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Comment le microbiote intestinal agit sur la qualité du sommeil

Sommeil
Gastroentérologie

Le microbiote intestinal et le sommeil entretiennent des interactions bidirectionnelles via des voies métaboliques, neuronales et immunitaires. La porte ouverte à de nouvelles stratégies thérapeutiques en cas de sommeil altéré ?

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A propos de cet article

Publié le 26 mars 2026
Mis à jour le 27 mars 2026

Et s’il existait une association bidirectionnelle entre le sommeil et l’intestin ? Pour aller plus loin que les simples études de corrélation, une revue1 plonge dans la littérature explorant l’axe microbiote–intestin–cerveau et son rôle dans la régulation du sommeil, afin de résumer les mécanismes potentiels reliant la composition et les fonctions du microbiote intestinal aux perturbations du sommeil.
 

18 % La prévalence estimée de l’apnée obstructive du sommeil (OSA) dans la population adulte est de 18 %.

10 % La prévalence estimée de l’insomnie dans la population adulte est de 10 %.

3 % La prévalence estimée du syndrome des jambes sans repos (RLS) dans la population adulte est de 3 %.

Troubles du sommeil et axe intestin-cerveau

Divers troubles du sommeil sont associés à des altérations de la composition du microbiote intestinal et de ses métabolites :
- Les insomniaques affichent une réduction de la diversité microbienne, avec (même si cela varie d’une étude à l’autre), le recul de certaines bactéries (comme les Ruminococcaceae) corrélé à une baisse de leurs métabolites (moins d’acides biliaires secondaires, produits par bactéries à partir des acides biliaires du foie).
- Une moindre diversité est également observée chez les patients souffrant d’apnée obstructive du sommeil, et une transplantation de microbiote fécal (FMT) de sujets souffrant d'hypoxie peut altérer les cycles de sommeil d’animaux sains.
- Le travail de nuit et le décalage horaire provoqueraient également des changements notables du microbiote, augmentant la perméabilité intestinale et l'inflammation.
- La narcolepsie pourrait être liée à un déséquilibre entre microbiotes immunosuppresseurs et immunostimulateurs.
- Dans le syndrome des jambes sans repos, une prolifération bactérienne dans l'intestin grêle pourrait être impliquée.

Des dysbioses sont également observées dans des pathologies associées à des troubles du sommeil : dans le trouble dépressif majeur, la composition du microbiote intestinal est corrélée à la qualité du sommeil ; dans la maladie de Parkinson, des études de (sidenote: Randomisation mendélienne Approche qui exploite la variabilité génétique naturelle pour tester des relations causales entre un facteur biologique (ex. cholestérol, vitamine D, IMC) et une maladie (ex. infarctus). Pour ce faire, les chercheurs utilisent les variants génétiques associés au facteur biologique recherché (ex. patients avec allèles augmentant le LDL-cholestérol vs patients sans) pour tester s’il existe une relation causale entre le facteur biologique (LDL cholestérol) et la maladie (infarctus). La distribution aléatoire des allèles dans la population réduit les biais (facteurs de confusion, etc.), imitant certains avantages d’un essai randomisé. ) ont suggéré une association causale avec des bactéries intestinales ; dans la maladie d'Alzheimer, les troubles du sommeil seraient directement associés à l'accumulation de protéine bêta amyloïde, en parallèle de modifications de la flore bactérienne qui constitueraient des biomarqueurs potentiels de diagnostic voire de traitement.

0,03 % La prévalence estimée de la narcolepsie dans la population adulte est de 0,03 %.

>50% Plus d’une personne sur 2 atteinte de démence (dont la maladie d’Alzheimer) souffre d’insomnie.²

Une communication bidirectionnelle

La revue présente en outre trois grandes voies de communication bidirectionnelles via lesquelles l’axe microbiote–intestin–cerveau coordonnerait le sommeil :
- Voies métaboliques et endocriniennes : les acides biliaires secondaires et les (sidenote: Acides Gras à Chaîne Courte (AGCC) Les acides gras à chaîne courte sont une source d’énergie (carburant) des cellules de l’individu, ils interagissent avec le système immunitaire et sont impliqués dans la communication entre l’intestin et le cerveau. Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25. ) produits par les bactéries influencent le sommeil via la circulation systémique. Par ailleurs, le microbiote produit ou régule des molécules clés du cycle veille-sommeil comme le GABA, la sérotonine, le tryptophane et la mélatonine.
- Voies neuronales : les bactéries intestinales et leurs métabolites impactent le système nerveux entérique et interagissent avec les voies du nerf vague pour influencer les régions et circuits cérébraux liés au sommeil. De plus, le microbiote et ses métabolites modulent la réponse au stress et la rythmicité de la corticostérone, influençant l'hyperactivité de l'éveil.
- Voies immunitaires : la privation de sommeil déclenche une inflammation systémique et intestinale, compromettant la barrière intestinale et affectant le système nerveux central.

