Entérocolite nécrosante du nourrisson : des bactéries intestinales et des métabolites pour diagnostiquer plus tôt ?

Identifier tôt et intervenir le plus rapidement possible. Tels sont les impératifs de la prise en charge de l'entérocolite nécrosante néonatale (ECN), qui touche 5 à 12 % des prématurés. Mais faute de biomarqueurs suffisamment sensibles au stade précoce, ils restent au stade de vœux pieux. Or, de précédentes études ont montré l’apparition d’une dysbiose intestinale dans les 7 jours à 72 h précédant l’ECN. Le microbiote et ses métabolites, notamment les acides gras à chaîne courte (AGCC) impliqués dans le maintien de l'intégrité de l'épithélium intestinal, pourraient-il prédire l’ECN à venir ?

34 prématurés avec troubles digestifs

Afin d'explorer la valeur prédictive du microbiote intestinal et des AGCC, une étude prospective a été menée auprès de 34 prématurés (< 34 semaines d’aménorrhée) souffrant de troubles intestinaux (distension abdominale, vomissements ou selles sanglantes) : 17 potentiellement atteints d’ENN et 17 témoins appariés sans ECN, dont les selles ont été prélevées le jour de leur inclusion. À noter : sur les 17 enfants potentiellement ECN, le diagnostic n’a été confirmé que chez 12 enfants (sidenote: Perforation intestinale au cours de l'étude Perforation intestinale chez les 5 autres enfants le jour de leur enrôlement dans l’étude. ) (soit un sous-groupe de l’échantillon initialement apparié) dont les selles ont été prélevées en moyenne 7 jours plus tard.

Une dysbiose intestinale précède l’ECN

Contrairement à ce que mettent en évidence de précédentes études, les chercheurs n’observent pas systématiquement de perte de diversité intestinale précédant la maladie : certains indices de richesse bactériennes (Ace et Chao1) évoquent une différence significative, d’autres (Simpson et Shannon) non. Selon les auteurs, les troubles digestifs de tous les enfants inclus, y compris les témoins, pourraient expliquer cette discordance avec les données de la littérature.

En revanche, 7 jours avant l'apparition de l’ECN, une modification de la composition de la flore apparaît : les bactéries Streptococcus salivarius et Rothia mucilaginosa augmentent tandis que Bifidobacterium subsp. lactis diminue. Des variations sont également explorées à l’échelle du phylum (augmentation des protéobactéries, baisse des Firmicutes, Actinobacteriota et Bacteroidota) mais elles restent non significatives.

3 AGCC comme marqueurs métaboliques

Les chercheurs se sont également penchés sur les métabolites bactériens. Et plus précisément sur l’acétate, le propionate et le butyrate qui représentent 90 à 95 % des AGCC totaux dans les intestins humains. L’étude montre que ces 3 AGCC diminuent significativement 7 jours avant l'apparition de l’ECN, sans doute en raison du déclin des Firmicutes et des Bacteroidota. Ces métabolites s’avèrent être de bien meilleurs biomarqueurs prédictifs de l’ECN que les biomarqueurs bactériens : ils sont plus spécifiques et plus sensibles (AUC de 68 à 73 % selon l’AGCC) ce qui permettrait une éventuelle application clinique.