Microbiote et exposome : un dialogue au cœur de notre santé
Tout ce que nous mangeons, respirons ou appliquons sur notre corps entre en contact avec nos microbiotes avec un impact non-négligeable sur notre santé.
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Problème : de nombreux facteurs de l’exposome externe (alimentation pauvre en fibres ou riche en graisses, émulsifiants, métaux lourds, phtalates, microplastiques, particules fines de l’air, pesticides, polluants environnementaux, stress …) peuvent perturber l’équilibre de nos microbiotes et entraîner une dysbiose.
On sait que celle-ci est liée à de nombreuses maladies chroniques : obésité, diabète de type 2, asthme, maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, maladies auto-immunes, dépression, trouble du développement cérébral… 1
Effondrement de la biodiversité = microbiotes et santé en danger
C’est une véritable bombe à retardement, confirmée par le groupe international d’experts IPBES 2: au niveau mondial, la biodiversité « diminue plus rapidement qu’à n’importe quel moment de l’histoire de l’humanité ». 3 Un effondrement qui est la conséquence du réchauffement climatique, mais aussi de la surexploitation des terres… et de la pollution.
Et c’est un problème pour nos microbiotes, car moins d’espèces animales et végétales, c’est aussi moins de diversité microbienne dans les écosystèmes, et donc davantage d’altération des circuits immunomodulateurs médiés par le microbiote et plus d’allergies et de maladies auto-immunes. 4
Microbiota: a well-connected network that influences health
Selon la World Allergy Organization, « la perte de biodiversité entraîne une réduction de l’interaction entre les microbiotes environnementaux et humains, ce qui peut conduire à un dysfonctionnement immunitaire et à une altération des mécanismes de tolérance ». 5
On sait en effet depuis 2005 qu’au contraire, des environnements riches en microbes (vie à la ferme, proximité avec la nature…) sont corrélés à une protection contre les maladies immunitaires.
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L’exposome fongique, régulateur de la réponse immunitaire
Le microbiote, qu’il soit intestinal, vaginal, pulmonaire ou cutané, n’est pas uniquement composé de bactéries, mais aussi de virus, d’archées… et de champignons. Ces derniers constituent le « mycobiote » indispensable à l’équilibre et à la stabilité du microbiote humain. Plusieurs études menées sur les nourrissons ont d’ailleurs montré que la composition fongique du microbiote est corrélée au risque de développer une maladie allergique.
On sait désormais que le mycobiote dépend en grande partie de l’exposome fongique. L’analyse des taxons montre en effet que les champignons les plus fréquents au niveau intestinal, oral, pulmonaire et cutané sont les mêmes que ceux que l’on trouve dans l’environnement, qu’il soit intérieur (murs, meubles, air intérieur…) ou extérieur (aliments, eau, sol, etc.). 9
La présence ubiquitaire de champignons dans l’environnement pourrait donc être à l’origine d’un contact soutenu avec l’organisme modulant la réponse immunitaire chez les humains.
Do fungi in the nose play a role in rhinitis and asthma?
Médicaments, exposome et microbiote : un équilibre fragile
Les médicaments, en tant qu'éléments de notre exposome, interagissent de manière complexe avec le microbiote intestinal, influençant à la fois sa composition et ses fonctions.
Prenons l’exemple de certains traitements courants comme les inhibiteurs de la pompe à proton (IPP), utilisés pour traiter le reflux gastrique. Les IPP modifient l'environnement acide de l'estomac, permettant à des bactéries buccales d’atteindre l’intestin. Cela peut influencer l’écosystème microbien en favorisant la croissance de certaines souches. Ces changements, associés à des risques accrus d'infections comme celles à Clostridium difficile, restent maîtrisables grâce à une utilisation appropriée (éviter autant que possible les traitements au long court) et un suivi médical. 10
Le microbiote n’est pas un simple spectateur : il joue un rôle actif dans la transformation des médicaments.
Par exemple, les bactéries intestinales peuvent améliorer l’efficacité de la metformine, un traitement antidiabétique, en stimulant la production d’ (sidenote: Acides Gras à Chaîne Courte (AGCC) Les acides gras à chaîne courte sont une source d’énergie (carburant) des cellules de l’individu, ils interagissent avec le système immunitaire et sont impliqués dans la communication entre l’intestin et le cerveau. Silva YP, Bernardi A, Frozza RL. The Role of Short-Chain Fatty Acids From Gut Microbiota in Gut-Brain Communication. Front Endocrinol (Lausanne). 2020;11:25. ) (AGCC) bénéfiques pour la santé.
À l’inverse, dans certains cas rares, le microbiote peut transformer des molécules actives en composés toxiques, comme dans le cas de la brivudine, un antiviral anti-zona désormais interdit, qui peut être convertie en bromovinyluracile toxique pour le foie par des microorganismes intestinaux.
Ces interactions mettent en lumière l’importance de mieux comprendre les relations entre médicaments, microbiote et exposome. En prenant en compte ces mécanismes, il est possible d’optimiser les traitements et de développer des stratégies thérapeutiques qui respectent et soutiennent l’équilibre fragile de notre écosystème intestinal.
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Microbiote sous pression : comment l’exposome favorise les maladies chroniques
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1. Lionel Cavicchioli. Un organe sensible aux pollutions, Le Figaro Santé, avril-mai-juin 2024.
2. Intergovernmental Science-Policy Platform on Biodiversity and Ecosystem Services (IPBES)
