Auto-tests du microbiote intestinal : inviter les patients à la prudence
Les auto-tests du microbiote intestinal présentent de telles variations de résultats et d’interprétation entre entreprises que leur fiabilité et leur utilité clinique sont largement remises en question.
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A propos de cet article
Troubles de la santé mentale, cancers, obésité... : le microbiote intestinal humain a été associé à de nombreuses pathologies depuis le début des années 2000. Largement relayés par les médias, ces travaux incitent des consommateurs à « tester » leur santé intestinale. Un marché potentiellement lucratif pour les vendeurs d’auto-tests : le consommateur réalise lui-même un prélèvement de selle à domicile, l’envoie au laboratoire et reçoit directement les résultats.
+ 7,7 % par an
Le marché mondial de l'auto-test (tous tests confondus) était évalué à 21,9 milliards de dollars en 2025.
Il devrait croître de 23,7 milliards de dollars en 2026 à 46,1 milliards de dollars en 2035, soit un taux de croissance annuel de 7,7 %. 1
7 auto-tests sur le grill
Une équipe 2 a comparé les performances de 7 services de tests du microbiote intestinal en soumettant à chacun trois exemplaires d’un échantillon fécal humain standardisé, qui sert habituellement aux laboratoires pour leurs étalonnages.
Premier constat : les méthodes des tests du microbiote varient fortement entre entreprises (modalités de collecte, séquençage, analyse), sans standard commun.
27 % Environ 1 personne interrogée sur 4 (27 %) a déjà entendu parler de l'analyse de microbiote. ³
60 % 6 personnes interrogées sur 10 (60 %) testeraient leur microbiote pour effectuer un bilan de santé général (60 %). En revanche, 23 % le feraient par curiosité. ³
Seconde limite : les résultats varient fortement d’une entreprise à l’autre.
- Sur les 7 entreprises testées, 3 ont détecté la présence de Clostridioides difficile dans l'échantillon standardisé, alors que les 4 autres l'ont déclaré absent.
- Un seul genre (Streptococcus) est concordant dans toutes les méthodes, alors que Roseburia présente la plus forte discordance.
- Les écarts entre les résultats pour un même échantillon sont tels qu’ils dépassent parfois la variabilité biologique entre individus !
- Enfin, les résultats d’une même entreprise sont parfois discordants… alors qu’elle analysait trois fois le même échantillon standard.
20 % Seulement 2 répondants sur 10 (20 %) testeraient leur microbiote pour aider à équilibrer leur microbiote, ou pour prévenir ou ralentir des pathologies. ³
31 % 3 participants sur 10 (31 %) testeraient leur microbiote pour faire progresser la science du microbiote. ³
Dernier écueil : l’interprétation des résultats.
Faute d’une définition universelle d’un microbiote sain, chaque entreprise utilise ses propres valeurs de référence pour plusieurs bactéries clés. Tant et si bien que les conclusions diffèrent d’une entreprise à l’autre.
Pire : au sein d’une même entreprise, les résultats peuvent varier selon les réplicats, conduisant parfois à des recommandations contradictoires (microbiote jugé “sain” ou “non sain” selon le réplicat). Autant de divergences inter et intra-entreprises qui conduisent à des interprétations et conseils de santé incohérents.
Diversité ou fonction : qu'est-ce qui définit un microbiote sain ?
Les recommandations des auteurs
Conscients qu’il existe une demande de patients en quête de réponses à des troubles, les auteurs recommandent deux principaux axes d’amélioration :
- Renforcer la validité clinique : mieux encadrer les interprétations de santé en citant systématiquement la littérature pour justifier les affirmations et recommandations, en y distinguant les simples relations de corrélations de véritables relations causales.
- Améliorer la performance analytique et la transparence via des standards de contrôle qualité (matériaux de référence, communautés microbiennes connues, seuils minimaux de lecture).
Ils soulignent également la nécessité d’élaborer des lignes directrices communes pour l’industrie, inspirées d’autres domaines du diagnostic, afin d’harmoniser les pratiques et de renforcer la confiance des utilisateurs et des autorités.
