Comment l’urbanisation influence-t-elle notre microbiote ?

L’urbanisation est associée à des modifications de l’écosystème microbien et une augmentation des dépôts de produits chimiques dans les logements, selon une étude inédite publiée dans Nature Microbiology. Un conseil : si vous habitez en ville, restez connecté avec la nature et évitez l’hygiénisme à outrance !

 

A l’heure actuelle, plus de la moitié de la population vit en ville, et cette proportion devrait dépasser les deux tiers en 2050. L’urbanisation massive a conduit à des changements de mode de vie dans un certain nombre de domaines : alimentation, architecture des habitations (recours à des matériels plus industriels, moins naturels), moindre exposition à l’environnement extérieur, aux animaux, aux parasites... Dans le même temps, la fréquence des maladies métaboliques et auto-immunes a bondi, tandis que la diversité du microbiote humain s’est réduite. Y-a-t-il un lien de causalité entre les deux ?

Du village de la jungle à la métropole

Partant de cette hypothèse, une équipe américaine a tenté de mesurer l’impact de l’urbanisation sur la composition microbienne (levures et bactéries essentiellement) des habitats et de leurs occupants. Leur étude a porté sur quatre localités du Brésil, suivant un gradient croissant d’urbanisation : Checherta, un village en pleine jungle ; Puerto Almendra, un village rural ; Iquitos, une ville ; et Manaus, une métropole. L’analyse des substances chimiques et des microorganismes présents sur les murs des habitations, les sols, les literies, les tables, et celle des microbiotes de leurs propriétaires (peau, nez, bouche, intestin) et de leurs animaux de compagnie, a permis aux chercheurs de dresser des profils microbiens très variés entre les différents sites.

Des profils microbiens très variés

Les habitations urbaines se caractérisent par la présence de substances chimiques dérivées des médicaments, de produits détergents et de gels douches, traduisant des habitudes citadines. Elles renferment aussi plus de levures, probablement en raison des conditions propices à leur développement (intérieurs plus chauffés, moins de lumière naturelle, plus fort taux de CO2), et à leur moindre sensibilité aux antimicrobiens. On y trouve enfin plus de bactéries d’origine cutanée et moins de germes d’origine environnementale. Chez les individus, l’urbanisation, mais aussi la hausse du niveau de vie, s’accompagne d’une baisse de la diversité des microorganismes. Pour les auteurs, ce sont autant de résultats qui mettent en lumière les liens fonctionnels entre mode de vie, microbiote et santé. Ainsi notre microbiote et nos logements auraient tout à gagner à être plus en contact avec les microbes de l’environnement extérieur et les matériaux d’origine naturelle.

 

Sources : 

McCall LI., Callewaert C., Zhu Q. et al. Home chemical and microbial transitions across urbanization. Nature microbiology, 2019; https://doi.org/10.1038/s41564-019-0593-4