Avez-vous déjà entendu parler de « dysbiose » ?

Avez-vous déjà entendu parler de « dysbiose » ? Il s’agit d’une rupture du délicat équilibre entre les milliards de microorganismes du microbiote et de ses bonnes relations avec notre corps. Génétique, alimentation déséquilibrée, antibiotiques… les facteurs de dysbiose sont divers et la plupart du temps, multiples. Aujourd’hui, la recherche scientifique montre qu’une dysbiose du microbiote intestinal, la plus étudiée, mais aussi de nos autres microbiotes comme celui du système vaginal, cutané ou du poumon, est associée à différentes maladies, du syndrome du côlon irritable à l’obésité, en passant par la sinusite chronique et l’eczéma.

Comment le microbiote peut-il se déséquilibrer ? Quelles sont les conséquences d’une dysbiose sur notre santé ? Comment restaurer l’équilibre du microbiote ? On vous explique !

Publié le 04 novembre 2021
Mis à jour le 17 février 2022

A propos de cet article

Publié le 04 novembre 2021
Mis à jour le 17 février 2022

La dysbiose, c’est quoi ?

Tout d'abord revenons sur le mot « dysbiose » : l’étymologie de ce terme scientifique est très simple ! En grec, le mot bios signifie « vivant » et le préfixe dys- signifie « mauvais ». 

Une « dysbiose » peut être définie comme une altération dans la composition et la fonction du microbiote. Cette altération résulte d’une combinaison de facteurs environnementaux et de facteurs spécifiques à chaque personne1.

Une dysbiose sur le grill : le microbiote intestinal 

Notre microbiote intestinal est le principal microbiote de notre corps2. Il abrite au moins 1000 espèces différentes3 de microorganismes : des bactéries, mais aussi des champignons, des virus… Les groupes des Firmicutes (qui comprennent les lactobacilles, ces « bonnes bactéries » bien connues) et des Bacteroidetes représentent à eux deux pour 70% à 90% de la communauté bactérienne de notre flore intestinale2,4. Notre microbiote contient également des Actinobacteria, auxquelles appartiennent les bifidobactéries, réputées pour leurs bienfaits. D’autres micro-organismes de notre microbiote pourraient nous rendre malades, ils sont dits potentiellement (sidenote: Pathogène Un pathogène est un microorganisme qui cause, ou peut causer, une maladie Pirofski LA, Casadevall A. Q and A: What is a pathogen? A question that begs the point. BMC Biol. 2012 Jan 31;10:6. ) , mais sont minoritaires2. Une dysbiose se traduit par un ou plusieurs de ces phénomènes :

  • Les proportions entre ces grandes familles bactériennes se modifient de façon importante, avec notamment une perte de lactobacilles et de bifidobactéries5;
  • Des micro-organismes utiles qui vivent normalement dans notre microbiote (dits « commensaux ») diminuent ou disparaissent1 ;
  • La diversité des micro-organismes présents dans le microbiote s’appauvrit : il y a moins d’espèces différentes5;
  • Les micro-organismes potentiellement pathogènes du microbiote prolifèrent1,5

Conséquences : notre microbiote se fragilise et les « mauvaises » bactéries prennent le dessus sur les « bonnes »2. Il protège moins facilement notre organisme des agressions et assure moins efficacement ses rôles essentiels pour notre forme et notre santé1,6.


 

1000 Il abrite au moins 1000 espèces différentes de microorganismes.

Un déséquilibre du microbiote propre à chacun

Cependant, la dysbiose n’est pas un terme universel qui peut s’appliquer à tous et dans toutes les circonstances1! En effet, influencée par nos gènes et les micro-organismes (déf : organismes vivants qui sont trop petits pour être vus à l'œil nu. Ils incluent les bactéries, les virus, les champignons, les archées, les protozoaires, etc… et sont communément appelés " (sidenote: https://microbiologysociety.org/why-microbiology-matters/what-is-microbiology.html ) ") qui ont colonisé notre corps dans nos premières années de vie, la composition de notre microbiote est personnelle. Elle varie si considérablement entre les individus qu’elle pourrait être aussi propre à chacun qu’une empreinte digitale7. Mais elle peut aussi évoluer selon notre âge, notre état de santé, la survenue d’un stress, notre alimentation, notre lieu de vie, les médicaments que nous prenons…8. Ainsi, chacun de nous peut avoir « sa » dysbiose quand notre microbiote se déséquilibre et ne fonctionne plus correctement au sein de notre organisme1


 

Mais alors c’est quoi un microbiote équilibré ?

