BAĞIRSAK MİKROBİYOTASI #21

Akut pankreatit şiddetinin belirleyicisi olarak bağırsak mikrobiyotası

^{Ammer-Herrmenau C, Antweiler KL, Asendorf T, et al. Gut microbiota predicts severity and reveals novel metabolic signatures in acute pancreatitis. Gut 2023 : gutjnl-2023-330987.}

Şiddetli akut pankreatit (AP) hastaları yüksek mortalite riski altındadır ve bu nedenle ilk birkaç saat içinde hastalığın
seyrini belirlemek çok önemlidir. Mevcut karmaşık skorlama sistemleri AP şiddetini yeterince erken tahmin edememektedir ve bu nedenle yeni belirteçlere ihtiyaç duyulmaktadır. AP ve bağırsak mikrobiyomu arasında çift
taraflı bir bağlantı var gibi görünse de, daha büyük prospektif klinik çalışmalar eksiktir. Bu makale, 15 Avrupa merkezinden AP'li 450 hastanın orointestinal mikrobiyom sonuçlarını sunmaktadır. Örnekler, Oxford Nanopore kullanılarak tam uzunlukta 16S rRNA ve metagenomik  dizileme ile dizilenmiştir. Gözden geçirilmiş Atlanta sınıflandırması (RAC), AP'nin şiddetini üç kategoride yeniden tanımlamaktadır: hafif, orta ve şiddetli (sırasıyla RAC I-III). Bu çalışmada, rektal mikrobiyomların Bray-Curtis mesafesinin RAC III'te RAC I ve RAC II'ye kıyasla farklı olduğu bulunmuştur. Ayrıca, birkaç bakteri türü RAC kategorisine bağlı olarak farklı şekilde bol miktarda bulunmuştur. Bray-Curtis mesafeleri rektal mikrobiyomlarda yaşayan ve ölen hastalar arasında da farklıydı ancak bukkal mikrobiyomlarda farklı değildi. Mortaliteye ek olarak, hastanede kalış süresi rektal mikrobiyomdaki erken değişikliklerle ilişkilendirilmiştir.
Sonuç olarak, yazarlar 16 bakteri türünün şiddetli ve şiddetli olmayan AP'de farklı etmiştir. Ridge regresyonunda, bu türler sistemik inflamatuar yanıt sendromu ile birlikte hastalığın şiddetini doğru bir şekilde tahmin edebilmiştir. İlginç bir şekilde, tüm bu türler kısa zincirli yağ asitleri (SCFA) üreticisidir. Buna göre, SCFA üretiminin işleyiş şekilleri şiddetli AP'de daha fazla ifade edilmiştir. Bu bulgu ilgi çekici olmakla birlikte, SCFA üreten bakterilerin şiddetli AP'nin nedeni mi yoksa sonucu mu olduğu hala bilinmemektedir.

Tip 2 diyabetik Emira- tes'te bağırsak mikro- biyomu arasındaki bağlantılar

^{Dash NR, Al Bataineh MT, Alili R, et al. Functional alterations and predictive capacity of gut microbiome in type 2 diabetes. Sci Rep 2023; 13: 22386.}

Orta Doğu ülkelerinde tip 2 diyabet (T2D) görülme sıklığı büyük ölçüde artmaktadır. Birçok Batılı çalışma, bağırsak mikrobiyomunun T2D ile ilişkili insülin direnci ve düşük dereceli inflamasyona katkısını göstermiştir, ancak Orta Doğu popülasyonlarında yapılan çalışmalar azdır. Ayrıca, mevcut çalışmalar mikrobiyal topluluk kompozisyonunun ve işlevlerinin T2D patogenezine nasıl katkıda bulunduğuna dair kesin olma-yan sonuçlar göstermektedir

