Le microbiote vaginal, réservoir de gènes de résistances ?

C’est le revers de la médaille des antibiotiques : si leur usage a permis de sauver de nombreuses vies, il va aussi de pair avec une hausse des résistances. Pour traquer ces résistances, la science s’est penchée sur divers microbiotes (intestinaux, cutanés…) qui représentent autant de réservoirs possibles. Le microbiote vaginal pendant la grossesse restait encore peu étudié, malgré son importance potentielle pour la santé maternelle et de l’enfant à naître, jusqu’à ces travaux¹ publiés en 2026 par une équipe française (Institut Pasteur, Assistance Publique–Hôpitaux de Paris, Université Paris Cité).

Des résistances fréquentes, associées à certaines espèces bactériennes

Les auteurs ont analysé 1 957 prélèvements vaginaux provenant de 1 547 femmes enceintes : 56 % des échantillons abritaient au moins un gène de résistance. Les plus abondants ? Les gènes conférant une résistance aux classes des macrolides-lincosamides-streptogramines (MLS)^* et des tétracyclines. Les plus diversifiés ? Ceux de la classe des β-lactamines. Mais surtout : les gènes de résistance aux antibiotiques des classes MLS et des tétracyclines s’avéraient associés à la présence d’un large éventail d’espèces bactériennes, dont L. iners^** et G. vaginalis. De leur côté, Enterococcus spp., Streptococcus spp. et Staphylococcus spp., étaient associées à la résistance aux β-lactamines par l’intermédiaire des gènes mecA ou blaZ. Ces associations concernent plusieurs bactéries du microbiote vaginal, sans démontrer à elles seules l’expression des gènes identifiés.

Le microbiote influence le résistome

La diversité des gènes de résistance dépendait des types communautaires microbiens (ou CST) : un microbiote vaginal dominé par L. crispatus (CST I) était associé à un résistome pauvre et peu diversifié, suggérant un potentiel de dissémination des résistances plus limité. A l’inverse, les communautés dominées par L. iners (CST III) ou plus diversifiées et pauvres en Lactobacillus (CST IV) présentaient davantage de gènes de résistance et d’éléments génétiques mobiles capables de les véhiculer, suggérant un potentiel accru de transfert horizontal de gènes entre bactéries.

Résistome vaginal et complications obstétricales

Enfin, les auteurs ont mis en évidence une signature de résistome associée à des issues défavorables de la grossesse (travail prématuré ou accouchement prématuré avec rupture des membranes) : celle-ci est caractérisée par une augmentation des Enterobacterales (notamment les bactéries  E. coli et K. pneumoniae), une diminution de plusieurs Lactobacillus et une augmentation des gènes de résistance aux β-lactamines, notamment blaTEM-1 et cfxA. Chez ces femmes, ce profil ne suffit toutefois pas à établir l’existence d’une infection. La diminution des lactobacilles s’inscrit dans une modification de la diversité bactérienne, notamment dans le groupe présentant une rupture prématurée des membranes avant terme.

Ainsi, le microbiote vaginal semble constituer un réservoir structuré de gènes de résistance aux antibiotiques, contribuant au résistome humain au sens large. Cependant, plusieurs questions restent ouvertes : les gènes de résistance présents sont-ils réellement exprimés ? Sont-ils effectivement transférés entre bactéries ? Peuvent-ils être transmis au nouveau-né ? Autant de questions qui nécessiteront des études fonctionnelles et longitudinales. Leurs résultats pourraient également ouvrir des perspectives pour la santé maternelle et néonatale, sans application clinique validée à ce stade.