Quels aliments pour un microbiote équilibré ?

Au cours de notre vie, nous avalons de l’ordre de 60 tonnes de nourriture ! ¹
Pour assurer leur digestion, ces aliments parcourent un long périple dans notre appareil digestif, d’une longueur, de la bouche à l’anus, de l’ordre de 5 mètres. ²
Objectif : digérer ces aliments, autrement dit les découper en tout petits morceaux capables d’être absorbés par notre organisme pour lui apporter tous les nutriments, ces petites briques élémentaires dont nous avons besoin pour faire travailler nos muscles, alimenter notre cerveau, entretenir nos os, etc. .

Pour faciliter cette absorption, notre système digestif n’est pas seulement très long, il est également doté d’une très grande surface grâce à de nombreux replis (à l’image d’un carton ondulé). Si on l’étalait au sol et la repassait, la surface des parois du tube digestif représenterait, selon les estimations, entre 32 m2, soit l’équivalent d’un demi terrain de badminton ² et 250-400 m², soit un cours de tennis ! ¹ 

Tout au long de ce trajet, les aliments en cours de digestion croisent les milliers de milliards de microorganismes de notre flore intestinale qui occupent l’espace entre la lumière du tube digestif et le mucus protecteur qui en recouvre les parois. Ce microbiote varie en nombre et en composition selon les zones du tube digestif, avec un gradient croissant entre l’estomac et l’anus.
On dénombrerait ainsi ³: 

• moins de mille bactéries/mL dans l’estomac, milieu trop acide pour de nombreuses espèces ;
• des millions de bactéries/mL dans l’intestin grêle, milieu riche en acide et en oxygène et où le transit est rapide. Y prédominent des bactéries adaptées à ces conditions, se développant rapidement et capables de s’agripper aux parois, comme les Lactobacillaceae ; 
• des milliards de bactéries/g de contenu digestif dans le côlon où vivent, à l’abri de l’oxygène, des bactéries capables de fermenter les fibres non digérées, comme les Prevotellaceae. 

Ces microorganismes nous aident à vivre (nous protègent des pathogènes, régulent notre système immunitaire…) ¹, mais aussi à digérer nos aliments.
Par exemple, nous sommes incapables de digérer les fibres alimentaires qui arrivent donc intactes dans le côlon, au contact des bactéries : contrairement à nous, elles sont équipées pour digérer les fibres c’est-à-dire les utiliser comme substrat pour leur propre métabolisme, et les transformer notamment en petits acides gras.
Notre flore intestinale nous fournit également des nutriments essentiels, comme les vitamine B12 ou K par exemple. ¹  

Nos aliments ne sont pas stériles et c’est tant mieux ! Lorsque nous mordons dans une pomme, une tomate ou tout autre fruit ou légume frais, nous enrichissons notre microbiote intestinal en bactéries et autres microorganismes. Ainsi, croquer dans une pomme apporte des micro-organismes bénéfiques pour la santé (bactéries, virus, champignons), qui viennent coloniser et enrichir de façon transitoire notre microbiote intestinal. ⁵

Les aliments fermentés, sources de bonnes bactéries 

Les aliments fermentés représentent une autre source de bactéries et levures : fromage, yaourts, kéfir et autres laits fermentés, légumes fermentés comme la choucroute en France, la liste est longue ! Ces bactéries et levures, encore vivantes lorsque les aliments ne sont ni cuits, ni pasteurisés, peuvent modifier la composition de notre microbiote intestinal, de manière transitoire (augmentent juste après la consommation puis diminuent progressivement) voire à long terme lorsque la consommation de l’aliment est régulière. ⁶

Parce qu’elles sont vivantes, les bactéries produisent des métabolites divers et variés également présents dans les produits fermentés de notre alimentation : 

• acides organiques (acide lactique du yaourt ou des cornichons),
• peptides bioactifs (bactériocines de la choucroute qui inhibent les bactéries pathogènes concurrentes),
• vitamine (vitamine K du soja fermenté Natto), etc. 

