Silence ça grouille ! Premier atlas des bonnes bactéries du sol

Les organismes qui vivent dans la terre et peuplent nos terrains (vers, insectes, bactéries champignons) assurent le bon fonctionnement du sol. Des scientifiques de l’Université du Colorado se sont intéressés aux bactéries des sols afin de comprendre leur rôle dans l’écosystème. Objectif : recenser les bonnes bactéries, « les plus recherchées » ; celles qui seraient les plus bénéfiques à nos sols et à nos cultures, et par conséquent à notre santé et à celle de notre planète.

 

Notre sous-sol grouille de bactéries qui interviennent dans divers processus écologiques essentiels tels que le cycle du carbone et des nutriments, la production de plantes et l’émission de gaz à effet de serre. Bien qu’ils fassent l’objet de nombreuses études depuis plusieurs décennies, ces micro-organismes restent mal compris en raison de leur nombre trop élevé. Difficile, par conséquent, d’exploiter pleinement leurs capacités fonctionnelles pour améliorer la qualité des sols et la production des cultures.

Des échantillons prélevés sur les 6 continents

Une équipe de chercheurs américains a donc voulu établir une cartographie des communautés bactériennes présentes dans nos sols. Pour ce faire, elle a prélevé des échantillons à 237 endroits différents répartis dans 18 pays et 6 continents, couvrant ainsi une large gamme de climats et de végétations, allant des déserts aux prairies en passant par les zones humides.

Petit groupe dominant

Grâce au séquençage ADN au niveau de chaque sol, les chercheurs ont ensuite identifié les lignées d’espèces bactériennes dominantes en fonction de leur abondance et de leur présence dans plusieurs zones de prélèvements simultanément. Finalement, il apparaît que la plupart des espèces sont rares, à l’exception d’un petit sous-groupe (à peine 2 %, soit 511 espèces) présent dans 41 % des sols à travers le monde. Plus de la moitié de ces 511 espèces ont des préférences en matière d’habitat, que ce soit en raison du pH ou du climat environnant (aridité, température maximale, taux d’humidité). Leur abondance dans un sol particulier reflète la santé et la fertilité de la terre, utiles à la productivité des cultures.

Anticiper les changements écologiques

L’intérêt de cette étude est immense, estiment les chercheurs. Grâce à une meilleure compréhension des rôles de ces microbes au sein de notre écosystème, cette cartographie des communautés bactériennes des sols - la première du genre - pourrait permettre de prédire les conséquences écologiques des changements environnementaux à l’échelle mondiale.

 

Sources :

Delgado-Baquerizo et al., Science 359, 320–325 (2018)