De la ferme à l’intestin : les étonnants effets des fruits et légumes sur le microbiote intestinal

Des études récentes ¹ ont montré que le vieil adage selon lequel « une pomme chaque matin évite le médecin » s’applique aussi aux habitants microscopiques de notre corps, c’est-à-dire, au microbiote intestinal. En effet, des scientifiques ont découvert que les bactéries d’origine végétale migrent vers le tube digestif humain, où elles s’installent. C’est la première fois qu’une étude parvient à démontrer que des microbes d’origine végétale sont transmis à l’intestin par le biais de la consommation.

Les microbes d’origine végétale font du « légume-stop » pour coloniser le microbiote intestinal

Les scientifiques de l’Institut de Biotechnologie Environnementale ² autrichien ont mené à bien une analyse génomique informatique complexe en reconstituant 156 génomes bactériens à partir d’ensembles de données métagénomiques de fruits et légumes. Ces séquences d’ADN microbien ont servi de référence pour la détection de bactéries dérivées de produits frais au sein de métagénomes fécaux humains accessibles au public. Les chercheurs ont également examiné une cohorte longitudinale de suivi d’échantillons de selles de bébés sur une période de 3 ans afin d’évaluer la persistance bactérienne.

À leur grande surprise, les chercheurs ont observé que les produits frais et les intestins humains possèdent en commun certains genres bactériens. Les principaux genres d’origine végétale détectés dans l’intestin des participants étaient : Enterobacterales, Burkholderiales et Lactobacillales.

Les fruits et légumes sont à l’origine de 2 % du total des bactéries intestinales 

En moyenne, près de 2 % des bactéries intestinales propres à un individu trouvent leur origine dans les fruits et légumes. Cette proportion est plus élevée chez les jeunes enfants et chez les gros mangeurs de légumes.

Même si cette proportion reste faible par rapport à la communauté bactérienne dans son ensemble, ces bactéries d’origine végétale apportent des composants essentiels pour la santé tels que les acides gras à chaîne courte, la vitamine B12 et la vitamine K. Derrière leur faible abondance se cache un rôle fonctionnel majeur, celui de complément des gènes et du métabolisme humains.

Enfin, l’étude montre que la consommation de plus de 10 fruits et légumes différents par semaine, en comparaison avec une moindre diversité alimentaire, est associée à une plus grande richesse en espèces intestinales. La consommation régulière de fruits et légumes est également associée à une plus grande hétérogénéité structurelle de la communauté bactérienne.

Semer pour le futur de notre microbiome

Alors que l’activité humaine dégrade les écosystèmes naturels et appauvrit les communautés bactériennes environnementales, la diminution de l’apport microbien provenant des produits frais pourrait avoir de lourdes conséquences sur la santé publique que nous commençons à peine à appréhender.

Cette étude met en lumière l'importance insoupçonnée des produits agricoles en tant que vecteurs essentiels de notre écosystème intestinal et suggère que la préservation des végétaux et des sols pourrait « semer » les graines d’un meilleur avenir pour le microbiome à l'échelle mondiale.

On pourrait également affirmer que la diminution de l'apport microbien provenant de produits issus de l'agriculture intensive, moins riches en microbiome, pourrait avoir un impact négatif sur la santé publique. Ce coup de projecteur sur les fruits et légumes en tant que vecteurs essentiels, mais vulnérables, qui transmettent les bactéries environnementales à nos intestins, a des implications urgentes pour l'agriculture, la préservation de l’environnement et la médecine.

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