Microbiote urogénital : le spectre des mycoses ou des infections urinaires après chaque traitement antibiotique

Historiquement, jusqu'à des travaux scientifiques récents, l'urine était considérée comme stérile. Comparé à d'autres microbiotes, cet écosystème possède une faible biomasse¹. Bien qu'un consensus concernant la composition précise de cet écosystème reste à établir, une centaine d'espèces ont été identifiées à partir de 4 principaux phyla (Protéobactéries, Firmicutes, Actinobactéries et Bacteroidetes)². Et bien que le rôle du microbiote urinaire fasse actuellement l'objet d'un débat, il est clair qu'une diversité réduite semble être un facteur de risque pour les infections urinaires.

A l’inverse du microbiote urinaire, le microbiote vaginal gagne à avoir une faible diversité et à être largement dominé par les lactobacilles³. Malgré une variabilité très importante chez les femmes, 5 types de flores vaginales (ou CST en anglais) ont été décrits : 4 dominées par une ou plusieurs espèces du genre Lactobacillus (L. crispatus, L. gasseri, L. iners ou L. jensenii) et une polymicrobienne⁴. Dans les deux cas, une dysbiose consécutive à un traitement antibiotique peut augmenter le risque d'infection⁵.

Un spectre de champignons pour chaque traitement antibiotique 

C'est ce que redoutent de nombreuses femmes traitées aux antibiotiques : développer une candidose vulvovaginale post-antibiotique. Cette anxiété est plus que justifiée : la thérapie antibactérienne, qu'elle soit systémique ou appliquée localement (vagin), est considérée comme l'un des principaux facteurs qui contribuent à la candidose vulvovaginale⁵. Cette infection peut être associée à une perturbation du microbiote vaginal ainsi qu'à la prolifération de la levure Candida (C. albicans dans la majorité des cas). Les signes cliniques les plus courants de cette infection sont le prurit vulvaire, une sensation de brûlure accompagnée de douleurs ou d'irritations vaginales qui peuvent déboucher sur une dyspareunie ou une dysurie⁶.

Le cercle vicieux de la vaginose bactérienne 

Bien que son étiologie reste incertaine, une dysbiose induite par les antibiotiques pourrait participer au développement ultérieur d’une vaginose bactérienne (VB), l'infection vaginale la plus courante : les lactobacilles dominants sont supplantés par une flore polymicrobienne dérivée de nombreux genres bactériens (Gardnerella, Atopobium, Prevotella, etc.). Un cercle vicieux pourrait s'enclencher : si les antibiotiques peuvent être utilisés pour traiter la VB, ils font également partie, avec les antécédents sexuels, les douches vaginales, l'utilisation de contraceptifs, l'âge, le stade du cycle menstruel, le tabagisme, etc., des nombreux facteurs de risque associés à ce type d'infection⁷.

Microbiote urinaire : un cas d'école de résistance aux antibiotiques 

Les infections des voies urinaires (IVU) touchent chaque année des millions d'hommes (taux d'incidence annuel de 3 % aux États-Unis) et de femmes (10 %)⁸. Les IVU récurrentes contribuent largement à cette incidence : malgré un traitement antibiotique adapté, plus de 30 % des femmes connaîtront une nouvelle infection dans les 12 mois qui suivent⁸. Les IVU sont de plus en plus difficiles à traiter en raison de la propagation rapide de résistances parmi les organismes Gram-négatif, notamment l'UPEC (Escherichia coli uropathogène) qui est à l'origine d'environ 80 % des IVU⁸.

Paradoxalement, les antibiotiques à large spectre utilisés pour traiter les infections urinaires d'origine communautaire et nocosomiales sont devenus un facteur de risque de leur apparition⁸. On soupçonne des mécanismes impliquant à la fois l'intestin et le microbiote vaginal : dans l'intestin, le réservoir ultime de l'UPEC, l'exposition aux antibiotiques augmente l'inflammation et favorise la prolifération d’E. coli ; dans le vagin, ils diminuent la colonisation par les espèces de Lactobacillus qui limitent l'invasion vaginale de l'UPEC et l'ascension bactérienne consécutive depuis le vagin vers les voies urinaires. C'est la raison pour laquelle les experts recommandent aujourd'hui de les utiliser avec prudence et de mettre au point des traitements épargnant les microbiotes⁸.