Ces métabolites bactériens peuvent améliorer le fonctionnement de notre microbiote intestinal (renforcement de la barrière intestinale, modulation de l’inflammation, etc), soutenir notre système immunitaire et apporter des bénéfices santé pour l’hôte. ^6,7

Aliment fermentés

L'eau enrichit aussi notre microbiote

N’oublions pas non plus une autre grande source alimentaire de microorganismes : notre boisson !
Eau du puits, du robinet, eau filtrée, eau en bouteille : toutes les eaux ne se valent pas en termes de composition chimique, minérale ou microbienne… et d’effet sur notre microbiote.

Vous buvez principalement de l'eau de puits, qui contient naturellement des communautés microbiennes plus diversifiées ? Votre microbiote intestinal a toutes les chances d’être par ricochet plus diversifié que si vous buviez de l’eau du robinet, de l’eau filtrée ou en bouteille. ⁸

Des fibres pour nourrir notre microbiote intestinal

Mais l’alimentation n’est pas seulement une source de bactéries : elle est aussi une source de nutriments qui nourrissent ces microorganismes, au premier rang desquels les fameuses fibres alimentaires, qui sont des glucides que notre corps ne sait pas digérer… mais dont se délecte notre microbiote intestinal. Résistantes à la digestion, ces fibres finissent par atteindre notre gros intestin où elles nourrissent nos bactéries.
Leur variété est grande ⁹ avec notamment :

• des fibres alimentaires fermentescibles telles que l'inuline (typique de la chicorée ou des topinambours),
• la pectine (pomme, peau de citron),
• les galactooligosaccharides (lait maternel, légumineuses)…
• mais aussi des fibres non fermentescibles comme l’amidon résistant des céréales par exemple. 

La fermentation des fibres fermentescibles par les bactéries aboutit à la production de métabolites, dont des acides gras à chaîne courte (AGCC) comme le butyrate aux incroyables propriétés :

• effets bénéfiques sur la communauté microbienne (inhibition de pathogènes par exemple),
• amélioration de la fonction de barrière intestinale (stimulation de protéines qui permettent de coller-serrer les cellules de la paroi et donc de diminuer la porosité intestinale ; stimulation de la production de mucus protecteur),
• et des effets métaboliques (par exemple sur la satiété) et immunologiques directs sur l'hôte. ¹⁰

Des probiotiques, prébiotiques et postbiotiques pour rééquilibrer le microbiote  

Quand l’alimentation ne suffit plus ou qu’un rééquilibrage s’avère nécessaire (par exemple après un traitement antibiotique), votre professionnel de santé peut vous proposer un petit coup de pouce pour votre microbiote via la prescription de : 

• probiotiques, gélules contenant des micro-organismes vivants bénéfiques à votre santé. Selon les souches, les probiotiques ont des modes d’action différents et un effet bénéfique spécifique ne pourra pas être extrapolable d’une souche à une autre. 
• et/ou prébiotiques, qui « nourrissent » de façon ciblée certains microorganismes bénéfiques du microbiote intestinal. Soit l’équivalent des fibres alimentaires. 
• et/ou postbiotiques, qui comprennent à la fois les petites molécules bénéfiques fabriquées par les probiotiques (comme les acides gras à chaîne courte), mais également les probiotiques morts et leurs fragments. 

Notre alimentation, parce qu’elle nourrit également notre microbiote intestinal, joue un rôle important et central dans sa composition ^1,11 :
plus vous donnez à des bactéries les aliments qu’elles aiment et savent utiliser, plus elles prolifèrent au détriment des autres microorganismes. Il peut également exister des coopérations entre bactéries : les molécules produites par les unes servent de nourriture aux autres. ¹

A l’image d’une empreinte digitale, chaque individu abrite dans ses entrailles une combinaison spécifique de quelques centaines d’espèces bactériennes, piochées parmi les quelque 3000 espèces de bactéries identifiées dans les systèmes digestifs humains. ^12,13

Ce microbiote est le fruit d’années de construction et rééquilibrages, dans lequel l’alimentation joue un rôle essentiel, et ceci dès la naissance :