Le préfixe dys- de dysbiose s’oppose à eu- (« bon ») ou à sym- (« avec »).  On parle ainsi d’« eubiose » ou de « symbiose » quand notre microbiote est en bonne santé : il interagit en harmonie avec notre organisme et sa communauté microbienne est équilibrée1

En effet, il existe un bénéfice mutuel entre les milliards de micro-organismes qui peuplent notre microbiote et notre corps9. Chacun y trouve son compte : l’organisme fournit « le gîte et le couvert » aux micro-organismes du microbiote. En retour, ceux-ci contribuent à de nombreuses fonctions importantes de notre corps, comme la digestion, l’assimilation des nutriments, la protection de l’imperméabilité de la paroi intestinale et la lutte contre les germes indésirables2,8,10. C’est un véritable travail d’équipe ! 

Les différents micro-organismes de la communauté de notre microbiote, y compris ceux qui pourraient être pathogènes, sont présents en nombre et en proportions adéquates pour cohabiter pacifiquement et assurer leurs fonctions bénéfiques à l’organisme. Mais l’équilibre subtil entre les écosystèmes microbiens de notre corps peut se rompre : l’eubiose se transforme alors en dysbiose8.

Qu’est ce qui provoque une dysbiose ?

Comme l’indique sa définition, une dysbiose apparaît sous l’influence de nombreux facteurs très différents, souvent intriqués5. On peut toutefois distinguer :

Ceux qui sont liés à l’individu lui-même, comme : 

  • la génétique1
  • l’âge11;
  • certaines maladies et blessures1

Ceux qui sont liés à son environnement, comme :

  • la prise de médicaments : antibiotiques, anti-inflammatoires…2,5
  • les infections12;
  • le mode de vie : alimentation déséquilibrée ou changements d’alimentation, stress, tabagisme, hygiène inadaptée…)1, 5,8 ;
  • la pollution8

Focus sur…

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Les antibiotiques : irremplaçables, mais perturbateurs du microbiote

Les antibiotiques ont représenté l’un des progrès thérapeutiques les plus importants du XXème siècle. Depuis la découverte de la pénicilline en 1928, ils ont sauvé des millions de vie13. Cependant, en détruisant les germes néfastes mais aussi les « bonnes » bactéries, ils déséquilibrent le microbiote. A court terme, la dysbiose engendrée par les antibiotiques peut se traduire par une diarrhée14 ou une mycose vaginale15. La dysbiose intestinale induite par les antibiotiques est également soupçonnée d’avoir un impact à long terme, notamment quand les antibiotiques sont pris pendant l’enfance, en augmentant le risque de différentes maladies chroniques comme l’obésité ou les allergies…

Les infections : quand les microbes attaquent !

Lors des infections comme les gastro-entérites virales ou les intoxications alimentaires par des salmonelles, des germes néfastes et offensifs envahissent le microbiote. Ils ne proviennent pas du microbiote, mais de l’extérieur, transmis par exemple par des mains ou des aliments contaminés. Ces infections provoquent une forte réaction de notre système immunitaire, une inflammation au niveau de l’intestin et des diarrhées. Tout ceci aboutit à des perturbations abruptes de l’équilibre de notre flore intestinale. De plus, les microbes en cause dans ces infections peuvent également favoriser le développement d’autres bactéries potentiellement pathogènes déjà présentes dans le microbiote. Les infections provoquent donc des dysbioses, dont profitent tous les germes néfastes1,12,17,18!

L’alimentation : l’équilibre du microbiote dans nos assiettes

Ce que nous mangeons a un impact sur notre microbiote tout au long de notre vie. Un changement brutal d’alimentation, dans sa composition ou sa quantité, peut déclencher une dysbiose. Mais pas seulement : si les variations normales de nos menus d’un jour à l’autre n’entraînent que des modifications transitoires du microbiote, notre type d’alimentation peut modifier durablement l’écosystème digestif5 et peut, à terme, être facteur de dysbiose. Ainsi, des études suggèrent qu’une alimentation « à l’occidentale » riche en graisses, en sucres et en protéines favoriseraient les déséquilibres du microbiote intestinal, tandis qu’une alimentation variée et riche en fruits et légumes pourrait l’en protéger1,19

Comment le microbiote retrouve-t-il son équilibre ? 

