Grand
Public
Accès
Pro

Le microbiote intestinal

L’ensemble des micro-organismes qui peuplent votre intestin constitue le microbiote intestinal.
L’équilibre entre bactéries, levures, champignons et autres micro-organismes y est fondamental pour votre santé.

La composition à l'équilibre du microbiote intestinal

Microbiote intestinal - Composition à l'équilibre

 

Les connaissances sur le microbiote intestinal, ou flore intestinale, ont bien évolué grâce à l’utilisation de nouvelles techniques d’identification basées sur l’étude des gènes (ADN) des micro-organismes qui peuplent l’intestin. Aujourd’hui, on estime que des centaines d’espèces de bactéries composent le microbiote intestinal, partagé entre des espèces dominantes, des espèces plus rares et des espèces transitoires circulant le long du tube digestif. Le côlon, à savoir le gros intestin, porterait jusqu’à dix mille milliards de bactéries, soit autant que le nombre de cellules de votre corps. Le côlon fait donc partie des écosystèmes microbiens les plus densément peuplés de la planète ! Certaines bactéries potentiellement dangereuses peuvent y être présentes en faible quantité sans qu’aucune pathologie ne se déclenche. On trouve aussi dans l’intestin des bactériophages, qui sont des virus n’infectant que les bactéries. Ils sont dix à cent fois plus nombreux que les bactéries les plus

Une composition modulée par l’alimentation

Le microbiote dominant est une « signature » pour chaque individu. Seule une petite fraction d’espèces est très partagée dans la population humaine : environ 60 espèces bactériennes sont portées par 50% des individus d’une même zone géographique. Bien que cela soit discuté et pas forcément aussi tranché, il existerait 3 types de composition bactérienne (entérotypes) différents. Ces groupes conditionnent votre « écologie intestinale » et sont liés, au moins en partie, à vos habitudes alimentaires : régime occidental riche en sucres et graisses animales pour l’un d’entre eux ou forte consommation de fruits et de légumes pour un autre. Si le microbiote peut ainsi être volontairement modulé, il est primordial de le faire à bon escient pour préserver la symbiose, soit une relation harmonieuse, entre vos bactéries et votre intestin : de la diversité de votre microbiote dépend votre santé !

Sources
-Sender R, Fuchs S, Milo R. Revised estimates for the number of human and bacteria cells in the body. PLoS Biol, 2016; 14(8): e1002533.
-Ley RE, Peterson DA, Gordon JI. Ecological and evolutionary forces shaping microbial diversity in the human intestine. Cell 2006 ; 124 : 837-48.
-Tap J, Mondot S, Levenez F, et al. Towards the human intestinal microbiota phylogenetic core. Environ Microbiol 2009 ; 11 : 2574-84.
-Qin J, Li R, Raes J, et al. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature 2010 ; 464 : 59-65.
-Pallav K, Dowd S, Villafuerte J et al. Prospective randomized controlled study on the effects of Saccharomyces boulardii CNCM I-745 and amoxicillin-clavulanate or the combination on the gut microbiota of healthy volunteers. Gut Microbes 2016 ; Dec14 : 1-16.
-Wu GD, Chen J, Hoffman C, et al. Linking long-term dietary patterns with gut microbial enterotypes. Science 2011 ; 334 : 105e8
.

L'évolution du microbiote intestinal en fonction de l'âge

Bébé

De 0 à 3 ans, le microbiote des enfants se diversifie.

Adulte

Jusqu’à l’âge adulte, le microbiote intestinal se diversifie puis se stabilise.

Senior

En prenant de l’âge, le microbiote s’appauvrit légèrement.

Les micro-organismes de votre intestin, principalement des bactéries, établissent avec celui-ci un « partenariat » qui débute dès votre naissance. La constitution du microbiote intestinal prend environ trois ans, avant une période de relative stabilité jusqu’au grand âge, où il subit de nouveau de profondes modifications.

Le système digestif du nouveau-né est rapidement colonisé par un microbiote « simple » provenant des bactéries vaginales et fécales de sa mère. L’allaitement apportera des bactéries favorables, telle que les bifidobactéries, mais la stabilisation du microbiote intestinal prendra environ trois ans et dépendra de nombreux facteurs. Ainsi, les bactéries anaérobies, qui n’ont pas besoin d’oxygène pour vivre, sont minoritaires chez le nourrisson mais seront dominantes chez l’adulte. Le développement de ces bactéries anaérobies est plus lent dans le cas d’un accouchement par césarienne ou d’une naissance prématurée, avec une diversité microbienne plus faible que chez les enfants nés à terme par voie basse. La diversité du microbiote dépend aussi de l’environnement pendant la petite enfance : une moins grande diversité a été observée dans les pays occidentalisés, ce qui peut être lié à une hygiène trop poussée. Le microbiote intestinal s’enrichit au cours des années mais il gardera toujours une empreinte de son profil précoce de la petite enfance. Or une moindre diversité microbienne peut conduire à la survenue de maladies à plus ou moins long terme.

Une perte de diversité chez la personne âgée

A l’âge adulte, peu de facteurs peuvent radicalement modifier le microbiote dominant, mis à part les variations hormonales lors de la puberté, d’une grossesse et de la ménopause. C’est au grand âge que les variations sont plus marquées. Le microbiote est alors appauvri par les changements physiologiques, comme une diminution de l’immunité, une alimentation moins variée, la prise de nombreux médicaments y compris des antibiotiques et surtout le mode de vie, parfois moins indépendant. Les personnes âgées résidant en maison de retraite ont ainsi un appauvrissement de leur microbiote plus marqué que celles qui restent à domicile et gardent leur régime alimentaire habituel. Cette modification profonde de l’équilibre du microbiote peut alors conduire à des pathologies, comme des inflammations de l’intestin et une plus grande sensibilité aux infections.

