Une dysbiose fongique liée à l’environnement ?

Les composantes bactérienne et virale du microbiote ne seraient pas les seules à être perturbées chez les patients souffrant de MICI. Le mycobiote, soit l’ensemble des champignons présents au sein de l’écosystème intestinal, semble déséquilibré lui aussi.

Un mycobiote altéré

Une étude menée sur 235 patients souffrant de MICI et 38 témoins sains a mis en évidence une dysbiose fongique chez les malades : augmentation du rapport Basidiomycètes/Ascomycètes, diminution de la proportion de Saccharomyces cerevisiae, augmentation de la proportion de Candida albicans⁹. Chez les personnes souffrant de MC, le développement des champignons se ferait au détriment des bactéries, engendrant une perte de diversité. En outre, les interactions entre ces deux règnes (bactéries et champignons) apparaissent également détériorées comparativement à celles observées chez les sujets sains, mettant en évidence l’existence d’altérations interrègnes spécifiques aux MICI. Si les données relatives à la fraction fongique du microbiote demeurent encore très parcellaires, ces premiers résultats semblent impliquer le mycobiote dans la pathogénèse des MICI. Cette dysbiose, caractérisée par des altérations de biodiversité et de composition, se superposerait à la dysbiose bactérienne.

L’urbanisation à l’origine de cette dysbiose ?

En parallèle, certaines équipes de re- cherche se sont interrogées sur le lien observé entre l’urbanisation rapide et l’incidence accrue des maladies auto- immunes, dont les MICI⁷. Plusieurs pistes sont avancées, dont une impliquant le mycobiote : un effet des régimes occidentaux, riches en glucides, qui favorisent le développement des Candida dans les intestins ; l’impact de la pollution atmosphérique des zones urbaines qui pourrait tendre à réduire la biodiversité fongique ; et l’air des villes, moins riche en certaines spores (Actinomyces, Botrytis…) que celui des campagnes. Il semblerait que l’urbanisation n’impacte pas que le mycobiote : elle serait également liée à la dysbiose des autres communautés de micro-organismes (bactéries, virus, parasites…).