Normalement, après un épisode de dysbiose, le microbiote est capable de retrouver naturellement son équilibre initial (bien qu’on ne retrouve jamais totalement la composition de départ) : on dit qu’il est « résilient »20. Mais parfois, cette « re-biose », autrement dit le retour à l’équilibre microbien, peut prendre du temps : par exemple, même chez un adulte en bonne santé, elle peut prendre six mois après la prise d’un antibiotique21. Il arrive enfin que la dysbiose entraîne un état de déséquilibre qui va se prolonger et s’auto-entretenir durablement sans réussir à se rétablir complètement, ce qui peut être dommageable pour la santé1.

La dysbiose : cause ou conséquence d’une maladie ?

De nombreuses études comparant les microbiotes de personnes saines et malades ont montré qu’une dysbiose était associée à diverses pathologies chroniques : des maladies intestinales comme le syndrome du côlon irritable ou la maladie de Crohn, mais aussi l’obésité, les allergies, l’asthme, certains cancers…1 Mais est-ce la dysbiose qui provoque la maladie ou la maladie qui provoque la dysbiose ? Pour les scientifiques, la réponse n’est pas toujours évidente mais fait actuellement l’objet de nombreuses recherches. 

Pour y voir plus clair, des chercheurs ont lancé en 2019 Homo symbiosus, un grand projet de recherche qui vise à mieux déterminer pourquoi et comment tant de maladies chroniques sont associées à une dysbiose intestinale. Les chercheurs ont émis l’hypothèse que tous « ces phénomènes dysbiose intestinale, prolifération microbienne, inflammation et fragilisation de la paroi intestinale » s’entretiennent mutuellement10

A chaque microbiote, sa dysbiose et ses pathologies

Une dysbiose du microbiote intestinal est impliquée dans des maladies variées : digestives, mais aussi métaboliques22, allergiques23 et même mentales24. Mais le corps humain abrite également des écosystèmes microbiens spécifiques au niveau de la peau25, des voies urinaires26, dans le vagin27 ou encore dans la bouche28 et nos poumons29… dont la composition peut se déséquilibrer et être associée à des maladies spécifiques. 

Découvrez la dysbiose du :

Rétablir l’équilibre, restaurer le microbiote, retrouver la santé

Face à une dysbiose, que faire ? Plusieurs solutions s’offrent à nous pour rétablir l’équilibre d’un microbiote et retrouver une meilleure santé. 

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Les probiotiques : des micro-organismes bénéfiques en renfort

Les probiotiques sont « des micro-organismes vivants qui, lorsqu'ils sont administrés en quantités adéquates, confèrent un bénéfice pour la santé de l'hôte » 30,31. Vous trouverez ici une page dédiée aux probiotiques à leur fonctionnement, leur fabrication, comment bien les choisir... Retrouvez notre page consacrée aux probiotiques.

Les prébiotiques, pour nourrir notre microbiote

Principalement issus de fibres alimentaires (fructo-oligosaccharides, galacto- oligosaccharides, inuline…), les prébiotiques sont des substrats ou éléments nutritifs non digestibles, utilisés par les micro-organismes du microbiote et qui ont des effets favorables sur la santé32,33. Vous trouverez ici plus d’informations sur leur façon d’agir sur le microbiote. Les produits spécifiques associant des probiotiques et des prébiotiques sont appelés symbiotiques34,35.

Une alimentation saine, pour préserver son bon fonctionnement

Ce que nous mangeons, aussi bien la qualité que la diversité de nos aliments, contribuent à l’équilibre de notre microbiote intestinal36,37, mais aussi va influencer sa composition et par ricochet être responsable de provoquer certaines maladies22. N’hésitez pas à demander conseil à votre médecin généraliste et /ou diététicien pour mieux connaître les aliments qui ont des effets bénéfiques ou nocifs afin de garder vos intestins en pleine forme38 !

