Les bactériophages essentiels pour éradiquer Clostridium difficile

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La guérison de l’infection à Clostridium difficile a connu un nouvel élan grâce à la transplantation de microbiote fécal. Des chercheurs de l’université de Hong-kong montrent le rôle méconnu des bactériophages dans ce traitement.

 

La transplantation de microbiote fécal (TMF) se montre d’une meilleure efficacité que l’antibiothérapie de première intention par vancomycine dans le traitement de l’infection à C. difficile. Les mécanismes de guérison sont encore mal connus et ne peuvent être réduits à la seule restauration de la diversité bactérienne : selon cette étude, les virus intestinaux joueraient un rôle majeur. La comparaison entre sujets sains et atteints (parmi lesquels ceux traités par TMF ou par antibiothérapie) a permis de mettre en lumière le rôle des virus, en particulier des bactériophages. Une étude préliminaire sur la TMF avait montré que le transfert d’échantillons fécaux stériles avait été efficace pour éliminer les symptômes. Des composants, autres que bactériens, contribueraient donc bien à la restauration d’un microenvironnement intestinal normal.

Une dysbiose virale associée à C. diff.

L’étude du virome intestinal a montré que les Caudovirales, des bactériophages, étaient la famille de virus la plus abondante dans le groupe des sujets malades comme dans celui des sujets sains. Les sujets atteints d’infection à C. difficile avaient cependant une abondance en Caudovirales plus grande, mais une diversité et une richesse plus faible comparativement aux contrôles. L’abondance et la diversité en Microviridae étaient diminuées chez les sujets malades alors que la proportion en Anelloviridae était augmentée. Ces résultats montrent bien l’existence d’une dysbiose du virome intestinal associée au Clostridium. Les auteurs précisent que l’altération de la composition virale observable dans d’autres diarrhées infectieuses est différente, suggérant une dysbiose germe-spécifique.

Les Caudovirales importants pour la guérison

Les neuf sujets traités par TMF ont été suivis dans le temps, ce qui a permis d’associer la FMT à des modifications à la fois du virome intestinal et du microbiote bactérien et de constater une diminution en Caudovirales ainsi qu’une augmentation en Microviridae – une composition proche de celle observée chez le sujet sain. De plus, la guérison était observée lorsque l’échantillon donneur était plus concentré en Caudovirales, permettant aux auteurs d’évoquer le rôle favorable de ces bactériophages dans le succès de la TMF. La quantité et la proportion en Caudovirales dans l’échantillon du donneur sont associées par ailleurs à une absence de récidive et à une négativation durable des coprocultures.

L’effet de la vancomycine sur le virome et le microbiome

La vancomycine, en revanche, n’a presque pas modifié la diversité ou la richesse en Caudovirales, démontrant l’effet minime des antibiotiques sur la communauté virale intestinale. Les patients qui ont reçu la vancomycine ont bénéficié d’une restauration de leurs communautés bactériennes, sans restauration du virome et avec un taux de récidive plus important. Rétablir un microbiote bactérien, mais aussi un virome plus proche des sujets sains semble être déterminant pour éradiquer l’infection à Clostridium difficile. Les résultats suggèrent que les bactériophages pourraient jouer un rôle majeur dans l’écologie microbienne et avoir un impact thérapeutique potentiel à utiliser dans des pathologies pour lesquelles la TMF est moins efficace.

 

Sources :

T. Zuo et al. Bacteriophage transfer during faecal microbiota transplantation in Clostridium difficile infection is associated with treatment outcome. Gut, vol. 67, no 4, p. 634‑643, avr. 2018.