Dysbiose intestinale en soins intensifs : un facteur de risque d'antibiorésistance

Les patients en unité de soins intensifs (USI) sont particulièrement exposés au risque de dysbiose intestinale, elle-même promotrice d'infections par des bactéries opportunistes ou des pathogènes extérieurs. Ce phénomène favorise l’émergence d’antibiorésistance chez des patients souvent soumis à de lourds traitements antibiotiques. Ceci est particulièrement vrai de Pseudomonas aeruginosa, pour laquelle l'OMS classe comme critique la nécessité de développer de nouveaux antibiotiques.

Une bactérie particulièrement résistante

P. aeruginosa présente notamment une résistance inquiétante aux carbapénèmes (estimée à 25 % en France et à 28 % aux Etats-Unis). Une équipe nord-américaine s’est penchée sur le lien entre dysbiose intestinale, antibiothérapie et colonisation par P. aeruginosa résistant aux carbapénèmes (CRPA) chez 109 patients admis en soins intensifs et répartis en trois groupes : un groupe « contrôle » n’ayant reçu aucun antibiotique et n’ayant pas développé de CRPA, et deux groupes sous antibiotiques : l’un ayant développé un CRPA mais pas le second. Parmi les antibiotiques utilisés figuraient la vancomycine, molécule de référence anti SARM*, et l’association pipéracilline-tazobactam, à l’activité anti-anaérobique et anti-pseudomonale.

Voie ouverte aux pathogènes

La combinaison pipéracilline-tazobactam s’est avérée nocive pour des bactéries bénéfiques telles Lactobacillus et Faecalibacterium, utilisées dans certains probiotiques, et Blautia,qui aiderait à la prévention de l’infection par Clostridium difficile. En parallèle, le traitement a favorisé la croissance des pathogènes opportunistes comme Enterococcus. La vancomycine, quant à elle, était associée à une diminution de Bifidobacterium. Au total, le risque de voir émerger des CRPA était près de trois fois plus élevé chez les patients ayant reçu l’un ou l’autre de ces traitements comparativement à ceux qui n’avaient reçu aucun antibiotique.

Profiler les patients à risque

Les chercheurs ont également identifié certaines bactéries protectrices face au CRPA, parmi lesquelles Peptoniphilus, Prevotella et des bactéries appartenant à l’ordre des Clostridiales, qui pourraient être utilisées comme biomarqueur chez les patients en soins intensifs afin d'adapter l'antibiothérapie en cas de présence avérée de CRPA ou de signes d'infection. Les auteurs notent toutefois que certaines de ces bactéries protectrices comme Finegoldia, Anaerococcus et Peptoniphilus, ont déjà été associées à des infections et des plaies chroniques. Avant toute application clinique, les recherches devront donc être poursuivies et inclure d’autres microbiotes (cutané et respiratoire) ainsi que d’autres sites potentiels de colonisation.

^{*Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline}