Le microbiote intestinal

Pourquoi le microbiote intestinal est-il si important pour la santé ?
Notre intestin est peuplé de trillions¹ de bactéries qui exercent des pouvoirs fascinants sur le corps humain. Essayons de mieux comprendre comment fonctionne le microbiote intestinal et pourquoi il faut en prendre soin !

A propos de cet article

Publié le 23 août 2021

Mis à jour le 06 avril 2022

Sommaire

Chapitres

Qu’est-ce que le microbiote intestinal humain exactement ?

Vous avez sans doute déjà entendu parler de la « flore intestinale ». Eh bien, son nom scientifique est « microbiote intestinal ». Il est composé de trillions¹ de micro-organismes (sidenote: Microorganismes Organismes vivants qui sont trop petits pour être vus à l'œil nu. Ils incluent les bactéries, les virus, les champignons, les archées, les protozoaires, etc… et sont communément appelés "microbes". What is microbiology? Microbiology Society. ) qui peuplent notre intestin, tels que des bactéries, des virus, des champignons (y compris des levures) et même des parasites.

Signalons en passant que les mots « microbiote » et « microbiome » sont souvent utilisés indistinctement alors qu’ils n’ont pas tout à fait le même sens. En effet, le microbiote se rapporte aux micro-organismes individuels et répond à la question « qui est là ? », tandis que le terme « microbiome » s’applique à leur génome, à “ce qu’il y a dedans”² et répond plutôt à la question « que font-ils ? » ou « quelle est leur fonction ? ».

Chacun de nous possède un microbiote unique, un peu comme une empreinte digitale¹. À la naissance, les micro-organismes d’origine fécale et vaginale transmis par la mère au cours de l’accouchement par voie basse, ou les micro-organismes de l’environnement en cas de césarienne³, induisent le démarrage de la colonisation du microbiote intestinal⁴. Celui-ci met environ trois ans à se former, à se diversifier et à se stabiliser⁵. À l’âge adulte⁶, sa composition reste relativement stable jusqu’à la vieillesse, lorsqu’il il subit une profonde transformation dont il ressort quelque peu appauvri⁷.

Pourquoi le microbiote intestinal est-il un acteur majeur de notre santé ?

Le microbiote intestinal peut être considéré comme un organe fonctionnel du corps humain qui travaille en étroite collaboration avec les intestins et exerce quatre fonctions principales :

Il favorise la digestion

en contribuant à l’absorption des nutriments (sucres, acides aminés, vitamines…) par les cellules intestinales ou à la fermentation d’une petite partie des aliments. Ces processus de fermentation produisent du gaz et de nombreux métabolites, y compris des acides gras à chaîne courte qui représentent un véritable carburant pour les cellules du côlon⁸.

Il joue un rôle important dans la maturation de l’appareil digestif

en participant activement à la production de mucus gastro-intestinal, à l’irrigation des cellules intestinales et à l’activité enzymatique de la muqueuse⁹.

Il fonctionne comme une barrière

contre les pathogènes et les toxines¹⁰. De surcroît, certaines bactéries libèrent des molécules antimicrobiennes agissant contre les bactéries pathogènes, tandis que d’autres stimulent la production de mucus afin de protéger les cellules intestinales contre les attaques et empêcher les effets nocifs sur l’organisme¹¹.

Il joue un rôle défensif

dans le développement du système immunitaire. Les bactéries de la flore intestinale sont impliquées dans la maturation et l’activation des cellules du système immunitaire intestinal, qui nous protège contre les attaques de pathogènes tels que les bactéries et les virus. L’intestin constitue le principal réservoir de cellules immunitaires de l’organisme. De son côté, le système immunitaire exerce une influence sur la composition et la diversité du microbiote¹².

Quelles sont les maladies associées à un déséquilibre du microbiote intestinal ?

Qu’est-ce qu’un microbiote intestinal déséquilibré ?

La composition du microbiote intestinal se caractérise par sa grande diversité (nombre d’espèces différentes présentes chez un individu donné) et par son abondance (nombre total de micro-organismes présents). Lorsque sa composition est bouleversée, l’équilibre est rompu et une dysbiose (sidenote: Dysbiose La « dysbiose » n’est pas un phénomène homogène : elle varie en fonction de l’état de santé de chaque individu. Elle est généralement définie comme une altération de la composition et du fonctionnement du microbiote, provoquée par un ensemble de facteurs environnementaux et liés à l’individu, qui perturbent l’écosystème microbien. Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232. ) apparaît¹³ qui peut être associée à différentes maladies pouvant toucher toutes les parties du corps. À ce jour, les études scientifiques n’ont toujours pas permis de déterminer si la dysbiose est la cause ou la conséquence de ces maladies.

