Résistance aux antibiotiques : le microbiote pulmonaire paie un lourd tribut

Les antibiotiques à large spectre utilisés pour traiter les infections pulmonaires sont considérés comme l'un des principaux facteurs responsables de la hausse générale de la résistance aux antibiotiques.

A propos de cet article

Publié le 17 novembre 2020

Mis à jour le 10 novembre 2022

Historiquement, les poumons des personnes en bonne santé étaient considérés comme stériles et la description du microbiote des VRI (voies respiratoires inférieures, du larynx aux alvéoles des poumons¹) est récente^2,3. Avec les communautés virales et fongiques, six phyla bactériens dominent un microbiote pulmonaire sain : les Firmicutes, Bacteroidetes, Fusobacteria, Proteobacteria, Acidobacteria, et Actinobacteria^1,2,4.

“Dans les populations occidentales, le traitement des infections pulmonaires est un des principaux facteurs de résistance aux antibiotiques⁴.”

Les antibiotiques ont sauvé des millions de vie mais leur utilisation incorrecte ou abusive suscite désormais de grandes inquiétudes pour la santé, notamment à cause de l'apparition de résistance aux antimicrobiens. Chaque année, l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) organise la Semaine mondiale pour un bon usage des antimicrobiens (WAAW) afin de sensibiliser la population sur ce problème de santé publique. Examinons de plus près cette menace mondiale qui exige une action urgente.

Résistance aux antibiotiques : le microbiote au premier plan

L'utilisation massive et parfois inappropriée des antibiotiques les rend de plu…

Une perte de diversité dans le microbiote pulmonaire

Une dysbiose microbienne est observée dans une série de troubles respiratoires, notamment les infections pulmonaires, l'asthme, la bronchopneumopathie chronique obstructive (BPCO) et la mucoviscidose^5,6. Mais seules quelques études ont exploré les effets directs des antibiotiques sur le microbiote pulmonaire. Des recherches récentes ont montré que le traitement par l'azithromycine diminuait la diversité bactérienne chez les patients souffrant d'asthme persistant non contrôlé¹ ; cependant, les avantages cliniques restent encore controversés^1,7,8. Chez les patients atteints de BPCO, le traitement à l'azithromycine réduit la diversité alpha¹ ; chez ceux souffrant de mucoviscidose, les antibiotiques semblent être les principaux responsables de la perte de diversité du microbiote des voies respiratoires⁵.

L'axe intestin-poumons

Les maladies respiratoires, les troubles pulmonaires chroniques et les infections microbiennes sont souvent accompagnés de symptômes intestinaux¹². En effet, il a été démontré que l'écosystème intestinal subit des modifications au cours de plusieurs maladies respiratoires¹². Bien que le mécanisme sous-jacent reste flou, les interactions entre l'intestin et les poumons pourraient, en partie, expliquer pourquoi la dysbiose intestinale induite par les antibiotiques au début de la vie peut être un facteur de risque pour une rhinite allergique et un asthme ultérieurs^1,12.

Le fléau des antibiotiques à large spectre

Bien que l'on sache que le mésusage des antibiotiques conduit à l'émergence et de la sélection de bactéries résistantes, la prophylaxie antibiotique, sans diagnostic microbien, est encore largement utilisée pour traiter les infections pulmonaires⁴. Sur les 12 « agents pathogènes prioritaires » résistants aux antibiotiques répertoriés par l'OMS, 4 affectent les poumons : P. aeruginosa, S. pneumoniae, H. influenzae et S. aureus^4,9. La communauté scientifique s'accorde à dire que la gestion des infections pulmonaires doit être améliorée pour minimiser la résistance aux antimicrobiens^4,10,11.

