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Microbiote 23 - Octobre 2025

Chères lectrices, chers lecteurs,

Quand les médicaments rencontrent les microorganismes : un dialogue trop longtemps négligé

Ces dernières années, nous avons pris l’habitude de considérer le microbiote intestinal comme un pilier de la santé digestive et immunitaire, un organe complexe à part entière. Mais que se passe-t-il lorsqu’il rencontre un autre acteur clé de la médecine moderne, les médicaments ? C’est le fascinant objet de notre dernier numéro, dont la synthèse a été rédigée avec brio par le professeur Emmanuel Montassier (Université de Nantes, France).

Nous apprenons que le dialogue entre les microbes intestinaux et les médicaments est non seulement réel, mais aussi profondément bidirectionnel. Les médicaments peuvent remodeler le microbiote, parfois avec des conséquences à long terme. À leur tour, les microorganismes peuvent métaboliser, activer ou inactiver les médicaments, influençant ainsi leur efficacité et leur toxicité. Selon les études référencées dans ce numéro, environ 24 % des médicaments non antibiotiques inhibent au moins une espèce commensale, et 10 à 15 % sont métabolisés par le microbiote, avec des implications cliniques possibles allant d’une réduction du bénéfice thérapeutique à des effets indésirables.

 

Ces interactions, encore largement ignorées dans le développement et la prescription des médicaments, constituent désormais le fondement d’un nouveau domaine : la pharmacomicrobiomique. En combinant les données sur le microbiome avec la génomique et les informations cliniques, nous sommes sur le point de personnaliser les traitements d’une manière jusqu’alors inimaginable.

Dans cette édition, le professeur Montassier nous présente les principales conclusions, notamment les dommages collatéraux des antibiotiques courants sur la flore intestinale, les effets sous-estimés de médicaments tels que les IPP et la metformine sur les communautés microbiennes, et les nouvelles stratégies visant à préserver et à restaurer le microbiote, allant des inhibiteurs d’enzymes microbiennes aux médicaments préservant le microbiote, en passant par la conception de traitements guidés par l’IA.

En apportant plus de clarté dans ce domaine en pleine évolution, nous espérons sensibiliser le grand public au rôle du microbiote intestinal, non seulement en tant que victime passive des médicaments, mais aussi en tant qu’acteur thérapeutique à part entière.

Bonne lecture !

Publié le 05 décembre 2025
Mis à jour le 19 décembre 2025