Les phages au secours des infections multirésistantes ?

Les bactériophages ou « phages » sont les entités biologiques les plus abondantes et variées sur terre. Prédateurs naturels des bactéries, ils sont ubiquitaires dans le sol, les océans… et le microbiote intestinal humain, où ils constituent le type de virus dominant. Des dysbioses bactériennes intestinales associées à des pathologies gastrointestinales comme la maladie de Crohn ou le syndrome de l’intestin irritable s’accompagnent de modifications dans la composition de ces virus.

Cent ans plus tard, un retour sous le feu des projecteurs

Dès les années 20, des expérimentations menées sur les phages pour évaluer leur potentiel de traitement ont donné quelques résultats prometteurs chez des patients atteints de shigellose, de dysenterie et de choléra. Cette recherche balbutiante (sidenote: Summers WC. The strange history of phage therapy. Bacteriophage. 2012 Apr 1;2(2):130-133. ) a été balayée par l’arrivée des antibiotiques dans les années 40. Si quelques essais, hélas mal documentés, se sont poursuivis dans des pays de l’Est, les phages ont été relégués au second plan. Mais les récentes inquiétudes concernant les infections multirésistantes, tout comme l’accumulation des connaissances sur l’impact des antibiotiques sur l’équilibre du microbiote intestinal, ont motivé la reprise des études sur la phagothérapie. Chaque espèce de phage ayant généralement pour cible une seule espèce bactérienne, ces virus pourraient apporter une solution « de précision » là où les antibiotiques à spectre large posent question. Cependant, même s’ils suscitent de grands espoirs, les phages ne font pas encore l’objet d’un traitement autorisé par les autorités de santé (sauf pour de très rares exceptions). 

Antibiorésistance, dysbioses, ciblage thérapeutique… : de multiples potentiels

En 2017, une étude de cas (sidenote: Schooley RT, Biswas B, Gill JJ, et al. Development and Use of Personalized Bacteriophage-Based Therapeutic Cocktails To Treat a Patient with a Disseminated Resistant Acinetobacter baumannii Infection. Antimicrob Agents Chemother. 2017 Sep 22;61(10):e00954-17.  ) a attiré l’attention : un patient diabétique de 68 ans, infecté par une bactérie multi résistante (Acinetobacter baumannii) et souffrant d’une pancréatite a recouvré la santé en 5 mois grâce à la phagothérapie, après plusieurs échecs de traitements par antibiotiques. D’autres succès ont été rapportés dans des infections par Pseudomonas aeruginosa (sidenote: Jennes S, Merabishvili M, Soentjens P, et al. Use of bacteriophages in the treatment of colistin-only-sensitive Pseudomonas aeruginosa septicaemia in a patient with acute kidney injury-a case report. Crit Care. 2017 Jun 4;21(1):129.  ) et Mycobacterium abscessus (sidenote: Dedrick RM, Guerrero-Bustamante CA, Garlena RA, et al. Engineered bacteriophages for treatment of a patient with a disseminated drug-resistant Mycobacterium abscessus. Nat Med. 2019 May;25(5):730-733. ) , avec l’espoir d’alternatives prometteuses pour le traitement des infections bactériennes multirésistantes. La phagothérapie comme modulateur du microbiote intestinal intéresse également les scientifiques. Une étude sur la souris a montré qu’un traitement par phages ciblant Enterococcus faecalis, bactérie associée à un mauvais pronostic dans l’hépatite alcoolique, pouvait améliorer la maladie.

A la recherche de réponses aux défis d’utilisation clinique 

La recherche doit désormais répondre aux nombreuses questions que pose la pratique clinique. La phagothérapie est-elle toujours sûre ? Peut-elle remplacer un traitement antibiotique ? Quels sont le bon mode d’administration et le bon dosage ? Quel est leur effet à long terme sur le microbiote et la santé en général ? Selon les auteurs, des essais cliniques randomisés en double-aveugle et contrôlés contre placebo sont nécessaires pour donner une place légitime à la phagothérapie, une pratique séculaire qui pourrait répondre à de nombreux enjeux de la médecine d’aujourd’hui.