Promouvoir la recherche, sensibiliser

L'Alliance mondiale contre les affections respiratoires chroniques (GARD), lancée par l'OMS en 2006 pour aider à lutter contre les maladies respiratoires chroniques, affirme : « Une utilisation plus intelligente des antibiotiques pourrait réduire l'énorme problème de la résistance aux médicaments antimicrobiens. Les médecins du monde entier sont aujourd'hui confrontés à des situations dans lesquelles les patients infectés ne peuvent être traités de manière adéquate parce que la bactérie responsable est totalement résistante aux antibiotiques disponibles »¹¹.
Au niveau européen, l'ERS (Société respiratoire européenne) s'emploie à promouvoir la recherche scientifique, à fournir un accès aux ressources et à sensibiliser le public et les décideurs politiques. « Notre mission est de promouvoir la santé pulmonaire afin de soulager la souffrance provoquée par les maladies et de faire évoluer les normes de la médecine respiratoire au niveau mondial. La science, l'éducation et la sensibilisation sont au cœur de tout ce que nous faisons. » Sa dernière monographie, « Le microbiote pulmonaire »¹³, passe en revue les différentes composantes du microbiote respiratoire (virus, champignons et bactéries), examine son développement depuis les premières années, étudie la façon dont les maladies (asthme, maladie pulmonaire obstructive chronique, cancer...) apparaissent et discute des nouveaux développements et des nouvelles thérapies.

Qu'est-ce que la Semaine mondiale pour un bon usage des antimicrobiens ?

Depuis 2015, l'OMS organise chaque année la Semaine mondiale pour un bon usage des antimicrobiens (WAAW) dont l'objectif est de sensibiliser sur le phénomène mondial de la résistance aux antimicrobiens. Cette campagne, qui se tiendra du 18 au 24 novembre, encourage le grand public, les professionnels de santé et les décideurs à faire un bon usage des antimicrobiens afin d'éviter l'apparition de résistance.

Sources

^{1 Hufnagl K, Pali-Schöll I, Roth-Walter F, et al. Dysbiosis of the gut and lung microbiome has a role in asthma. Semin Immunopathol. 2020;42(1):75-93.}

^{2 Barcik W, Boutin RCT, Sokolowska M, et al. The Role of Lung and Gut Microbiota in the Pathology of Asthma. Immunity. 2020;52(2):241-255.}

^{3 Mathieu E, Escribano-Vazquez U, Descamps D, et al. Paradigms of Lung Microbiota Functions in Health and Disease, Particularly, in Asthma. Front Physiol. 2018;9:1168. Published 2018 Aug 21.}

^{4 Cookson WOCM, Cox MJ, Moffatt MF. New opportunities for managing acute and chronic lung infections. Nat Rev Microbiol. 2018;16(2):111-120.}

^{5 Zhao J, Schloss PD, Kalikin LM, et al. Decade-long bacterial community dynamics in cystic fibrosis airways. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012;109(15):5809-5814.}

^{6 Chung KF, Huffnagle GB, Huang YJ. The lung microbiome in obstructive airways disease: potential pathogenetic roles. In: Cox MJ, Ege MJ, von Mutius E, eds. The Lung Microbiome 2019 (ERS Monograph). Sheffield, European.}

^{7 Gibson PG, Yang IA, Upham JW, et al. Efficacy of azithromycin in severe asthma from the AMAZES randomised trial. ERJ Open Res. 2019;5(4):00056-2019. Published 2019 Dec 23.}

^{8 Chung KF. Airway microbial dysbiosis in asthmatic patients: A target for prevention and treatment?. J Allergy Clin Immunol. 2017;139(4):1071- 1081.}

^{9 WHO. Global priority list of antibiotic-resistant bacteria to guide research, discovery, and development of new antibiotics. 25 february 2017}

^{10 Lim WS, Baudouin SV, George RC, et al. BTS guidelines for the management of community acquired pneumonia in adults: update 2009 Thorax 2009;64:iii1-iii55.}

^{11 Forum of International Respiratory Societies. The Global Impact of Respiratory Disease – Second Edition. Sheffield, European Respiratory Society, 2017.}