Cancer colorectal : un rôle pour le virome et le mycobiome ?

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De récents travaux explorent pour la première fois les versants fongique et viral des perturbations du microbiote intestinal chez des patients atteints de cancer colorectal. De nouvelles pistes diagnostiques et thérapeutiques pourraient en découler.

 

Majoritairement centrée sur les populations bactériennes, la recherche sur le cancer colorectal (CCR) s’élargit peu à peu aux autres micro-organismes (espèces fongiques et virus). Une étude réalisée par une équipe hongkongaise s’est focalisée sur les spécificités du mycobiome chez des patients atteints de cancer colorectal. Après analyse des selles de 73 patients et 92 individus sains, les chercheurs ont pu observer une signature fongique chez les malades : un ratio augmenté Basidiomycota / Ascomycota (deux phyla les plus abondants du mycobiome humain), bien que la richesse et la diversité fongiques soient restées inchangées.

Levures opportunistes et protectrices

Plus spécifiquement, 6 genres fongiques étaient enrichis dans les selles de patients souffrant de CCR, et parmi eux certains pathogènes opportunistes comme Acremonium (Ascomycota) et Rhodotorula(Basidiomycota). De même pour la levure Malassezia (Basidiomycota), qui est normalement observée au niveau cutané et impliquée dans la dermatite atopique, entre autres. Elle serait donc capable de colonisation intestinale par un mécanisme similaire à celui qu’utilise Candida albicans (Ascomycota). Certaines espèces d’Aspergillus étaient également plus abondantes chez les malades, notamment A. flavus, productrice d’aflatoxine et potentiellement cancérigène. A l’inverse, la levure Saccharomyces cerevisiae, connue pour coloniser le microbiote digestif et aux propriétés anti-inflammatoires et régulatrices du système immunitaire, était diminuée chez les patients cancéreux, ce qui en ferait une piste thérapeutique potentielle selon les auteurs. Ces dysbioses fongiques ont été validées par la même équipe dans deux autres cohortes, et pourraient donc constituer des biomarqueurs diagnostiques.

Rôle indirect des bactériophages ?

Dans une autre étude, des chercheurs nord-américains ont analysé les selles de 30 patients atteints de carcinome, 30 porteurs d’adénome et 30 sujets sains. Ils ont observé que la diversité et la richesse virales n’étaient pas altérées chez les patients porteurs de carcinome / adénome, et ont mis en lumière le rôle de certains bactériophages (appartenant aux famille Siphoviridae et Myoviridae, entre autres) dans la carcinogénèse colorectale. Selon les scientifiques, certains perturberaient les populations bactériennes du côlon et seraient associés à la progression tumorale : en entretenant la lyse bactérienne, ils permettraient aux espèces opportunistes ancrées à l’épithélium de produire un biofilm favorisant la pénétration dans la lumière intestinale des bactéries oncogènes qui déclencheront la réponse immunitaire inflammatoire. A moins que ce ne soit les bactéries elles-mêmes qui influent sur le virome, et non l’inverse… ? Des hypothèses subsistent et de nombreux éléments restent à préciser, l’enjeu étant d’enrichir l’arsenal diagnostique et thérapeutique du troisième cancer le plus diagnostiqué au monde en 2018.

 

Sources :

Coker OO et al. Enteric fungal microbiota dysbiosis and ecological alterations in colorectal cancer. Gut, 2018 Nov 24. pii: gutjnl-2018-317178

Hannigan GD et al. Diagnostic Potential and Interactive Dynamics of the Colorectal Cancer Virome, MBio. 2018 Nov 20;9(6). pii: e02248-18

https://www.iarc.fr/wp-content/uploads/2018/09/pr263_F.pdf