29.02.2024 Des bactéries intestinales en cause dans l’apnée du sommeil En savoir plus

Le saviez-vous ?

  • Dans les pays d’Europe à hauts revenus, l’apnée obstructive du sommeil (OSA) est le trouble du sommeil le plus coûteux (184 milliards d’euros), suivie de l’insomnie (158 milliards d’euros), du syndrome des jambes sans repos (RLS) (79 milliards d’euros), de la narcolepsie (905 millions d’euros) et du trouble du comportement en sommeil paradoxal (RBD) (436 millions d’euros). Les coûts directs et indirects représentent respectivement 48 % et 52 % du total, aucune donnée n’étant disponible concernant les coûts liés aux soins informels.3
     
  • Les troubles du sommeil sont très fréquents chez les personnes atteintes de la maladie de Parkinson, jusqu’à 98 % des patients en présentant à un moment donné. Le trouble du comportement en sommeil paradoxal (RBD) est observé chez environ 46 % des patients atteints de la maladie de Parkinson.
     
  • Le syndrome des jambes sans repos (RLS) touche 15 à 20 % des patients atteints de la maladie de Parkinson, bien qu’un RLS survenant tôt dans la vie ne prédispose pas au développement ultérieur de la maladie de Parkinson. Cependant, un RLS sévère peut représenter un signal précoce de la maladie. 

Modifier le microbiote pour améliorer le sommeil

Parce que les traitements traditionnels des troubles du sommeil s’accompagnent souvent d’effets secondaires, les thérapies ciblant le microbiote représentent des stratégies prometteuses :

  • Les (sidenote: Probiotics Micro-organismes vivants qui, lorsqu'ils sont administrés en quantité adéquate, sont bénéfiques pour la santé de l'hôte. FAO/OMS, Joint Food and Agriculture Organization of the United Nations/ World Health Organization. Working Group. Report on drafting  guidelines for the evaluation of probiotics in food, 2002. Hill C, Guarner F, Reid G, et al. Expert consensus document. The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics consensus statement on the scope and appropriate use of the term probiotic. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2014;11(8):506-514. ) pourraient améliorer le sommeil en régulant les voies neurochimiques et en réduisant les hormones du stress. Des souches comme Lactobacillus et Bifidobacterium ont montré des bénéfices cliniques chez les insomniaques et les personnes stressées.
  • Les (sidenote: Prébiotiques Les prébiotiques sont des fibres alimentaires spécifiques non digestibles qui ont des effets favorables sur la santé. Ils sont utilisés de manière sélective par les micro-organismes bénéfiques du microbiote de l’individus. Les produits spécifiques associant des probiotiques et des prébiotiques sont appelés symbiotiques. Gibson GR, Hutkins R, Sanders ME, et al. Expert consensus document: The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics (ISAPP) consensus statement on the definition and scope of prebiotics. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2017;14(8):491-502. Markowiak P, Śliżewska K. Effects of Probiotics, Prebiotics, and Synbiotics on Human Health. Nutrients. 2017;9(9):1021. ) et les (sidenote: Symbiotique  En biologie, association étroite de deux ou de plusieurs organismes différents, mutuellement bénéfique. ) (pré + probiotiques) peuvent améliorer les scores subjectifs de sommeil et prolonger les phases de sommeil profond.
  • La FMT offre des taux de rémission de l'insomnie prometteurs, notamment chez les patients souffrant de COVID long ou de fibromyalgie.

La science serait-elle en route vers une médecine de précision du sommeil ?
 

Microbiote intestinal et troubles du sommeil : vers une approche thérapeutique basée sur la modulation microbienne ?

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Sources

1. Wang Z, Wu T, Li J, et al. Brain-gut-microbiota interactions in sleep disorders. Brain Medicine. 2025 Nov;1(6):31–52.

2. Singh H, Sankari A. Sleep and Neurodegenerative Disorders. 2024 Jul 2. In: StatPearls [Internet]. Treasure Island (FL): StatPearls Publishing; 2026 Jan–.

3. Bassetti CLA, Welter LS, Montes-Martinez M et al. Epidemiology and Economic Burden of Sleep Disorders in Europe. Eur J Neurol. 2026 Feb;33(2):e70463.

Tags
Sommeil Système digestif Microbiote intestinal Microbiome Flore Axe intestin-cerveau

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