Clostridioides difficile : des marqueurs du microbiote intestinal predisent le risque d’infection

Une étude menée dans six pays européens a permis de mettre en évidence des marqueurs du microbiote intestinal prédictifs de diarrhées associées aux antibiotiques et d’infection à Clostridioides difficile. 

La dysbiose engendrée par la prise d’antibiotiques peut conduire à une infection par Clostridioides difficile. Ce pathogène est associé à une morbidité et une mortalité importante, ainsi que des coûts de santé considérables au niveau mondial. L'identification de marqueurs de cette infection pourrait contribuer à orienter le traitement et à réduire le poids de l’infection.


Plus de 1000 patients recrutés issus de 34 hôpitaux européens 


Dans cette étude multicentrique, observationnelle et prospective, le microbiote intestinal de patients hospitalisés âgés de plus de 50 ans a été analysé (séquençage de l'ARNr 16S combiné à une technique d’oligotyping pour identifier C. difficile) le jour précédent l’antibiothérapie dans le but d'identifier des marqueurs microbiens prédictifs de diarrhée associée aux antibiotiques (DAA) et d’infection à C. difficile (ICD). Une analyse longitudinale a également été réalisée pour évaluer l’impact de certains antibiotiques* sur le microbiote intestinal. 


Marqueurs prédictifs d’ICD


135 patients ont déclaré une diarrhée dans les 90 jours suivant le traitement, dont 15 ICD. Les chercheurs ont constaté que la diversité du microbiote à J1, avant toute antibiothérapie, était réduite chez les patients ayant développé une ICD, par rapport à ceux ayant développé une DAA ou par rapport aux patients non diarrhéiques. La composition de leur microbiote intestinal était également différente : une plus forte abondance d’Enterococcus et une réduction de Blautia, Ruminococcus, Porphyromonas, Bifidobacteria, Odoribacter, Prevotella et Ezakiella spp. étaient observées par rapport aux patients non-ICD. Ruminococcus, Ezakiella et Odoribacter spp ., 5 jours avant le développement d’une ICD dans cette cohorte. Ces marqueurs prédictifs ont été comparés à ceux d’une cohorte canadienne de patients âgés développant une ICD. D’une manière identique, la diversité intestinale était réduite, on observait une augmentation d’Enterococcus et une diminution de Ruminococcus, Ezakiella et Odoribacter spp. 5 jours avant le développement de l’infection. 


Dysbiose intestinale antibiotique dépendant

Les auteurs ont également trouvé que les antibiotiques induisaient une dysbiose intestinale classe dépendante 6 jours après l’initiation du traitement. Le microbiote intestinal des patients sous béta lactamines (autre classe que la pénicilline) était le plus déséquilibré. Toutes les béta lactamines (associées ou non à un inhibiteur de béta lactamase) augmentaient l’abondance d’Enterococcus, Le traitement par pénicilline associée à une béta lactamase était également associé à une réduction des bactéries de la famille des Clostridiales Incertae Sedis XI, connue pour être associée à une baisse du risque d’ICD. Les autres classes de béta-lactamines induisaient une réduction des bactéries appartenant aux Lachnospiraceae, comprenant des espèces productrices de butyrate, connues pour leurs effets bénéfiques sur la santé. Collectivement, toutes les classes d'antibiotiques étudiées ont considérablement modifié la composition du microbiote intestinal, et sont bien documentées en tant qu'antibiotiques à haut risque de développer une ICD.

 

* Penicilline + inhibiteur de bêta-lactamase, autres classes de béta lactamines, Fluoroquinolones

 

Sources:

Berkell M., Mysara M., Xavier B.B. et al. Microbiota-based markers predictive of development of Clostridioides difficile infection. Nat Commun 12, 2241 (2021). https://doi.org/10.1038/s41467-021-22302-0