Médicaments : des effets néfastes sur le microbiote intestinal

Vignette

Une étude se penche sur l'influence de médicaments couramment utilisés sur la composition du microbiote intestinal, les fonctions microbiennes et les mécanismes d’antibiorésistance. Et ce, tant dans la population générale que chez les personnes atteintes de maladies gastro-intestinales.

 

Les antibiotiques ne seraient pas les seuls à perturber le microbiote intestinal, au regard des résultats d’une étude qui a examiné les associations entre certains médicaments courants et le microbiote intestinal. Au total, les selles de 1 883 Néerlandais ont été séquencés en shotgun. Parmi eux, certains souffrant de maladies inflammatoires intestinales (n=454) ou d’un syndrome de l’intestin irritable (n = 305) ; ces deux groupes présentaient une richesse et une diversité moindre de leur microbiote intestinal comparativement aux autres participants ne souffrant pas de ces pathologies (n = 1124).

Conséquences sur le microbiote intestinal

Près de 60 % des sujets prenaient des médicaments (de 1 à 12 selon les sujets) au moment du prélèvement fécal. Chez les patients prenant une seule molécule, 17 médicaments étaient associés à la modification de 154 taxons bactériens, en particulier les inhibiteurs de pompe à proton (IPP), la metformine, la vitamine D et les laxatifs. Certaines évolutions s’avéraient spécifiques d’un médicament, comme l’augmentation de Bifidobacterium dentium chez les utilisateurs d’IPP. A l’inverse, d’autres bactéries réagissaient à une large palette de molécules : l'abondance de Streptococcus salivarius était augmentée chez les utilisateurs d'opiacés, mais aussi ceux de stéroïdes oraux, d'inhibiteurs de l'agrégation plaquettaire, d'IPP, d'antidépresseurs ISRS* ou de vitamine D. De plus, 411 voies métaboliques bactériennes étaient modifiées en lien avec la consommation d'un des médicaments parmi un groupe de 11. Enfin, chez les patients prenant plusieurs médicaments, les IPP, la metformine, les laxatifs mais aussi les antibiotiques influençaient un grand nombre de taxons bactériens et étaient associés à la modification de 271 voies métaboliques.

IPP et metformine

Les IPP représentaient la classe de médicament associée au plus grand nombre d’altérations de taxons et de voies métaboliques (ce qui pourrait s’expliquer par une moindre baisse du pH gastrique) au point que les auteurs décrivent chez les patients traités une signature spécifique du microbiote intestinal. La metformine serait pour sa part associée à des changements de l’activité métabolique du microbiote (augmentation de la production de butanoate, de la biosynthèse de quinone, de la dégradation de dérivés de sucre, etc.) qui pourraient conférer un avantage compétitif aux entérobactéries, dont Escherichia coli, avec des conséquences sur la santé de l’hôte.

Antibiorésistances

Enfin, les résultats semblent confirmer l’observation in vitro selon laquelle les antibiotiques ne sont pas les seuls responsables des antibiorésistances : la prise d’un des médicaments parmi un groupe de 15 molécules différentes était en effet associée à davantage de gènes de résistance aux antibiotiques, et ce dans chacune des 3 cohortes.

 

* ISRS : inhibiteur sélectif de la recapture de la sérotonine

 

Sources :

Vich Vila A, Collij V, Sanna S, et al. Impact of commonly used drugs on the composition and metabolic function of the gut microbiota. Nat Commun. 2020 Jan 17;11(1):362. ; doi : 10.1038/s41467-019-14177-z