La transplantation de microbiote une technique d’espoir

Comme les autres organes, le microbiote peut être greffé sur un autre individu afin d’essayer de rétablir l’équilibre de son écosystème microbien39,40. Pour le moment, cette approche thérapeutique est bien documentée pour le microbiote intestinal, connue sous le nom de transplantation de microbiote fécal (TMF), elle n’est autorisée cependant que pour le traitement des infections récurrentes à Clostridioides difficile41. Elle fait l’objet de recherches intensives pour d’autres pathologies intestinales41… Pour la sphère vaginale, la transplantation de microbiote vaginal (TMV) est à l’essai et pourrait représenter une option prometteuse pour le traitement de la vaginose bactérienne réfractaire ou récurrente41. Les études sur la transplantation de microbiote cutané sont encore rare, mais les premiers résultats sont prometteurs42,43.

Sources

1. Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232.

2. Iebba V, Totino V, Gagliardi A, et al. Eubiosis and dysbiosis: the two sides of the microbiota. New Microbiol. 2016;39(1):1-12.

3. Lagier JC, Khelaifia S, Alou MT, et al. Culture of previously uncultured members of the human gut microbiota by culturomics. Nat Microbiol. 2016 Nov 7;1:16203.

4. Rinninella E, Raoul P, Cintoni M, et al. What is the Healthy Gut Microbiota Composition? A Changing Ecosystem across Age, Environment, Diet, and Diseases. Microorganisms. 2019;7(1):14.

5. Weiss GA, Hennet T. Mechanisms and consequences of intestinal dysbiosis. Cell Mol Life Sci. 2017;74(16):2959-2977.

6. Tiffany CR, Bäumler AJ. Dysbiosis: from fiction to function. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol. 2019;317(5):G602-G608.

7. Franzosa EA, Huang K, Meadow JF, et al. Identifying personal microbiomes using metagenomic codes. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 Jun 2;112(22):E2930-8.

8. Appanna V.D. (2018) Dysbiosis, Probiotics, and Prebiotics: In Diseases and Health. In: Human Microbes - The Power Within. Springer, Singapore.

9. Sender R, Fuchs S, Milo R. Revised Estimates for the Number of Human and Bacteria Cells in the Body. PLoS Biol. 2016 Aug 19;14(8):e1002533.

10. INRAE : Durable changes in the intestinal ecosystem: new perspectives for the treatment of chronic inflammatory diseases, INRAE PRESS OFFICE 26/11/2020.

11. Yatsunenko T, Rey FE, Manary MJ, et al. Human gut microbiome viewed across age and geography. Nature 2012 ; 486 : 222–227.

12. Wang B, Yao M, Lv L, et al.The Human Microbiota in Health and Disease[J].Engineering,2017,3(1):71-82.

13. Ramirez J, Guarner F, Bustos Fernandez L, et al. Antibiotics as Major Disruptors of Gut Microbiota. Front Cell Infect Microbiol. 2020;10:572912.

14. McFarland LV, Ozen M, Dinleyici EC et al. Comparison of pediatric and adult antibiotic-associated diarrhea and Clostridium difficile infections. World J Gastroenterol. 2016;22(11):3078-3104.

15. Gonçalves B, Ferreira C, Alves CT, et al. Vulvovaginal candidiasis: Epidemiology, microbiology and risk factors. Crit Rev Microbiol. 2016;42(6):905-927.

16. Langdon A, Crook N, Dantas G. The effects of antibiotics on the microbiome throughout development and alternative approaches for therapeutic modulation. Genome Med. 2016;8(1):39.

17. Li N, Ma WT, Pang M, et al. The Commensal Microbiota and Viral Infection: A Comprehensive Review. Front Immunol. 2019;10:1551.

18. Aljahdali NH, Sanad YM, Han J, et al. Current knowledge and perspectives of potential impacts of Salmonella enterica on the profile of the gut microbiota. BMC Microbiol. 2020;20(1):353.

19. Zmora N, Suez J, Elinav E. You are what you eat: diet, health and the gut microbiota. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2019;16(1):35-56.

20. Francino MP. Antibiotics and the Human Gut Microbiome: Dysbioses and Accumulation of Resistances. Front Microbiol. 2016;6:1543.

21. Palleja A, Mikkelsen KH, Forslund SK, et al. Recovery of gut microbiota of healthy adults following antibiotic exposure. Nat Microbiol. 2018;3(11):1255-1265.

