Prédire le risque d’entérocolite nécrosante grâce au virome intestinal

L'entérocolite nécrosante (ECN) est une complication nécro-inflammatoire grave et soudaine chez les enfants prématurés. De précédentes études suggèrent une implication du microbiote intestinal dans sa survenue, tandis que d’autres pointent une possible implication de certains virus. Or, le virome intestinal des enfants prématurés restait jusque-là mal connu.
D’où les travaux d’une équipe américaine qui a suivi la mise en place du virome des prématurés au fil du temps afin d’identifier les facteurs pouvant influencer le développement de l’ECN.

Une convergence des viromes 10 jours avant la maladie

Dans cette étude longitudinale métagénomique, les viromes intestinaux de 23 enfants prématurés ont été analysés par séquençage nouvelle génération. Et ce, durant leurs 11 premières semaines de vie, soit entre 25 et 36 semaines d’âge post-menstruel (sidenote: Âge post-menstruel âge correspondant au nombre de semaines de gestation à la naissance plus l'âge postnatal. ) . Neuf de ces enfants ont développé une ECN à un âge post-menstruel médian d’environ 31 semaines ; quatre n’y ont pas survécu. 

Les résultats montrent que le virome intestinal des enfants prématurés présente une forte variation inter et intra-individuelle dans le temps. Ce constat est identique que les enfants aient ou non développé une ECN. En revanche, résultat particulièrement intéressant : les viromes intestinaux des enfants ayant développé une ECN ont commencé à converger en termes de diversité bêta (sidenote: Diversité β Une mesure indiquant la diversité des espèces entre les échantillons, elle permet d’évaluer la variabilité de la diversité du microbiote entre les sujets. Hamady M, Lozupone C, Knight R. Fast UniFrac: facilitating high-throughput phylogenetic analyses of microbial communities including analysis of pyrosequencing and PhyloChip data. ISME J. 2010;4:17-27. https://www.nature.com/articles/ismej20099 ) 10 jours avant l’apparition de la maladie. Une convergence qui s’est traduite par un enrichissement en virus spécifiques et la perte d'autres virus.
Côté bactéries, la diversité bêta bactérienne chez ces enfants était quant à elle stable au cours des 25 jours précédant l’ECN. Cependant, sur cette période, l'abondance des Gammaproteobacteria, Bacilli, Enterococcaceae, Enterobacteriaceae et Veillonellaceae différait entre les échantillons des cas versus les contrôles.

Repérer les enfants à risque

Il existe donc des signatures virales associées à des interactions virus-bactéries spécifiques apparaissant une dizaine de jours avant la survenue de l’ECN. De quoi suggérer l’implication du virome intestinal chez les enfants prématurés dans la pathogénèse de cette complication. La géographie étant un facteur pouvant influencer le microbiome et le virome, ces résultats obtenus au sein d’un seul hôpital aux États-Unis seront à confirmer sur d’autres populations. Ils laissent toutefois entrevoir la possibilité de repérer précocement les enfants présentant un risque accru de développer une ECN.