunité, en passant par les fonctions cognitives. Mais définir à quoi ressemble vraiment un intestin « sain » qui soit non seulement tangible, mais également résilient et associé au bien-être, s'est avéré être un défi de taille étant donné son incroyable variabilité d'une personne à l'autre et d'un endroit à l'autre.
Une nouvelle étude publiée dans Cell Reports 1 apporte un éclairage nouveau grâce à l'indice HACK (Health-Associated Core Keystone). Il ne s'agit pas d'une simple liste de microbes, mais plutôt d'un classement unique et fiable de 201 espèces de bactéries intestinales clés, basé sur leur lien cohérent avec des aspects cruciaux de la santé de l'hôte et du microbiote.
Décodage de l'indice HACK : comment obtient-on une clé de voûte ?
Les chercheurs ont établi ce nouveau classement à partir d'un ensemble considérable de données de plus de 45 000 microbiotes intestinaux provenant de 141 cohortes d'études, réparties sur 42 pays et couvrant 28 catégories de maladies différentes. Ils ont classé 201 taxons intestinaux communs, les microbes, en les évaluant sur la base de trois propriétés essentielles :
- Association core : degré de prévalence et de lien cohérent d'un taxon dans la composition de la communauté chez les individus non malades. Cette évaluation a été réalisée à l'aide d'une nouvelle approche « Remove-Renormalize-Relate (3R) » sur plus de 18 000 échantillons provenant de patients non malades.
- Stabilité longitudinale : mesure dans laquelle l'abondance d'un taxon est associée à une moindre modification du microbiote, au fil du temps, chez les individus. Cette étude a utilisé des données issues de plus de 9 000 échantillons longitudinaux.
- Lien avec la santé : degré de cohérence de l'association négative d'un taxon à une maladie dans plusieurs catégories. Pour ce faire, une analyse de plus de 18 000 échantillons provenant de cohortes témoins, couvrant 28 pathologies, a été réalisée.
Ces trois scores ont été combinés afin d'obtenir l'indice HACK final pour chaque taxon. L'analyse a confirmé la fiabilité de cet indice, quels que soient les techniques de séquençage et les modes de vie. Le classement HACK est resté fiable indépendamment de la technologie de séquençage (WGS ou 16S), que les populations soient industrialisées ou non, et a été validé dans 14 cohortes indépendantes. Cette fiabilité suggère un aspect fondamentalement lié à la santé, au-delà des différences géographiques et techniques.
Inégalités entre les membres core
L'étude a révélé plusieurs informations surprenantes, qui remettent en question les hypothèses courantes en matière de recherche sur le microbiote.
Le plus frappant est peut-être la découverte que certains taxons systématiquement identifiés comme core-associés, c'est-à-dire prévalents et étroitement liés à la communauté dans les intestins non malades, étaient également antérieurement associés à de multiples maladies. Une analyse basée sur des tableaux a dévoilé que Collinsella aerofaciens en faisait partie. Cela démontre que la simple présence commune ne garantit pas un bénéfice pour la santé, mais renforce l'importance de combiner l'association communautaire avec l'abondance, la stabilité et le lien avec la maladie, comme le fait (sidenote: Indice HACK Classement composite de 201 espèces de bactéries intestinales, basé sur la prévalence/l'association communautaire, la stabilité et le lien avec certaines maladies. ) .
De l'alimentation aux traitements
Quelles sont les répercussions du point de vue clinique ? L'indice HACK constitue un nouvel outil puissant.
L'étude a démontré qu'un simple score issu de l'abondance moyenne des rangs des 17 taxons HACK les mieux notés (score HACK-top-17) obtenait des résultats comparables, voire meilleurs, à ceux des indicateurs sanitaires existants du microbiote/microbiome quand il s'agissait de différencier les états malades et non malades, ainsi que les microbiotes stables et instables.
En outre, l'analyse a révélé qu'une corrélation positive significative avait été observée entre l'indice HACK d'un taxon et son lien avec une réponse positive au traitement à base d'inhibiteurs de points de contrôle immunitaires (ICI). Cela suggère que l'indice HACK pourrait potentiellement aider à identifier les microbes intestinaux les plus susceptibles de favoriser le succès thérapeutique, en oncologie et au-delà.
De plus, l'indice établit également un lien entre les schémas microbiens et l'alimentation. Les scores HACK plus élevés correspondent à des microbes plus sensibles aux régimes alimentaires de type méditerranéen, ce qui indique un potentiel thérapeutique basé sur l'alimentation.
L'alimentation est non seulement un facteur modifiable, mais aussi un outil diagnostique permettant de comprendre la réponse du microbiote à des habitudes alimentaires spécifiques.
Régime méditerranéen « vert » : quels liens entre santé cardiométabolique et microbiote intestinal ?
Cet article apporte un nouvel éclairage sur l'interaction complexe entre le microbiote humain et la santé. L'indice HACK marque une étape importante vers une définition fonctionnelle et cliniquement applicable d'un intestin sain. Bien que des travaux supplémentaires soient nécessaires, notamment en ce qui concerne l'analyse au niveau des souches, ce cadre d'analyse fiable et reproductible ouvre déjà de nouvelles perspectives pour les outils de diagnostic et les cibles thérapeutiques, en particulier lorsqu'il est intégré aux habitudes alimentaires humaines et à la réponse aux interventions médicales.
L'analyse de ces outils et indices à partir de données à grande échelle sur le microbiote et de tableaux d'applications cliniques est désormais essentielle pour faire progresser la médecine personnalisée. À mesure que la recherche sur l'intestin avance, des outils tels que l'indice HACK pourraient guider les interventions fondées non seulement sur la présence microbienne, mais aussi sur la stabilité fonctionnelle, qu'il s'agisse de stratégies basées sur l'alimentation ou de traitements basés sur l'immunité.