Sources
-Yatsunenko T, Rey FE, Manary MJ, et al. Human gut microbiome viewed across age and geography. Nature 2012 ; 486 : 222-7.
-Guaraldi F, Salvatori G. Effect of breast and formula feeding on gut microbiota shaping in newborns. Front Cell Infect Microbiol 2012 ; 2 : 94.
-Campeotto F, Waligora-DuprietAJ, Doucet-Populaire F, et al. Establishment of the intestinal microflora in neonates. Gastroenterol Clin Biol 2007 ; 31 : 533-42.
-Biasucci G, Rubini M, RiboniS et al. Mode of delivery affects the bacterial community in the newborn gut. Early Hum Dev 2010 ; 86 (Suppl 1) : 13-5.
-Okada H, Kuhn C et al. The “hygiene hypothesis” for autoimmune and allergic diseases: an update. Clin Exp Immunol 2010 ; 160 : 1-9.
-Koren O, Goodrich JK, Cullender TC, et al. Host remodeling of the gut microbiome and metabolic changes during pregnancy. Cell 2012 ; 150 : 470-80
-Biagi E, Candela M, Turroni S, et al. Ageing and gut microbes : perspectives for health maintenance and longevity. Pharmacol Res 2013 ; 69 : 11-20.
-Claesson MJ, Jeffery IB, Conde S, et al. Gut microbiota composition correlates with diet and health in the elderly. Nature 2012 ; 488 : 178-84.

Les fonctions du microbiote

Le microbiote peut être considéré comme un organe fonctionnel du corps humain. Il est en étroite interaction avec votre intestin et joue différents rôles majeurs.

Un microbiote sain met en place un véritable partenariat, une symbiose, avec votre intestin et assure des fonctions aussi bien locales que systémiques, c’est -à-dire à l’échelle de tout votre corps.

Le rôle du microbiote intestinal

Sources
-Landman C , Quévrain E. Le microbiote intestinal : description, rôle et implication physiopathologique. REV Med Interne, 2016 ; 37:428-423.
-Marcfarlane GT, Cummings JH. The colonic flora, fermentation and large bowel digestive function. Raven Press, 1991; 51-92.
-Duncan HE, Edberg SC. Host-microbe interaction in the gastro intestinal tract. Crit Rev Microbiol 1995; 21: 85-100.
-Hooper LV, Gordon JI. Commensal host-bacterial relationships in the gut. Science 2001; 292: 115-8.
-Kandori H et al. Histochemical, lectin-histochemical and morphometrical characteristics of intestinal goblet cells of germfree and conventional mice. Exp Anim 1996; 45: 155-60.
-Ukena SN et al. Probiotic Escherichia Coli Nissle 1917 inhibits leaky gut by enhancing mucosal integrity. Plos One 2007; 2 (12): e1308.
-Gordon HA et al.. Characteristics of the germfree rat. Acta Anatomica 1966; 64: 367-89.
-Gauguet S, et al. Intestinal microbiota of mice influences resistance to Staphylococcus Aureus pneumonia. Infect Immun 2015; 83: 4003-14.
-Tomas J et al. Primo colonization is associated with colonic epithelial maturation during conventionalization. FASEB J 2013; 27: 645-55.


Rôle dans le métabolisme intestinal

Le microbiote intestinal exerce des fonctions métaboliques essentielles à la digestion. Une fraction des aliments n’est pas digérée à la sortie de l’intestin grêle et est fermentée par le microbiote dans le côlon. Du gaz et de nombreux métabolites sont ainsi produits par cette fermentation parmi lesquels les acides gras à chaîne courte qui représentent un véritable « carburant » pour les cellules de votre côlon.

Rôle de défense

  • Effet barrière :
    Votre intestin est confronté à un défi important : tolérer les bactéries du microbiote, bénéfiques, tout en s’opposant efficacement à la colonisation des bactéries dangereuses, dites pathogènes. Le microbiote participe à cette fonction de barrière. Les « bonnes » bactéries du microbiote luttent directement contre les pathogènes par compétition pour les mêmes nutriments. Par ailleurs, certaines libèrent des molécules antimicrobiennes contre les germes pathogènes. Enfin, d’autres stimulent la production de mucus pour protéger les cellules intestinales des agressions et éviter les effets délétères sur votre organisme.
     
  • Stimulation du système immunitaire :
    Les bactéries de la flore intestinale interviennent dans la maturation et l’activation des cellules du système immunitaire intestinal qui vous protège contre les agressions d’agents pathogènes tels que les bactéries ou les virus. En effet, l’intestin représente le premier réservoir de cellules immunitaires de l’organisme. De son côté, le système immunitaire influence le microbiote dans sa composition et sa diversité.

 

Rôle sur la muqueuse intestinale

Le microbiote intestinal exerce une grande influence sur la maturation du tube digestif, en particulier sur la forme et l’épaisseur de la muqueuse intestinale, la production de mucus, l’irrigation des cellules de l’intestin et l’activité enzymatique de la muqueuse.

Les fonctions émergentes

De récentes études ont identifié d’autres rôles pour le microbiote. En effets, certaines bactéries de la flore intestinale pourraient avoir un rôle protecteur et d’autres un rôle inducteur de maladies inflammatoires, métaboliques, voire de troubles comportementaux et neurologiques. Un travail important de recherche est encore nécessaire pour identifier les mécanismes.

Pathologies

Les dérèglements du microbiote intestinal peuvent être à l'origine de perturbations touchant différentes zones du corps humain.

 

Agir sur le microbiote

Il existe 5 façons pour agir sur l'équilibre des microbiotes. Chacune d'elles a ses propres spécificités.