Le microbiote urinaire

Qu’est-ce que le microbiote urinaire et pourquoi est-il si important pour notre santé ?

L’appareil urinaire humain abrite de nombreux microorganismes qui peuvent jouer un rôle protecteur pour notre santé¹. Toute diminution de la diversité de la flore urinaire peut augmenter le risque de maladie². Si l’on a longtemps cru que l’urine était stérile, les recherches scientifiques récentes ont montré qu’il n’en est rien². Poursuivez votre lecture pour découvrir les progrès de la recherche sur le microbiote urinaire.

A propos de cet article

Publié le 22 septembre 2021

Mis à jour le 22 janvier 2025

Sommaire

Chapitres

Qu’est-ce que le microbiote urinaire exactement ?

Vous avez vraisemblablement moins entendu parler du microbiote urinaire que de ses deux homologues plus connus, le microbiote intestinal et le microbiote vaginal. Rien d’étonnant à cela puisqu’il s’agit d’un environnement moins riche et moins diversifié³ qui demande encore des recherches approfondies pour mieux en comprendre la fonction¹.

Des études récentes ont toutefois montré que l’appareil urinaire abrite un microbiote spécifique^4,5. Traditionnellement, les analyses d’urine reposant sur des méthodes de culture permettaient d’identifier les pathogènes (sidenote: Pathogène Un pathogène est un microorganisme qui cause, ou peut causer, une maladie. Pirofski LA, Casadevall A. Q and A: What is a pathogen? A question that begs the point. BMC Biol. 2012 Jan 31;10:6. ) responsables des infections urinaires, par exemple, Escherichia coli.

Les progrès accomplis dans les techniques de détection ont conduit à la découverte de nouvelles bactéries au sein du microbiote urinaire. Le genre Lactobacillus est souvent identifié, tandis que Gardnerella, Streptococcus et Corynebacterium tendent également à être présents dans une moindre mesure³. Par ailleurs, des communautés de champignons ont également été observées⁶.

De surcroît, bien que le nombre d’études dans ce domaine reste limité, la composition du microbiote urinaire des femmes semble être différent de celle des hommes⁷, ce qui n’est guère surprenant compte tenu des différences anatomiques et hormonales entre les deux sexes.

Pourquoi le microbiote urinaire joue-t-il un rôle important pour notre santé ?

Les microorganismes (sidenote: Micro-organismes Organismes vivants qui sont trop petits pour être vus à l'œil nu. Ils incluent les bactéries, les virus, les champignons, les archées, les protozoaires, etc… et sont communément appelés "microbes". What is microbiology? Microbiology Society. ) composant le microbiote urinaire peuvent jouer un rôle protecteur pour notre santé¹. Cependant, sous certaines conditions, ils peuvent également provoquer des infections urinaires².

Pour expliquer ce phénomène, plusieurs mécanismes ont été décrits : par exemple, les bactéries des genres Lactobacillus et Streptococcus sécrètent de l’acide lactique censé jouer un rôle protecteur contre les pathogènes⁸. L’acide lactique fait baisser le pH de l’urine (≈ 4,5), donnant naissance à un micro-environnement hostile pour la plupart des bactéries pathogènes.

D’autre part, les lactobacilles (sidenote: Lactobacilles Bactérie en forme de batônnet, dont la caractéristique principale est de produire de l’acide lactique. C’est pour cela que l’on parle de « bactéries lactiques ». Ces bactéries sont présentes chez l’homme au niveau des microbiotes oral, vaginal, intestinal, mais aussi sur les plantes ou chez les animaux. On peut les consommer dans les produits fermentés : produits laitiers comme certains fromages et yaourts, mais aussi des d’autres types d’aliments fermentés : les cornichons, la choucroute etc.. Les lactobacillus sont aussi consommés dans les probiotiques, certaines espèces étant reconnues pour leurs propriétés bénéfiques. W. H. Holzapfel et B. J. Wood, The Genera of Lactic Acid Bacteria, 2, Springer-Verlag, 1st ed. 1995 (2012), 411 p. « The genus Lactobacillus par W. P. Hammes, R. F. Vogel Tannock GW. A special fondness for lactobacilli. Appl Environ Microbiol. 2004 Jun;70(6):3189-94. Smith TJ, Rigassio-Radler D, Denmark R, et al. Effect of Lactobacillus rhamnosus LGG® and Bifidobacterium animalis ssp. lactis BB-12® on health-related quality of life in college students affected by upper respiratory infections. Br J Nutr. 2013 Jun;109(11):1999-2007. ) produisent d’autres substances – des métabolites antibactériens comme le peroxyde d’hydrogène – qui protègent également contre les pathogènes⁹. Tout comme le microbiote intestinal, le microbiote urinaire agit comme une barrière contre les pathogènes¹.

