Antibiotiques : quels impacts sur le microbiote intestinal ?

Tournant médical du XXe siècle, les antibiotiques ont sauvé des millions de vies. À l’inverse, un usage excessif et souvent inapproprié a fait émerger de nombreuses résistances aux antibiotiques. L’OMS s’est mobilisée en novembre dernier pour rappeler l’importance d’un usage raisonné de ces médicaments*.

 

Entre 2000 et 2015, la consommation d’antibiotiques s’est accrue de 65 %. S'ils éradiquent les germes pathogènes responsables d’une infection, les antibiotiques peuvent également détruire certaines bactéries bénéfiques du microbiote intestinal, et provoquer un déséquilibre (dysbiose) au sein de cet écosystème, pouvant avoir des conséquences à court et à long terme, comme nous le rappelle cette nouvelle étude.

Des effets négatifs sur le microbiote à court et moyen terme…

Premier constat, les antibiotiques détruisent l'équilibre qui existe au sein du microbiote intestinal. En éliminant certaines bactéries, ils permettent à d’autres pathogènes d’occuper la place libre et ainsi de se multiplier. Une des conséquences est la diarrhée associée aux antibiotiques, qui touche entre 5 et 35 % des personnes traitées et spontanément résolue en quelques jours. Néanmoins, certaines diarrhées peuvent être plus graves, voire potentiellement mortelles lorsqu’elles sont provoquées par la bactérie Clostridioides difficile. Deuxième constat, la prise d'antibiotiques est associée à une réduction de la diversité du microbiote et le retour à l’équilibre sera plus ou moins long : certaines bactéries seraient d’ailleurs toujours absentes après plusieurs mois. Enfin, la prise répétée ou inappropriée d'antibiotiques pousse les bactéries à développer des stratégies pour contourner leurs effets : elles peuvent devenir résistantes et rendent ainsi les traitements inefficaces. Les prévisions des experts font froid dans le dos : sans mesures drastiques contre le recours abusif aux antibiotiques, ceux-ci pourraient provoquer 10 millions de morts dans le monde d’ici 2050.

…aux lourdes conséquences sur le long terme

Les antibiotiques sont encore trop largement utilisés de manière systémique chez les nourrissons et les enfants et leurs utilisations serait associée au développement de maladies plus tard dans la vie (obésité, asthme, allergies, maladies inflammatoires chroniques de l’intestin). Même si la bataille est loin d’être gagnée, la communauté scientifique est engagée dans la recherche de nouvelles stratégies visant à restaurer le microbiote intestinal, via de multiples voies de modulation (alimentation, probiotiques, prébiotiques).

 

* https://www.who.int/fr/news-room/events/detail/2020/11/18/default-calendar/world-antimicrobial-awareness-week-2020

 

Sources :

Ramirez J, Guarner F, Bustos Fernandez L, et al. Antibiotics as Major Disruptors of Gut Microbiota. Front Cell Infect Microbiol. 2020 Nov 24