Résistance aux antibiotiques : hôpitaux et cliniques vétérinaires sous surveillance

Enjeu majeur de santé publique mondiale, la résistance aux antibiotiques, ou antibiorésistance, désigne la capacité de certaines bactéries à résister à l'action d'un ou plusieurs antibiotiques.  Pour mieux comprendre comment ces résistances peuvent circuler entre les bactéries, des chercheurs¹ ont adopté une approche « Une seule santé » (One Health), qui considère que la santé environnementale ainsi que la santé de l’homme et de l’animal sont étroitement liées. Car les microorganismes, notamment certaines bactéries, nous accompagnent dans notre quotidien : certaines études ont montré que dans certains cas l’eau du robinet ou de la douche pouvaient abriter des pathogènes ; les nuages pouvaient transporter des gènes de résistance aux antibiotiques ; et enfin que notre microbiote intestinal pouvait participer à la lutte contre les résistances ; etc.

Des communautés microbiennes différentes

Des chercheurs se sont ainsi penchés sur les microorganismes (notamment les bactéries) et les gènes de résistance aux antibiotiques présents dans l’environnement (eaux usées, surfaces) d’un hôpital et d’une clinique vétérinaire de Londres. Comment ? Via un séquençage métagénomique, une méthode qui permet d’étudier directement l’ensemble du matériel génétique, et donc chaque gène présent dans un échantillon. C'est un peu comme si on mettait tout le contenu d'un échantillon dans un mixeur et que l’on décryptait l’ensemble de l’ADN et des gènes associés à la résistance.

Les résultats montrent que les communautés microbiennes des deux établissements sont très différentes. L’hôpital présentait une plus grande richesse en espèces, avec quelques bactéries dominantes (chaque bactérie participant à la composition de cette communauté microbienne). À l’inverse, les micro-organismes étaient répartis de manière plus homogène dans l'environnement vétérinaire (associé à l’animal), qui abritait non seulement des bactéries, mais aussi des champignons et des virus. De toutes les bactéries dangereuses surveillées, potentiellement impliquées dans une infection, seuls les agents de la salmonellose (Salmonella spp.) et de la campylobactériose (Campylobacter spp.) – deux toxi-infections alimentaires – ont été retrouvés dans les deux établissements. Leur présence a toutefois été identifiée à partir de l'ADN, sans démontrer que ces bactéries étaient vivantes.

Des gènes de résistance… et leurs « transporteurs »

 Autre constat : des gènes de résistance aux antibiotiques ont été retrouvés dans les 2 établissements, mais avec des signatures distinctes. À l’hôpital, les gènes d’antibiorésistances considéré comme à haut risque pour la santé humaine étaient plus nombreux ; en milieu vétérinaire, les gènes de résistance aux désinfectants de surface courants étaient omniprésents. 

Les chercheurs se sont également intéressés aux plasmides, petits morceaux d’ADN capables de circuler d’une bactérie à une autre et de transporter un ou plusieurs gènes, notamment de résistances aux antibiotiques. De nouveau, les profils diffèrent : les échantillons hospitaliers contenaient davantage de types de plasmides associés à des bactéries impliquées dans les infections nosocomiales et susceptibles de transporter des gènes de résistance aux antibiotiques (responsable d’antibioresistance). Les échantillons vétérinaires présentaient davantage de types de plasmides associés aux bactéries à Gram positif.