Le microbiote vaginal, réservoir de gènes de résistance aux antibiotiques

La résistance aux antibiotiques est un défi majeur, dans lequel le microbiote vaginal pourrait jouer le rôle de réservoir de gènes de résistance. Telle est la conclusion d’une étude qui a recherché la présence de 14 gènes conférant une résistance aux macrolides, aux tétracyclines, aux bêta-lactamines ou aux quinolones, dans les microbiotes vaginaux de 105 étudiantes italiennes de 19 à 30 ans.

Résistances sous influence du mode de vie

Les microbiotes vaginaux des étudiantes relevaient surtout du CST (sidenote: Five community state types (CST) - CST I dominée par Lactobacillus crispatus, 
- CST II par L. gasseri,
- CST III par L. iners 
- CST V par L. jensenii
- et CST IV, plus diversifié, qui n'est pas dominé par des Lactobacillus mais par un ensemble de bactéries anaérobies comme Gardnerella, Atopobium, Prevotella, et Finegoldia. ) I dominé par L. crispatus (41,9%) et du CST III dominé par L. iners (30,5%). Côté gènes de résistance aux antibiotiques, les plus fréquemment détectés étaient liés aux tétracyclines et aux macrolides : tet(M) (présent chez 74,3% des femmes), erm(F) (72,2%), erm(B) (68,6%), erm(A) (66,7%) et tet(W) (65,7%). 

L’influence du style de vie, de la santé et de la consommation d'antibiotiques était largement confortée, la présence de résistances allant de pair avec :

• une diversité microbienne plus élevée du microbiote vaginal,
• le tabagisme, qui double le total de gènes de résistance,
• un IMC (sidenote: Indice de Masse Corporelle (IMC) L'Indice de Masse Corporelle évalue la corpulence d’un individu en estimant la masse grasse du corps calculée par un rapport entre le poids (kg) et le carré de la taille (m2). https://www.nhlbi.nih.gov/health/educational/lose_wt/BMI/bmicalc.htm https://www.euro.who.int/en/health-topics/disease-prevention/nutrition/a-healthy-lifestyle/body-mass-index-bmi ) plus élevé,
• une faible utilisation de contraceptifs oraux,
• une faible qualité du régime alimentaire, 
• la présence de Candida spp.,
• l'utilisation d'antibiotiques l'année précédente, tandis qu’une meilleure observance passée du traitement antibiotique et une conscience plus élevée des résistances étaient associées à de moindres gènes de résistance.

Des liens entre taxons bactériens et résistances aux antibiotiques

Le genre Lactobacillus semblait protecteur : plus L. crispatus/jenesenii/gasseri étaient présents, moins on observait de gènes de résistances, en particulier tet(M) et tet(Q). La règle souffrait néanmoins de quelques exceptions, avec des associations positives entre L. gasseri et erm(A), ou entre L. iners et tet(Q).

A l’inverse, plus le groupe Gardnerella-Prevotella était présent, plus les gènes de résistance aux macrolides et aux tétracyclines étaient observés. De même, plusieurs taxons associés à la vaginose bactérienne (Prevotella, Dialister, Finegoldia, Porphyromonas, Anaerococcus) allaient de pair avec davantage de gènes de résistance.

Un réservoir de résistances

Le microbiote vaginal semble donc représenter un réservoir dynamique de gènes de résistance aux antibiotiques, qui seraient transférés aux bactéries vaginales via des éléments génétiques mobiles tels que les plasmides (sidenote: Plasmide Petites molécules d’ADN mobiles qui peuvent passer d’une bactérie à une autre (au sein de la même espèce mais aussi entre espèces différentes). Source : https://www.pasteur.fr/fr/accueil/journal-recherche/actualites/mecanisme-defense-bacterie-escherichia-coli-fixe-resistance-antibiotique ) et transposons (sidenote: Transposons Séquence d'ADN qui présente la particularité de pouvoir se déplacer du chromosome bactérien vers un plasmide et d'un plasmide à un autre. Porteurs de gènes de résistance, les transposons jouent un rôle majeur dans la dissémination de gènes de résistances entre bactéries d'espèces éloignées. Source : https://www.vetofish.com/definition/transposon ) , faisant du vagin un site critique de dissémination de l'antibiorésistance. Certaines des bactéries vaginales étant typiques du microbiote intestinal, une translocation bactérienne du tractus gastro-intestinal vers le vagin est envisagée.