04.11.2021 Avez-vous déjà entendu parler de « dysbiose » ? En savoir plus

Examinons de plus près certains des troubles associés à une dysbiose intestinale : diarrhée post-antibiotiques, coliques du nourrisson, gastro-entérite, maladies inflammatoires de l’intestin (syndrome de l’intestin irritable)…

Les coliques du nourrisson¹⁴ touchent entre 20 et 25 % des bébés âgés de 1 à 4 mois.
La diarrhée post-antibiotiques se manifeste chez 5 à 35 % des patients prenant des antibiotiques¹⁵.
La diarrhée du voyageur est une infection due à la consommation d’eau ou d’aliments contaminés. Le syndrome de l’intestin irritable (SII) affecte entre 3 et 17 % des patients ayant contracté cette infection¹⁶.
La gastro-entérite est généralement bénigne et d’origine virale, mais elle est tout de même responsable du décès de plus de 200 000 enfants par an dans le monde¹⁷.
L’obésité est une maladie chronique fréquente, grave et coûteuse qui, en 2016, touchait 13 % de la population adulte mondiale (11 % des hommes et 15 % des femmes¹⁸).
Le SII est l’un des troubles fonctionnels du système digestif les plus courants et se caractérise par des douleurs abdominales et des modifications des habitudes défécatoires de l’hôte (constipation, diarrhée ou une alternance entre les deux). Sa prévalence peut varier considérablement entre les différents pays¹⁹.
La maladie de Crohn est une maladie inflammatoire de l’intestin dans laquelle l’inflammation peut atteindre tous les niveaux du tube digestif, depuis la bouche jusqu’à l’anus. Des études récentes ont démontré que le microbiote intestinal joue un rôle important dans l’étiopathogénie de cette maladie²⁰.
Le cancer de l’estomac²¹ et le cancer colorectal²² sont deux cancers gastro-intestinaux associés à une dysbiose intestinale.

Mais le rôle du microbiote intestinal humain ne se limite pas à l’intestin et des études récentes ont montré que son action s’étendrait bien au-delà du tube digestif. En effet, le microbiote intestinal a été associé à plusieurs maladies extraintestinales telles que l’acné²³, certaines allergies²⁴, l’obésité²⁵, les troubles anxieux²⁶, les troubles du spectre autistique²⁶…Et ce n’est pas tout ! Le microbiote intestinal serait également associé à certaines pathologies dégénératives comme la maladie d’Alzheimer²⁷ ou celle de Parkinson²⁸. D’ailleurs, il existe un système de communication bidirectionnel entre l’intestin et le cerveau, qui a été baptisé « axe intestin-cerveau ». C’est pourquoi l’intestin est parfois appelé le deuxième cerveau.

Comment prendre soin de son microbiote et y exercer directement une influence

Vous connaissez désormais le rôle central que joue le microbiote intestinal dans la santé humaine. Dans ces conditions, comment prendriez-vous soin de votre propre microbiote ? De nombreuses études scientifiques se sont demandé comment éviter toute perturbation de sa composition et comment en préserver l’équilibre le mieux possible²⁹. Hélas, la réponse n’est pas aussi simple qu’elle ne le paraît : il ne suffit pas d’apporter des bactéries ou des levures bénéfiques pour peupler le microbiote existant ou remplacer les micro-organismes nocifs. En réalité, l’idée est plutôt d’exercer une influence sur le microbiote pour l’aider à fonctionner correctement et améliorer ainsi la santé de l’hôte³⁰.

Comment ? Il y a plusieurs façons d’exercer une influence positive sur l’équilibre et la diversité du microbiote intestinal et chacune d’entre elles présente ses propres caractéristiques :

Alimentation : la diversité et la qualité de ce que nous mangeons contribuent à l’équilibre de notre microbiote intestinal^31,32. Par ailleurs, une alimentation déséquilibrée peut affecter la composition de notre microbiote intestinal et provoquer certaines maladies³³. Il est donc important de savoir quels types d’aliments exercent des effets bénéfiques ou nocifs afin de garder des intestins en pleine forme !³⁴

Probiotiques : les probiotiques sont des micro-organismes vivants qui, s’ils sont administrés en quantités appropriées, bénéficient à la santé de l’hôte^35,36. Vous trouverez ici plus d’informations sur leur façon d’agir sur le microbiote et d’améliorer ainsi notre santé.

Prébiotiques : les prébiotiques sont des fibres alimentaires spécifiques non digestibles qui ont des effets favorables sur la santé. Ils sont utilisés de manière sélective par les micro-organismes bénéfiques du microbiote de l’hôte^37,38. Certains aliments sont particulièrement riches en prébiotiques, c’est pourquoi il est si important de faire attention à notre alimentation. Les produits spécifiques associant des probiotiques et des prébiotiques sont appelés symbiotiques³⁹.

Transplantation : comme les autres organes, le microbiote intestinal peut être greffé sur un autre individu afin d’essayer de rétablir l’équilibre de son écosystème microbien intestinal³². Pour le moment, cette approche thérapeutique, connue sous le nom de transplantation de microbiote fécal (TMF), n’est autorisée que pour le traitement des infections récurrentes à Clostridioides difficile³², mais elle fait l’objet de recherches intensives qui tentent d’évaluer ses effets sur d’autres pathologies spécifiques comme la maladie de Crohn, la rectocolite hémorragique, le syndrome de l’intestin irritable ou les maladies métaboliques³²…

Oh ! une dernière chose...

