Прогнозирование риска некротизирующего энтероколита с помощью кишечного вирома

Некротизирующий энтероколит (НЭК) — серьезное и внезапно развивающееся некровоспалительное заболевание, наиболее часто встречающееся у недоношенных детей. Одни исследования предполагают, что в его возникновении участвует микробиота кишечника, в то время как другие указывают на возможное участие некоторых вирусов. Как бы то ни было, кишечный вирус недоношенных младенцев до сих пор малоизучен, поэтому группа американских специалистов исследовала динамику развития вирома кишечника у недоношенных младенцев, чтобы найти факторы, способные повлиять на развитие НЭК.

Конвергенция виромов за 10 дней до начала заболевания

В этом продольном метагеномном исследовании кишечные виромы 23 недоношенных младенцев анализировали с помощью секвенирования нового поколения в течение первых 11 недель жизни (25–36 неделя постменструального возраста). У 9 детей в среднем на 31 неделе постменструального возраста (sidenote: Постменструальный возраст количество недель беременности на момент рождения (срок гестации) + постнатальный возраст. ) развился НЭК (четверо детей умерли).

Результаты анализа показали высокие меж- и внутрииндивидуальные вариации виромов кишечника недоношенных младенцев с течением времени, не зависящие от вероятности развития НЭК. А самым интересным открытием стало обнаружение конвергенции виромов с точки зрения бета-разнообразия (sidenote: бета-разнообразие Мера, указывающая на видовое разнообразие между образцами, позволяет оценить изменчивость разнообразия микробиоты между субъектами. Hamady M, Lozupone C, Knight R. Fast UniFrac: facilitating high-throughput phylogenetic analyses of microbial communities including analysis of pyrosequencing and PhyloChip data. ISME J. 2010;4:17-27. https://www.nature.com/articles/ismej20099 ) , которая начиналась уже за 10 дней до развития НЭК. Эта конвергенция выражалась в увеличении преобладания одних вирусов и уменьшении других.
Бактериальное бета-разнообразие у младенцев оставалось стабильным в течение 25 дней, предшествовавших возникновению НЭК, но в течение этого периода количество Gammaproteobacteria, Bacilli, Enterococcaceae, Enterobacteriaceae и Veillonellaceae различалось между образцами от детей с НЭК и остальных.

Выявление детей, относящихся к группе риска

Можно предположить существование вирусных сигнатур, отражающих специфические вирусно-бактериальные взаимодействия, которые появляются примерно за 10 дней до развития НЭК, что обозначает участие кишечных вирусов в патогенезе НЭК у недоношенных детей. Поскольку география проживания является фактором, способным влиять на микробиом и виром, результаты, полученные в одной больнице в США, следует подтвердить в других популяциях. Тем не менее, полученные результаты указывают на возможность раннего выявления младенцев с повышенным риском развития НЭК.