22. Ley RE, Turnbaugh PJ, Klein S, et al. Microbial ecology: human gut microbes associated with obesity. Nature. 2006 Dec 21;444(7122):1022-3.

23. Houghteling PD, Walker WA. From Birth to "Immunohealth," Allergies and Enterocolitis. J Clin Gastroenterol. 2015 Nov-Dec;49 Suppl 1(0 1):S7-S12

24. Maiuolo J, Gliozzi M, Musolino V, et al. The Contribution of Gut Microbiota-Brain Axis in the Development of Brain Disorders. Front Neurosci. 2021 Mar 23;15:616883.

25. Bay L, Barnes CJ, Fritz BG, et al. Universal Dermal Microbiome in Human Skin. mBio. 2020 Feb 11;11(1):e02945-19.

26. Neugent ML, Hulyalkar NV, Nguyen VH, et al. Advances in Understanding the Human Urinary Microbiome and Its Potential Role in Urinary Tract Infection. mBio. 2020 Apr 28;11(2):e00218-20.

27. Greenbaum S, Greenbaum G, Moran-Gilad J, et al. Ecological dynamics of the vaginal microbiome in relation to health and disease. Am J Obstet Gynecol. 2019 Apr;220(4):324-335.

28. Radaic A, Kapila YL. The oralome and its dysbiosis: New insights into oral microbiome-host interactions. Comput Struct Biotechnol J. 2021 Feb 27;19:1335-1360.

29. Mathieu E, Escribano-Vazquez U, Descamps D, et al. Paradigms of Lung Microbiota Functions in Health and Disease, Particularly, in Asthma. Front Physiol. 2018;9:1168. Published 2018 Aug 21.

30. FAO/OMS, Joint Food and Agriculture Organization of the United Nations/ World Health Organization. Working Group. Report on drafting  guidelines for the evaluation of probiotics in food, 2002.

31. Hill C, Guarner F, Reid G, et al. Expert consensus document. The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics consensus statement on the scope and appropriate use of the term probiotic. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2014;11(8):506-514.

32. Gibson GR, Roberfroid MB. Dietary modulation of the human colonic microbiota: introducing the concept of prebiotics .J Nutr, 1995; 125:1401-12.

33. Gibson GR, Hutkins R, Sanders ME, et al. Expert consensus document: The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics (ISAPP) consensus statement on the definition and scope of prebiotics. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2017;14(8):491-502.

34. Markowiak P, Śliżewska K. Effects of Probiotics, Prebiotics, and Synbiotics on Human Health. Nutrients. 2017;9(9):1021.

35. Swanson, K.S., Gibson, G.R., Hutkins, R. et al. The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics (ISAPP) consensus statement on the definition and scope of synbiotics. Nat Rev Gastroenterol Hepatol 17, 687–701 (2020).

36. Tap J, Furet JP, Bensaada M, et al. Gut microbiota richness promotes its stability upon increased dietary fibre intake in healthy adults. Environ Microbiol. 2015 Dec;17(12):4954-64.

37. Quigley EMM, Gajula P. Recent advances in modulating the microbiome. F1000Res. 2020;9:F1000 Faculty Rev-46. Published 2020 Jan 27.

38. Wilson AS, Koller KR, Ramaboli MC, et al. Diet and the Human Gut Microbiome: An International Review. Dig Dis Sci. 2020;65(3):723-740. 

39. Zallot, Camille Transplantation de microbiote fécal et pathologies digestives,  La Lettre de l'Hépato-gastroentérologue, Vol. XXI -n° 1, janvier-février 2018.

40. Cammarota G, Ianiro G, Tilg H, et al. European consensus conference on faecal microbiota transplantation in clinical practice. Gut. 2017;66(4):569-580.

41. Lev-Sagie A, Goldman-Wohl D, Cohen Y, et al. Vaginal microbiome transplantation in women with intractable bacterial vaginosis. Nat Med. 2019;25(10):1500-1504.

42. Myles IA, Earland NJ, Anderson ED, et al. First-in-human topical microbiome transplantation with Roseomonas mucosa for atopic dermatitis. JCI Insight. 2018;3(9):e120608.

43. Zhou H, Shi L, Ren Y, et al. Applications of Human Skin Microbiota in the Cutaneous Disorders for Ecology-Based Therapy. Front Cell Infect Microbiol. 2020;10:570261

 

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