• les nourrissons allaités développent une large palette de bactéries Bifidobacterium spp. bénéfiques à leur digestion et santé ;
• les nourrissons recevant des préparations affichent une flore différente, plus diversifiée ;
• ceux sous-alimentés présentent un microbiote intestinal immature, déséquilibré (dysbiotique) avec davantage de pathogènes. ^1,12,13

Comment est-ce possible ? 
Le lait maternel, la référence en termes d’alimentation des bébés, contient à la fois quelques microorganismes utiles à la santé de l’enfant mais aussi et surtout des prébiotiques. Ces derniers, appelés oligosaccharides, ne sont pas digérés par le bébé mais nourrissent et favorisent le développement des bifidobactéries bénéfiques  ^13,14 
Ils vont ainsi façonner le microbiote intestinal du bébé, avec des conséquences en termes de santé (immunité, etc.) tout au long de la vie. ¹⁴

À chaque âge de la vie, un microbiote intestinal différent

Durant la petite enfance, la construction du microbiote se poursuit.

• Entre 4 mois et 1 an, la diversification alimentaire va de pair avec l’arrivée et l’installation – ou non – de nouveaux micro-organismes, et la réduction d’autres. Ainsi, les enfants africains consommant des régimes riches en fibres et amidon présentent un microbiote plus diversifié et producteur d’acides gras bénéfiques, tandis que les régimes occidentaux pauvres en fibres réduisent la diversité et ces petits acides gras protecteurs. ¹
• Entre 1 et 3 ans, l’organisation de cette communauté continue de s’enrichir.
• Vers 3-5 ans, le microbiote intestinal n’est pas encore totalement comparable à celui d’un adulte mais commence fortement à y ressembler. ^12,15  
• A l’âge adulte, notre microbiote intestinal est diversifié, et en général prédominé par des firmicutes et bacteroidetes.   
• A partir de 70 ans, la composition du microbiote intestinal peut être affectée par des changements biologiques (moins bonne digestion par exemple) mais aussi des modifications des habitudes alimentaires, souvent moins diversifiées. A la clé : une baisse de la diversité du microbiote intestinal, avec le recul de bactéries comme les bénéfiques Bifidobacterium spp. ¹²

Peau, poumons, vagin : eux aussi influencés par notre alimentation

Pour autant, il serait faux de penser que notre alimentation influence uniquement notre microbiote intestinal. 
Elle pourrait influencer, via la flore intestinale, d’autres microbiotes. Prenons l’exemple de notre microbiote cutané : différentes maladies communes de la peau, telles que l'acné, la dermatite atopique, le psoriasis et la couperose, ont été associées à une dysbiose intestinale. ^16,17  

Dans le cas de l’acné ^17,18: 

• une alimentation riche en sucres, fréquente chez les adolescents des pays développés, pourrait provoquer un déséquilibre de la flore intestinale ;   
• les bactéries intestinales, déboussolées, fabriqueraient des molécules capables de passer dans notre sang, d’accéder à notre peau et d’y modifier diverses fonctions de la peau (inflammation, prolifération cellulaire, métabolisme des lipides, etc.), induisant par ricochet une dysbiose de notre microbiote cutané ; 
• ce déséquilibre de notre microbiote cutané se traduirait par une surproduction de sébum, de graisse et de cellules de la peau, favorisant ainsi l’apparition de l’acné.  

Et cette influence serait bidirectionnelle : le développement de l’acné affecterait en retour la composition du microbiote intestinal. D’où un possible cercle vicieux. ¹⁸ Ainsi, l’intestin et la peau sont étroitement liés via un canal de communication appelé axe intestin-peau. ¹⁷ 

Idem du côté du microbiote pulmonaire, avec un axe bidirectionnel intestin-poumons : 

• le microbiote intestinal participerait aux maladies pulmonaires, une dysbiose intestinale allant souvent de pair avec les infestions respiratoires hivernales  ¹⁹ ou l'asthme ²⁰;  
• inversement, les pathologies pulmonaires influenceraient la composition du microbiote pulmonaire. ¹⁹

L’influence de l’alimentation pourrait aussi se faire sentir du côté du microbiote urinaire : une dysbiose intestinale pourrait augmenter la susceptibilité aux infestions urinaires, même si certains résultats semblent contradictoires.  ²¹

