Microbiote intestinal et Covid-19 : ce que les experts savent, ce qu’ils supposent

Même si le coronavirus touche en premier lieu les poumons, médecins et chercheurs se sont rapidement penchés sur le rôle du microbiote intestinal. Notamment parce que des symptômes intestinaux (vomissements, nausée, diarrhée) semblent plus fréquents dans les formes sévères : 3 méta-analyses portant sur environ 4.000 à 10.000 patients rapportent des prévalences de 10 à 17,6 %. L'infection déclenche une réaction inflammatoire intestinale, mise en évidence par des taux fécaux élevés d’un biomarqueur, la calprotectine.

Présence du virus dans le système digestif

Le SARS-CoV-2 infecte les cellules en se liant notamment au récepteur ACE2 (sidenote: Receptor angiotensinconverting enzyme II ) , qui participe à l’homéostasie du système rénine-angiotensine-aldostérone, cruciale pour la physiologie et la pathologie de tous les organes. ACE2 est fortement exprimé dans le tissu pulmonaire, d’où sa vulnérabilité, mais il l’est également au niveau du cœur, du foie et de l’intestin. Ainsi, le système digestif pourrait être une porte d'entrée du virus via des aliments contaminés. Une transmission fécale-orale pourrait suivre : de l’ARN viral est présent dans les selles d’un patient Covid sur 2, même en l’absence de virus dans les voies respiratoires. En outre, le virus semble capable de se répliquer dans le tube digestif.

Mécanismes potentiels

Plusieurs mécanismes pourraient être impliqués dans les troubles gastro-intestinaux observés :

• Un affaiblissement de la barrière intestinale, lié à une inflammation locale ou à la réplication du virus.

• Une dérégulation de l'ACE2, dont tout déficit accentue la susceptibilité de l'intestin à l'inflammation. Or, il est probable que le SARS-Cov2, qui réduit l’expression d’ACE2 dans les poumons, la limite également dans l’intestin.

• Une altération de la composition et des fonctions du microbiote, consécutive de l’hypoxie liée à la Covid-19.

• Une implication de l’axe intestin-cerveau, le système nerveux entérique pouvant être affecté soit via une infection virale directe, soit via une réponse immunitaire (sidenote: Cytokines inflammatoires par exemple ) , amplifiant la diarrhée et stimulant éventuellement le nerf vague pour favoriser les vomissements.

Dysbiose du microbiote intestinal

Il a été montré qu’un déficit en ACE2 altère la composition du microbiote chez la souris ; les patients Covid-19 présentent une dysbiose intestinale, avec une perte de diversité et d’abondance bactérienne. Or, cette dysbiose est lourde de conséquences : le microbiote intestinal peut stimuler à distance la réponse de l'hôte aux infections virales respiratoires ; inversement, la dysbiose peut aggraver l'issue de la maladie, une moindre présence de bactéries commensales favorisant la surreprésentation de bactéries pathogènes. Le rôle du microbiote intestinal dans les infections à coronavirus reste donc à définir, afin de déterminer s’il constitue un biomarqueur de la gravité de la maladie voire une stratégie thérapeutique.