Microbiote intratumoral du cancer colorectal : un indicateur pronostique indépendant ?
Une étude de cohorte prospective portant sur 937 patients suggère que le microbiote résidant dans les tissus tumoraux du cancer colorectal est associé au pronostic, indépendamment des facteurs clinico-moléculaires établis.
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A propos de cet article
Le cancer colorectal représente la 2e cause de décès par cancer dans le monde.
9,3 % 9,3 % du total des décès par cancer en 2022¹.
47 582 En France, 47 582 nouveaux cas ont été diagnostiqués en 2023 — dans 95 % des cas après 50 ans, avec 55 % d'hommes et 45 % de femmes².
Un séquençage haut débit sur 937 patients : une méthodologie de référence
Shi et al.3 ont analysé des données de séquençage du génome entier issues de 1 412 tissus:
- 937 tumeurs et 475 tissus normaux adjacents (NAT)
- et 462 échantillons sanguins de 937 patients naïfs de traitement, recrutés dans la cohorte prospective U-CAN (Uppsala-Umeå, Suède).
Une cohorte externe indépendante (AC-ICAM, n = 246) a permis la validation. Un pipeline bioinformatique rigoureux a été développé pour détecter et quantifier les bactéries présentes dans les tissus tumoraux, en privilégiant la spécificité sur la sensibilité — réponse directe aux controverses méthodologiques récentes dans ce domaine.
Les sous-types moléculaires du CCR (CMS1-4)
Le cancer colorectal ne forme pas un groupe homogène. La classification internationale CMS (Consensus Molecular Subtypes) distingue 4 sous-types selon le profil moléculaire tumoral4.
Cette classification est au cœur de l'interprétation des résultats de Shi et al.
Caractéristiques:
- tumeurs hypermutées,
- forte réaction immunitaire,
- côlon droit.
Association microbienne dans l’étude Shi et al., 2025: abondance relative : enrichissement en sous-espèces de Fusobacterium (Fn. animalis C2, Fn. nucleatum, Fn. vincentii et Fn. Polymorphum), et en bactéries orales (Parvimonas, Peptostreptococcus, Treponema) par rapport aux autres CMS. Pas d'association pronostique pks+ spécifique à ce sous-type.
Caractéristiques:
- le plus fréquent (37 %),
- activation des voies WNT et MYC.
Association microbienne dans l’étude Shi et al., 2025: association pronostique spécifique pks+/Enterobacteriaceae → mauvais pronostic.
Caractéristiques:
- anomalies métaboliques,
- mutation KRAS fréquente.
Association microbienne dans l’étude Shi et al., 2025: pas d'association pronostique pks+ spécifique identifiée dans cette étude.
Caractéristiques:
- transformation mésenchymateuse,
- risque métastatique élevé.
Association microbienne dans l’étude Shi et al., 2025: association pronostique avec un enrichissement en Fn. animalis C2, Fn. nucleatum et Fn. polymorphum avec une survie réduite, via des voies immuno-métaboliques spécifiques.
L’association pronostique pks+/Enterobacteriaceae est spécifique au CMS2 ; les CMS1 et CMS4 présentent des signatures microbiennes distinctes sans cette spécificité pronostique pks+.
361 espèces identifiées, un score de risque microbien validé
Les auteurs ont identifié 249 genres et 361 espèces bactériennes communes aux tumeurs et aux NAT, dont:
- Fusobacterium nucleatum,
- diverses Enterobacteriaceae (E. coli),
- Akkermansia muciniphila,
- des Firmicutes et des espèces appartenant au genre Treponema.
Les signatures microbiennes variaient selon la localisation anatomique, le stade tumoral et les sous-types moléculaires de consensus (CMS1-4).
17,4 % des tumeurs étaient positives pour l'îlot génomique pks, porté par certaines souches d'E. coli génotoxiques affectant les cellules cancéreuses colorectales via la colibactine. La présence de pks+ et une abondance élevée des Enterobacteriaceae étaient spécifiquement associées à un mauvais pronostic dans le sous-type CMS2.
Le microbiote intestinal module la réponse tumorale chez les patients atteints de cancer
Deux scores de risque microbien — MRS-T (tumeur) et MRS-N (NAT) — ont été construits et validés dans les trois cohortes, prédisant la survie globale indépendamment des facteurs clinicopathologiques classiques (améliorant la capacité discriminante du modèle pronostique par rapport aux seuls facteurs de l’hôte).
Les taxons défavorables étaient associés à l'activation de voies pro-inflammatoires (hypoxie, MAPK1/3, IL-6) et à une modulation du système immunitaire tumoral.
Implications cliniques et limites
Le microbiote intratissulaire du CCR constitue une source d'information pronostique indépendante, potentiellement complémentaire aux marqueurs moléculaires actuels.
La spécificité de l'association pks/Enterobacteriaceae au sous-type CMS2 invite à intégrer le sous-typage moléculaire dans l'interprétation du rôle du microbiome.
Limites à noter :
- design observationnel,
- patients naïfs de traitement uniquement,
- WGS non déployable en routine à ce stade.
Des essais mécanistiques et prospectifs restent nécessaires avant toute application clinique.
1. PAHO-Bilan mondial du cancer.
2. Ameli-Cancer colorectal.
3. Shi Z. et al. Tissue-resident microbiota impacts colorectal cancer progression and prognosis. Nature Communications, 2026, 17:346. https://doi.org/10.1038/s41467-025-67047-2.
4. Guinney J. et al. The consensus molecular subtypes of colorectal cancer. Nature Medicine, 2015, 21(11), 1350–1356. https://doi.org/10.1038/nm.3967.
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