A chaque MICI son virome

Outre les bactéries, le microbiote intestinal renferme aussi des virus. Si les études à leur propos sont encore rares, la présence ou l’absence de certaines familles semble signer de manière spécifique la MC et la RCH.

Deuxième composante du microbiote qui pourrait être impliquée dans les MICI : le virome (composante virale du microbiote), constitué à la fois de virus infectant les eucaryotes et de bactériophages infectant les cellules bactériennes, qui sont les plus étudiés. Chez les patients atteints de MICI, on observe une dysbiose de ce virome : perte de diversité accompagnée d’une plus grande variabilité des virus intestinaux chez les patients souffrant de MC ; une étude menée aux Etats-Unis et au Royaume Uni en 2015 a aussi mis en évidence une richesse accrue du virome entérique chez les patients atteints de MC ou de RCH⁷

Influence des bactériophages sur le microbiote bactérien

Les bactériophages, dix fois plus nombreux que les bactéries, participent à la dynamique du microbiote via un contrôle de l’abondance et de la diversité bactérienne, qui se traduit par un effet soit protecteur, soit délétère : chez les patients souffrant de MC, l’expansion des bactériophages Caudovirales est associée à une perte de diversité bactérienne et pourrait participer à la dysbiose bactérienne et à l’inflammation intestinale observées⁸.

Une signature du virome

Si les études sur le virome sont rares, celles concernant spécifiquement les virus eucaryotes le sont encore davantage. L’une d’elle, ayant comparé la muqueuse intestinale de témoins en bonne santé à de jeunes patients, naïfs de traitement et dont la MICI a été diagnostiquée précocement⁸, suggère que certains virus infectant les eucaryotes pourraient participer au déclenchement d’une inflammation intestinale et contribuer à la pathogenèse des MICI, avec une signature spécifique se-on la maladie : davantage de virus de la famille des Hepadnaviridae comparativement aux contrôles et aux patients MC, et moins de Polydnaviridae et de Tymoviridae chez les patients souffrant de RC ; abondance accrue d’Hepeviridae (une famille de virus comprenant notamment le virus de l’hépatite E) et moins de Virgaviridae par rapport aux contrôles chez les patients souffrant de MC. Ces signatures du virome pourraient être acquises de manière précoce (par exemple via l’alimentation) et induire ultérieurement une plus grande susceptibilité de l’hôte aux MICI⁸.