Même constat en ce qui concerne le microbiote vaginal : une consommation réduite d'alcool et de protéines animales, et un apport plus élevé en acide linolénique typique des végétaux peuvent avoir un impact bénéfique sur l'environnement vaginal, grâce au maintien d'un microbiote principalement dominé par des lactobacillus protecteurs. ²²

Dans ces deux cas, les interactions entre les microbiotes sont sans doute avant tout liées à la proximité entre l’anus (microbiote intestinal), l’entrée du vagin (microbiote vaginal) et l’orifice de l’urètre (microbiote urinaire), tant et si bien que des bactéries d’origine intestinale ont peu de chemin à parcourir pour coloniser le vagin ou la vessie. 

Incontestablement, l’alimentation est donc l’un des leviers les plus puissants pour changer la composition et l’activité du microbiote intestinal.
Schématiquement, une alimentation végétale riche en fibres favorise des bactéries protectrices, alors qu’une alimentation riche en sucres, en protéines animales et graisses saturées oriente vers un profil plus inflammatoire. ^16,23,24

Nutriments

Régime méditerranéen : un allié du microbiote intestinal

Aussi, un régime riche en végétaux, ou le fameux régime méditerranéen (qui met à l’honneur les fruits, les légumes, les graines, les légumineuses, le poisson, les fruits à coque et l’huile d’olive, tout en limitant le sucre et la viande), sont autant de bons réflexes.

Et l’expérience scientifique semble le confirmer : une étude a expérimenté pendant un an l’effet d’un régime méditerranéen auprès de seniors européens au Royaume-Uni, en France, aux Pays-Bas, en Italie et en Pologne. Bilan de cette expérimentation : une modification de leur microbiote intestinal, avec davantage de bactéries associées à une moindre fragilité, une meilleure fonction cognitive et moins d’inflammation. ²⁵

Quelles boissons sont bénéfiques pour le microbiote intestinal ? 

Côté boissons, les polyphénols du vin (qui fait d’ailleurs partie du régime méditerranéen)  ²⁶ mais aussi du thé ²⁷ iraient également de pair avec un microbiote plus diversifié et plus sain.

En revanche, avoir un faible pour les boissons sucrées (surtout si leur consommation dépasse 2 verres par jour) s’avère lourd de conséquences pour le microbiote intestinal : leur consommation régulière semble en effet plomber les effectifs de différentes bactéries bénéfiques, comme Bacteroides pectinophilus qui se nourrit de pectine mais qui ne sait quoi faire des sucres des sodas… et voit sa population se réduire en cas de consommation de boissons sucrées. ²⁸

Les maladies liées à une mauvaise alimentation 

Comme vu précédemment, le microbiote intestinal varie beaucoup d’une personne à l’autre selon l’âge, le mode de vie, l’alimentation…
Ces variations sont normales et peuvent aider le corps à s’adapter à son environnement. Mais parfois, la flore intestinale connaît des changements profonds, qui peuvent être la cause et/ou la conséquence de problèmes de santé . ^12,30

Différentes pathologies intestinales ^12,30 semblent liées à cette dysbiose : 

• dans le syndrome de l'intestin irritable (SII), la perte de richesse microbienne affaiblirait les fonctions de la barrière épithéliale et modifierait la réponse inflammatoire, ce qui explique en partie les symptômes. 
• dans les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI), même si le lien de causalité direct n’est pas prouvé, les déséquilibres microbiens (notamment la baisse des bactéries produisant du butyrate) contribueraient à la sévérité de la maladie.
• dans la maladie cœliaque, la dysbiose semble créer un milieu inflammatoire et empêcherait la couche de mucus des intestins de nous protéger contre l'invasion d'antigènes nocifs et de pathogènes. 
• dans le colorectal cancer, une réduction des bactéries bénéfiques productrices de butyrate et une augmentation des pathogènes opportunistes, pourrait contribuer au développement de la tumeur. 

