Covid-19: a mortalidade prevista pelas bactérias da microbiota da orofaringe?

Desapareceu a estratificação dos pacientes com Covid-19 admitidos nos hospitais com base na sua idade ou obesidade. No futuro, a medição da abundância de 2 espécies de bactérias da microbiota da orofaringe poderia ser a referências, pois é mais fiável. É, em todo caso, o que aparece nos trabalhos de uma equipa alemã que estudou esta microbiota como papel central: ela regula a imunidade do hospedeiro, a homeostasia das mucosas e a defesa contra os agentes patogénicos. Entretanto, os estudos anteriores revelaram-se pouco conclusivos. Sem dúvida, porque a maioria deles estudou apenas pacientes com COVID-19 grave, para os quais numerosos fatores de confusão (antibióticos, ventilação mecânica invasiva...) tiveram impacto na diversidade e na composição da microbiota recolhida.

Quando os antibióticos e a ventilação perturbam a microbiota da orofaringe 

Este estudo clínico transversal e multicêntrico (7 centros alemães) adotou a sua metodologia: as microbiotas da orofaringe foram recolhidas em 72 adultos saudáveis, 112 pacientes com outra infeção que não o SARS-CoV-2 (infeções respiratórias superiores leves ou pneumonia crítica) e em pacientes com COVID-19 leve (36), moderada (37) e grave (65). Ou seja, um total de 322 pacientes com idades entre os 21 e os 93 anos.

Os resultados? A administração de antibióticos de largo espectro e a ventilação mecânica invasiva parecem desestabilizar a microbiota da orofaringe: uma perda da diversidade e uma disbiose grave foram confirmadas nos pacientes com COVID-19 admitidos num hospital com COVID-19 moderada ou grave ou no caso da recolha ter sido realizada durante um internamento prolongado.

Duas espécies bacterianas prevêem a mortalidade

Mas sobretudo, as amostras recolhidas rapidamente após a admissão (para não haver perturbação pelos tratamentos nos hospitais) apresentaram uma assinatura preditiva da mortalidade associada à COVID-19 no hospital, de acordo com modelos de inteligência artificial (aprendizagem automática). Assim, a abundância, pelo menos, de dois géneros de bactérias Neisseria (e mais especificamente a espécie Neisseria subflava) e Haemophilus (espécies Haemophilus influenzeae, parainfluenzae e pittmaniae) aumenta fortemente o risco de morte. E este modelo preditivo mostra ser mais fiável do que os modelos que se baseiam em variáveis clínicas como a idade, o sexo e a obesidade. Os mecanismos em questão não foram ainda descodificados mas estas bactérias poderiam regular as respostas imunitárias inatas e a produção de citocinas.