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Immunité
Le microbiote pulmonaire

Pourquoi chez certains nourrissons le rhume reste-t-il bénin tandis que chez d'autres il se transforme en bronchiolite ? Une nouvelle étude révèle que la réponse ne concerne pas seulement le virus, mais aussi l'écosystème microbien du nez, qui agit en tant que première ligne de défense du système immunitaire.

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A propos de cet article

Publié le 20 octobre 2025
Mis à jour le 23 octobre 2025

Tous les parents connaissent cette cascade d'événements : une simple toux et un nez qui coule peuvent rapidement se transformer en otite ou, pire, en bronchiolite. Nous avons longtemps blâmé le virus, mais une nouvelle étude capitale publiée dans Nature Communications 1 révèle qu'en général le virus ne fait qu'ouvrir le bal. En effet, tout se déroule au sein du (sidenote: Microbiote ORL Il s'agit de la communauté spécifique de microorganismes (bactéries, champignons, virus) qui résident dans les régions interconnectées de l'oreille, du nez et de la gorge. Cet écosystème se distingue du microbiote intestinal et joue un rôle crucial et direct dans l'immunité locale et la santé respiratoire. ) de votre bébé, la communauté de bactéries complexe présente dans le nez et la gorge, qui sert de première ligne de défense au système immunitaire. Cette recherche fournit un nouveau cadre pour comprendre la santé respiratoire au cours de la première année de vie.

Gut microbiota: our immune system’s best friend 12.09.2022 Le microbiote intestinal : l'allié de notre système immunitaire En savoir plus

Le déclencheur viral de la colonisation bactérienne

Les chercheurs ont suivi 300 nourrissons, dès leur naissance, en surveillant méticuleusement leur état de santé et en analysant plus de 2 400 prélèvements nasaux. Les données révèlent un mécanisme clair : une infection virale, qu'elle soit due à un rhinovirus courant ou au virus respiratoire syncytial (VRS), modifie profondément l'environnement du système respiratoire.

Le virus respiratoire syncytial (VRS)

Chaque années, le virus respiratoire syncytial (VRS), entraîne 3,6 millions d'hospitalisations et environ 100 000 décès chez les enfants de moins de 5 ans. ²

Il a été démontré que la présence d'un virus augmentait les risques de (sidenote: Colonisation bactérienne Il s'agit de la présence et de la croissance persistantes de bactéries sur une surface hôte, telle que la cavité nasale, sans provoquer de signes cliniques d'une quelconque maladie. C'est une condition préalable à l'infection, bien que distincte de celle-ci, qui représente un état de porteur asymptomatique. ) du nourrisson de 44 % pour Haemophilus influenzae, et de 83 % pour Streptococcus pneumoniae.

Pour les nourrissons déjà porteurs de S. pneumoniae, l'infection virale a presque quadruplé sa (sidenote: Densité de colonisation Il s'agit d'une mesure quantitative de la charge bactérienne, ou de la quantité d'une bactérie spécifique présente dans un échantillon, plutôt qu'un simple résultat indiquant la présence ou l'absence de cette bactérie. Une forte densité de colonisation peut augmenter le risque qu'un agent pathogène passe du statut de colonisateur inoffensif à celui d'infection active. ) créant un environnement à haut risque en matière de maladie invasive.

Les infections respiratoires aiguës infantiles, déterminées par le microbiote nasal ? 30.07.2019 Les infections respiratoires aiguës infantiles, déterminées par le microbiote nasal ? En savoir plus

Nous arrivons à la partie la plus importante de l'étude. Le virus ne se contente pas d'aider les bactéries néfastes, il sabote activement les microbes bénéfiques qui les enrayent.

L'analyse a permis d'identifier quelques espèces protectrices spécifiques, comme Corynebacterium, qui empêchent les agents pathogènes de s'implanter. Cette étude a démontré qu'une infection virale entraînait une disparition directe de ces bactéries bénéfiques.

C'est cet appauvrissement qui ouvre la voie à la colonisation par des agents pathogènes. De manière contre-intuitive, les mêmes infections virales étaient associées à une probabilité 55 % moins élevée de contracter Staphylococcus aureus, ce qui révèle à quel point ces interactions microbiennes sont spécifiques et complexes.

Instauration d'un système immunitaire résilient pour votre enfant

Ces travaux soulignent qu'un microbiote ORL sain n'est pas une option ; il s'agit d'un élément fondamental pour une bonne immunité dès l'enfance.

En fait, la composition du microbiote nasal d'un nourrisson s'avère être un indicateur plus précis de la future acquisition de bactéries que les facteurs de risque cliniques standard. Le développement de cet écosystème est façonné par l' (sidenote: Exposome C’est en 2005, dans un article publié dans la revue Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention, que le Dr Christopher Wild définit pour la première fois l’exposome comme « la totalité des expositions auxquelles un individu est soumis de la conception à la mort. C’est une représentation complexe et dynamique des expositions auxquelles une personne est sujette tout au long de sa vie, intégrant l’environnement chimique, microbiologique, physique, récréatif, médicamenteux, le style de vie, l’alimentation, ainsi que les infections »
Source
)
, sachant que des facteurs tels que l'allaitement jouent un rôle déterminant dans l'ensemencement et l'alimentation des espèces bénéfiques.

Il est essentiel de comprendre ces dynamiques microbiennes précoces, car elles posent les bases de la santé respiratoire à long terme et peuvent influer sur le risque futur d'affections telles que les infections récurrentes et l'asthme.

Microbiote, asthme et antibiotique : une histoire de nez !

En savoir plus
Sources

1. Kelly, M.S., Shi, P., Boiditswe, S.C. et al. Role of the upper airway microbiota in respiratory virus and bacterial pathobiont dynamics in the first year of life. Nat Commun 16, 5195 (2025).

2. https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/respiratory-syncytial-virus-(rsv) 

Tags
Microbiote pulmonaire Immunité Microbiote nasal Naissance Bébé Microbiome Flore

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