Profilage du microbiote fécal et du microbiote muqueux digestif combiné au système immunitaire intestinal chez des nouveau-nés affectés par des atteintes ischémiques intestinales

Que sait-on déjà à ce sujet ?

Le microbiote intestinal des nouveau-nés est caractérisé par une plus faible diversité bactérienne et une proportion plus importante de bactéries pathogènes. En outre, leur système immunitaire intestinal est immature. Ces deux facteurs altèrent la barrière épithéliale intestinale et favorisent la production de médiateurs pro-inflammatoires.

L’entérocolite ulcéro-nécrosante (ECUN) est une atteinte ischémique et inflammatoire digestive qui affecte les nouveau-nés prématurés. La physiopathologie de l’ECUN est encore mal connue mais une dysbiose intestinale est présente, de même qu’un processus inflammatoire. L’utilisation d’antibiotiques et d’anti-acides favorise la dysbiose et augmente aussi le risque de survenue d’ECUN.

D’autres atteintes ischémiques et inflammatoires peuvent aussi affecter les nouveau- nés, comme le volvulus du grêle et les perforations localisées digestives.

Quels sont les principaux résultats apportés par cette étude ?

Cette étude pilote monocentrique a caractérisé le MF et le MM ainsi que les cellules mononucléées de la lamina propria et les cytokines pro-inflammatoires de deux groupes de nouveau-nés à terme ou prématurés. Sept enfants avaient une ischémie intestinale étendue (IIE) (5 ECUN, 1 volvulus du grêle et 1 ischémie colique totale) et 7 enfants une ischémie intestinale localisée (IIL) (4 perforations isolées et 3 atrésies intestinales). Le MF de 9 nouveau-nés à terme a été utilisé comme contrôle. Le MM des nouveau-nés ayant une IIE, en comparaison de ceux ayant une IIL, contient : plus de Proteobacteria (p = 0,049) et moins de Bacteroidetes (p = 0,007) et de Verrucomicrobia (p = 0,01) (Figure 1) ; moins de Bacteroides, Lachnospiracee, Ruminococcaceae et Akkermansia muciniphila (p < 0,05).

Le MF a une diversité (index de Shannon) plus faible chez les IIE que chez les IIL (p = 0,01). L’abondance relative est similaire au MM entre IIE et IIL pour les Proteobacteria et Firmicutes (p < 0,05). De même, on retrouve une distribution bactérienne avec plus d’Enterobacteriaceae chez les IIE et plus de Ruminococcaceae, Bacteroides, Lachnospiracee et Staphylococcaceae chez les IIL.

Le groupe IIE a une augmentation des lymphocytes B, T et NK (Natural Killer), notamment des lymphocytes T CD3+, TH17 (Figure 2A) et une diminution des lymphocytes T régulateurs (Tregs), avec une augmentation des cellules exprimant le TNFa (Figure 2B) et l’INFg (Figure 2C).

Quelles conséquences en pratique ?

Cette étude pilote confirme que la faible diversité bactérienne et la prédominance d’Enterobacteriaceae sont des facteurs de risque d’ECUN, de même que la réduction des taux d’A. muciniphila. Une correction de cette dysbiose pourrait permettre de modifier le déséquilibre TH17/Tregs et de réduire la production de médiateurs de l’inflammation (TNFa et INFg).