La dysbiose intestinale est également impliquée dans différents troubles métaboliques: ^12,30,31,32

• dans le cas de l'obésité, cette dysbiose augmenterait la capacité du corps à extraire de l'énergie de l'alimentation, favorisant le stockage des graisses et l’inflammation. 
• dans le cas du diabète de type 2, les patients présentent une augmentation des Betaproteobacteria (associée à une hausse du sucre dans le sang) et une diminution des bactéries bénéfiques productrices de butyrate comme Roseburia spp.

L'axe intestin-cerveau est également impacté: ¹²

• dans les maladies d'Alzheimer et de Parkinson, une dysbiose (hausse de Escherichia/Shigella pour Alzheimer par exemple) semble associée à un état inflammatoire périphérique qui pourrait favoriser ces pathologies. 

Adopter de bonnes habitudes pour son microbiote

Si l’alimentation est l’un des plus puissants leviers pour modifier notre microbiote intestinal, il n’est pas le seul, loin de là !
L’activité physique, lorsqu’elle est pratiquée de manière raisonnable (à moins de 50 % de la consommation maximale d'oxygène ou VO2max1), booste le transit intestinal, améliore la qualité de la muqueuse qui tapisse les parois du tube digestif et donne un coup de pouce à notre microbiote intestinal, en favorisant l’installation d’une flore riche et bénéfique. ³³ 
Comme pour tout, le mieux est l’ennemi du bien : 60 minutes d’entraînement d’endurance très intense (à 70 % de la capacité VO2max) entraînent des douleurs abdominales, nausées et diarrhées. ³³
Et s’il fallait finir de vous convaincre : 30 à 50 % des athlètes seraient concernés par des troubles digestifs, voire 90 % de ceux participant à des épreuves d’ultra-endurance. ³⁴

Enfin, les bonnes habitudes passent aussi par une vigilance quant à notre environnement au sens large du terme. Ou plus précisément à l'exposome, ensemble de facteurs environnementaux auxquels nous sommes exposés tout au long de notre vie, et qui influence notre microbiote et notre santé.

Si l’alimentation en fait bien entendu partie, l’exposome est loin de s’y limiter : l’épidémiologiste anglais Christopher P. Wild qui a inventé ce concept le définit comme « une représentation complexe et dynamique des expositions auxquelles une personne est sujette tout au long de sa vie, intégrant l’environnement chimique, microbiologique, physique, récréatif, médicamenteux, le style de vie, l'alimentation, ainsi que les infections. »

Passer le plus de temps possible au contact de la nature, laisser les enfants jouer au contact de la végétation et des animaux, éviter l’automédication - surtout en ce qui concerne les antibiotiques, faire la chasse aux sources de microplastiques: autant de bons réflexes qui, couplés à une alimentation de qualité, bichonneront votre santé intestinale et avec elle votre santé en général. 

Dans la pratique, que font vraiment les gens pour leur microbiote ? 

De la théorie à la pratique, l’écart demeure néanmoins encore grand. Selon l’observatoire 2025 de Biocodex sur le microbiote, si les connaissances progressent, les « bons » comportements peinent à suivre : la connaissance des problèmes de santé liés au microbiote continue de croître, mais le nombre de personnes qui agissent n'augmente pas, et est resté stable cette année.

Ainsi : 

• une grande majorité déclare avoir une alimentation équilibrée et variée (83 %) afin d'éviter un déséquilibre du microbiote ; 
•  environ 3 personnes interrogées sur 4 ont déclaré pratiquer une activité physique (78%) et éviter de fumer (77%) afin de limiter le risque de déséquilibre du microbiote ;
• environ la moitié des personnes interrogées déclarent consommer des probiotiques (50 %), et 40 % des prébiotiques, pour leur microbiote ;
• seules un quart des personnes ont reçu des informations essentielles sur le microbiote après s'être vu prescrire des antibiotiques, malgré l'impact des antibiotiques sur la flore intestinale. 

Comment sensibiliser le grand public à l'importance de maintenir un microbiote équilibré pour être en bonne santé ? Reconnus comme des acteurs de confiance, les professionnels de la santé pourraient être les vecteurs les plus efficaces du changement de comportement.
Affaire à suivre dans nos prochains observatoires !