Maintenant que vous êtes incollable sur le microbiote intestinal, vous devriez également savoir que l’on retrouve des micro-organismes dans toutes les parties du corps : la peau⁴⁰, l’appareil urinaire⁴¹, le vagin⁴², la bouche⁴³, les oreilles⁴⁴, les poumons⁴⁵. Comme dans le cas des intestins, les micro-organismes qui y habitent jouent un rôle crucial dans le fonctionnement de ces organes et, plus généralement, dans la protection de notre santé.

Toutes les informations contenues dans cet article sont issues de sources scientifiques autorisées. N’oubliez pas que ces informations ne sont pas exhaustives.

BMI 21.10

Sources

¹^{Ley RE, Peterson DA, Gordon JI. Ecological and evolutionary forces shaping microbial diversity in the human intestine. Cell. 2006 Feb 24;124(4):837-48.}

²^{Ursell LK, Metcalf JL, Parfrey LW, et al. Defining the human microbiome. Nutr Rev. 2012;70 Suppl 1(Suppl 1):S38-S44.}

³^{Callaway E. C-section babies are missing key microbes [published online ahead of print, 2019 Sep 18]. Nature. 2019;10.1038/d41586-019-02807-x.}

⁴^{Sandall J, Tribe RM, Avery L, et al. Short-term and long-term effects of caesarean section on the health of women and children. Lancet. 2018;392(10155):1349-1357.}

⁵^{Bäckhed F, Roswall J, Peng Y, et al. Dynamics and Stabilization of the Human Gut Microbiome during the First Year of Life. Cell Host Microbe. 2015;17(5):690-703.}

⁶^{Yatsunenko T, Rey FE, Manary MJ, et al. Human gut microbiome viewed across age and geography. Nature. 2012 May 9;486(7402):222-7.}

⁷^{Ragonnaud E, Biragyn A. Gut microbiota as the key controllers of "healthy" aging of elderly people. Immun Ageing. 2021 Jan 5;18(1):2.}

⁸^{Jandhyala SM, Talukdar R, Subramanyam C, et al. Role of the normal gut microbiota. World J Gastroenterol. 2015 Aug 7;21(29):8787-803.}

⁹^{Tomas J, Wrzosek L, Bouznad N, B, et al. Primocolonization is associated with colonic epithelial maturation during conventionalization. FASEB J. 2013 Feb;27(2):645-55.}

¹⁰^{Caballero S, Pamer EG. Microbiota-mediated inflammation and antimicrobial defense in the intestine. Annu Rev Immunol. 2015;33:227-56.}

^{11Sokol H. Microbiota and barrier effect. In: Marteau P, Dore J, eds. Gut Microbiota: A Full-Fledged Organ. Paris: John Libby Eurotext; 2017:65-71.}

^{12 Brandtzaeg P. Role of the Intestinal Immune System in Health. In: Baumgart, Daniel C, eds. Crohn's Disease and Ulcerative Colitis: From Epidemiology and Immunobiology to a Rational Diagnostic and Therapeutic Approach. Springer International Publishing; 2017}

^{13 Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232.}

¹⁴^{Perceval C, Szajewska H, Indrio F, et al. Prophylactic use of probiotics for gastrointestinal disorders in children. Lancet Child Adolesc Health. 2019 Sep;3(9):655-662.}

¹⁵^{McFarland LV. Antibiotic-associated Diarrhea: Epidemiology, Trends and Treatment. Future Microbiol. 2008 Oct;3(5):563-78.}

¹⁶^{Steffen R, Hill DR, DuPont HL. Traveler's diarrhea: a clinical review. JAMA. 2015 Jan 6;313(1):71-80.}

¹⁷^{Stuempfig ND, Seroy J. Viral Gastroenteritis. In: StatPearls. Treasure Island (FL): StatPearls}

¹⁸^{WHO. Fact sheets on obesity and overweight June 2021}

¹⁹^{Oka P, Parr H, Barberio B, et al. Global prevalence of irritable bowel syndrome according to Rome III or IV criteria: a systematic review and meta-analysis. Lancet Gastroenterol Hepatol. 2020 Oct;5(10):908-917.}

²⁰^{Aldars-García L, Marin AC, Chaparro M, et al. The Interplay between Immune System and Microbiota in Inflammatory Bowel Disease: A Narrative Review. Int J Mol Sci. 2021 Mar 17;22(6):3076.}

²¹^{Nasr R, Shamseddine A, Mukherji D, et al. The Crosstalk between Microbiome and Immune Response in Gastric Cancer. Int J Mol Sci. 2020 Sep 9;21(18):6586.}

²²^{Ranjbar M, Salehi R, Haghjooy Javanmard S, et al. The dysbiosis signature of Fusobacterium nucleatum in colorectal cancer-cause or consequences? A systematic review. Cancer Cell Int. 2021;21(1):194.}

²³^{Dreno B, Dagnelie MA, Khammari A, et al. The Skin Microbiome: A New Actor in Inflammatory Acne. Am J Clin Dermatol. 2020 Sep;21(Suppl 1):18-24.}