Des gènes d’antibiorésistance « montent à bord » du microbiote intestinal pendant les voyages internationaux

Gastroentérologie

On le sait, les antibiotiques sauvent des vies. On le sait aussi, leur utilisation abusive et excessive est le principal facteur ayant conduit à l’apparition de pathogènes résistants . Ce qu'on commence à savoir, c'est que le développement des voyages internationaux favorise l’acquisition de gènes de résistance aux antibiotiques. Ce qui demeure incertain, c’est l’étendue et l’ampleur de la propagation de ce phénomène. Une nouvelle étude publiée dans Genome Medicine s’empare du sujet.

A propos de cet article

Publié le 09 février 2022

Mis à jour le 27 octobre 2023

Chaque année, depuis 2015, l’OMS organise la World AMR Awareness Week (sidenote: World Antimicrobial Awareness Week Semaine mondiale pour un bon usage des antimicrobiens Approfondir https://www.who.int/campaigns/world-antimicrobial-awareness-week/2021 ) . Objectif ? Sensibiliser les professionnels de santé et le grand public sur le bon usage des antimicrobiens afin de lutter contre l’antibiorésistance (sidenote: Antibiorésistance ) . Les auteurs apportent leur pierre à l’édifice avec de nouvelles connaissances sur les mécanismes de propagation de l’antibiorésistance dans le monde. L’antibiorésistance est aujourd’hui plus importante dans les pays à revenus faibles ou moyens. De plus, la capacité d'un gène de résistance à se propager via le voyage dépend du contexte (sidenote: Prévalence du gène de résistance dans la région, bactérie portant le gène et présence d’éléments génétiques mobiles à proximité de celui-ci pouvant favoriser sa propagation) ) . Les chercheurs ont ainsi cherché à évaluer si les déplacements internationaux vers certains pays où la résistance à certains antibiotiques est très élevée pouvaient faciliter leur dissémination vers des régions plus épargnées.

Les voyages internationaux favorisent l’acquisition de gènes de résistance

Pour confirmer cette hypothèse, ces chercheurs ont constitué un groupe de 190 voyageurs danois (âge moyen : 50,7 ans) issus de la cohorte COMBAT (Carriage Of Multiresistant Bacteria After Travel). Les sujets ont été répartis en 4 sous-groupes en fonction de leur lieu de séjour dans des zones à forte prévalence d’antibiorésistance : Asie du Sud-Est, Asie du Sud, Afrique du Nord et Afrique de l’Est. Un échantillon fécal a été prélevé chez chaque participant immédiatement avant et après le voyage, d’une durée d’1 semaine à 3 mois.

Fer de lance de l'arsenal thérapeutique moderne, les antibiotiques ont sauvé des millions de vie. En revanche, leur utilisation excessive et parfois injustifiée peut conduire à l'apparition de différentes formes de résistance chez les micro-organismes. Chaque année, l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) organise la Semaine mondiale de sensibilisation à la résistance aux antimicrobiens (WAAW) afin de sensibiliser la population sur ce problème de santé publique. Lisez la page qui y est consacrée.

Résistance aux antibiotiques : le microbiote au premier plan

L'utilisation massive et parfois inappropriée des antibiotiques les rend de plu…

L’équipe a combiné des outils de séquençage shotgun, de métagénomique fonctionnelle et de modélisation statistique pour analyser finement le résistome intestinal des sujets. En comparant les échantillons avant et après les voyages, elle a constaté une augmentation du nombre de gènes de résistance aux antibiotiques en revenant de voyage. De plus, l’acquisition de gènes de résistance s’est avérée plus élevée chez les voyageurs revenant d’Asie du Sud-Est par rapport aux autres destinations

56 gènes de résistance acquis durant le voyage

Les chercheurs ont détecté l’acquisition de 56 gènes de résistance (et la perte de 4 gènes) au cours des voyages, et ceux codant pour des protéines responsables de l’efflux de l’antibiotiques et de la modification de la cible sont les plus fréquents. Parmi eux, des gènes de résistances classiques et bien connus (bla_CTX-M, résistant aux β-lactamines, mcr-1, résistant à la colistine ou encore des variants de tetX, résistant aux tétracyclines et qnr, résistant aux fluoroquinolones), et d’autres jamais identifiés auparavant. Les auteurs constatent que 6/56 gènes acquis sont associés à la destination, dont 3/6 détectés chez les voyageurs en provenance d’Asie du Sud-Est correspondant à des variants dfrA1 conférant une résistance au triméthoprime. D’autre part, l’identification d’un nombre d’éléments génétiques mobiles élevés à proximité des gènes de résistance pourrait contribuer à l’acquisition de la forte quantité de gènes de résistance observés chez les sujets voyageant dans cette région.

Mieux comprendre les mécanismes de propagation de l’antibiorésistance : c’est également à quoi s’attèle la Biocodex Microbiota Foundation qui a récemment lancé sa Bourse internationale 2022 dont la thématique de recherche est « structure et fonction du résistome intestinal ». Face à l’antibiorésistance, la riposte s’organise. Pluridisciplinaire et collective.

Nous vous présentons le Professeur Sørensen, lauréat de la bourse internationale 2022 de la Biocodex Microbiota Foundation.

Son équipe a été la première à lancer une étude ambitieuse sur le résistome de 700 enfants, qui permettra de faire un pas de géant dans la compréhension de l'évolution et de la dissémination de la résistance aux antibiotiques dans l'intestin humain au cours de la petite enfance.

Découvrez son projet

Qu'est-ce que la Semaine mondiale de sensibilisation à la résistance aux antimicrobiens ?

Depuis 2015, l'OMS organise chaque année la Semaine mondiale de sensibilisation à la résistance aux antimicrobiens (WAAW) dont l'objectif est de sensibiliser sur le phénomène mondial de la résistance aux antimicrobiens.
Cette campagne, qui se tiendra du 18 au 24 novembre, encourage le grand public, les professionnels de santé et les décideurs à faire un bon usage des antimicrobiens afin d'éviter l'apparition de résistance.

Sources

^{D’Souza, AW, Boolchandani M, Patel S, et al. Destination shapes antibiotic resistance gene acquisitions, abundance increases, and diversity changes in Dutch travelers. Genome Med. 2021 Jun 7;13(1):79.}