Yazarlar, daha fazla bilgi edinmek için Birleşik Arap Emirlikleri'nden T2D'si olan veya olmayan 84 kişinin dışkı örneklerini nanopore metagenomic dizileme kullanarak analiz etmiştir. Daha önceki birçok Batı çalışmasının aksine, bu çalışma sağlıklı kontroller ve T2D arasında bağırsak mikrobiyota alfa çeşitliliğinde hiçbir fark olmadığını bildirmiştir. Ayrıca, çoklu karşılaştırmalar için düzeltme yapıldıktan sonra, yazarlar gruplar arasında herhangi bir mikrobiyal türün veya KEGG ortoloji (KO) özelliklerinin farklı düzeyde zenginliğini bulamamışlardır. Bununla birlikte, bir gen seti zenginleştirme analizi, kontrol grubunda daha yüksek miktarda bulunan 8 işlevi ve T2D grubunda 5 işlevi ortaya çıkarmıştır. Bu farklı miktarda bulunan modüller arginin gibi amino asitlerin parçalanması, üre parçalanması ve homoasetogenez ile ilişkilidir. Bu işlevlerin pro-enflamatuar etkileri olduğu ve dolayısıyla T2D'nin ayırt edici özelliği olan düşük dereceli enflamasyona katkıda bulunabileceği görülmektedir. Sonuç olarak, yazarlar T2D'nin 3 potansiyel biyobelirtecini tanımlamak için tahmin analizini kullanmışlardır. Bunlar arasında Enterococcus faecium ve Blautia 'nın tükenmesinin yanı sıra T2D'de Absiella spp veya Eubacterium limosu 'un zenginleşmesi yer almaktadır. İlginç bir şekilde, E. faecium 'un lipid düşürücü ve obezite karşıtı etkileri olduğu ve bu nedenle patojenik T2D fenotipine kısmen katkıda bulunabileceği gösterilmiştir. Sonuç olarak bu çalışma, T2D ile ilişkili spesifik hastalık durumlarının gelişimini öngörmede yardımcı olabilecek işlevler ve taksonlar dahil olmak üzere spesifik mikrobiyal biyobelirteçleri tanımlamada başarılıdır.

Mikrobiyal bütirat mide kanserinde immüno-supresif faktörleri inhibe eder

^{Lee SY, Jhun J, Woo JS, et al. Gut microbiome-derived butyrate inhibits the immunosuppressive factors PD-L1 and IL-10 in tumor-associated macrophages in gastric cancer. Gut Microbes 2024; 16: 2300846.}

Midekanseri (GC) dünya çapında kanserden ölümlerin önde gelen nedenlerinden biridir. GC'nin başarılı tedavisi için erken teşhis önemlidir. Kanser immünoterapisinin bir hedefi olan programlanmış ölüm-ligandı 1 (PD-L1), bağırsak mikrobiyomu tarafından düzenlenebilen tümörle ilişkili makrofajlarda yüksek oranda ifade edilmektedir. Mikrobiyomun kanser karşıtı etkilere sahip olabileceği olası yollardan biri, bütirat dahil olmak üzere kısa zincirli yağ asitlerinin üretimidir. 

Bu çalışmada, ilerlemiş GC hastalar makrofajlarda, dendritik hücrelerde ve kanser mukozasında sağlıklı kontrollere göre daha fazla immünosupresif marker, yani PD-L1 ve interlökin (IL)-10 eksprese etmiştir. GC hastalarının bağırsak mikrobiyotası daha düşük çeşitlilik ve disbiyoz ile karakterize edilmiştir. Cins düzeyinde, GC hastalarında Faecalibacterium ve Bifidobacterium gibi bütirat üreten bakterilerin daha düşük bollukta olduğu tespit edilmiştir. İlginç bir şekilde, GC hastalarının periferik kan mononükleer hücrelerine bütirat ve Faecalibacterium verilmesi, PD-L1- ve IL10 eksprese eden makrofajların sayısını azaltmıştır. Ayrıca, bütirat kültürlenmiş remained unclear which Faecalibacterium Ancak, in vitro deneyde hangi Faecalibacterium suşunun kullanıldığı belirsiz kalmıştır . Nihayetinde, insanlaştırılmış bir tümör fare modeline GC hücreleri ve sağlıklı kontrollerden veya GC hastalarından alınan periferik kan mononükleer hücreleri bütirat ile veya bütirat olmadan enjekte edilmiştir. Deney, bütiratın tümör boyutunu ve immünosupresif belirteçler PD-L1 ve IL-10'u önemli ölçüde azalttığını göstermiştir. Dolayısıyla, bütirat GC'de kanser hücresi büyümesini baskılayarak terapötik potansiyele sahip olabilir