Quelles sont les maladies associées à un déséquilibre du microbiote urinaire ?

Comme tous les autres microbiotes (intestinal, pulmonaire…), le microbiote urinaire peut subir un déséquilibre de sa composition, appelé “dysbiose (sidenote: Dysbiose La « dysbiose » n’est pas un phénomène homogène : elle varie en fonction de l’état de santé de chaque individu. Elle est généralement définie comme une altération de la composition et du fonctionnement du microbiote, provoquée par un ensemble de facteurs environnementaux et liés à l’individu, qui perturbent l’écosystème microbien. Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232. ) ”⁹. Des études ayant comparé le microbiote urinaire de sujets en bonne santé à celui de patients souffrant de différentes affections urinaires ont permis d’identifier un lien entre ces maladies et la composition du microbiote urinaire.

En effet, les études publiées à ce jour ont montré que le microbiote urinaire joue un rôle indiscutable dans les infections urinaires^8,10. Par exemple, toute diminution de la diversité du microbiote urinaire peut augmenter le risque de contracter une infection urinaire¹¹.

Par ailleurs, certains troubles comme l’incontinence urinaire¹², la cystite interstitielle¹³ et les infections sexuellement transmissibles¹⁴ ont également été associés à une altération du microbiote urinaire.

Comment prendre soin de notre microbiote et avoir un impact direct sur celui-ci ?

Alimentation : chacun sait que l’alimentation peut avoir un impact direct sur le risque de contracter une infection urinaire. Certains aliments et produits diététiques (par exemple, le jus de canneberge ou les produits à base de lait fermenté contenant des probiotiques) peuvent contribuer à réduire le risque d’infection récurrente grâce à la régulation du microbiote⁸
Probiotiques : des probiotiques administrés par voie orale ou vaginale sont parvenus à diminuer les taux de récurrence des infections urinaires¹⁵
Eau : s’il est important de boire beaucoup d’eau, les chercheurs n’ont pas encore réussi à confirmer que cela peut permettre de guérir une infection urinaire¹

Toutes les informations contenues dans cet article proviennent de sources scientifiques autorisées. Ne perdez pas de vue toutefois que ces informations ne sont pas exhaustives. Consultez ici l’ensemble des études d’où nous avons tiré ces informations.

Sources

^{1 Whiteside SA, Razvi H, Dave S, et al. The microbiome of the urinary tract--a role beyond infection. Nat Rev Urol. 2015 Feb;12(2):81-90.}

^{2 Morand A, Cornu F, Dufour JC, et al. Human Bacterial Repertoire of the Urinary Tract: a Potential Paradigm Shift. J Clin Microbiol. 2019 Feb 27;57(3).}

^{3 Brubaker L, Wolfe AJ. The female urinary microbiota, urinary health and common urinary disorders. Ann Transl Med. 2017 Jan;5(2):34.}

^{4 Hilt EE, McKinley K, Pearce MM, et al. Urine is not sterile: use of enhanced urine culture techniques to detect resident bacterial flora in the adult female bladder. J Clin Microbiol. 2014 Mar;52(3):871-6.}

^{5 Pearce MM, Hilt EE, Rosenfeld AB, et al. The female urinary microbiome: a comparison of women with and without urgency urinary incontinence. mBio. 2014 Jul 8;5(4):e01283-14.}

^{6 Ackerman AL, Underhill DM. The mycobiome of the human urinary tract: potential roles for fungi in urology. Ann Transl Med. 2017 Jan;5(2):31.}

^{7 Lewis DA, Brown R, Williams J, et al. The human urinary microbiome; bacterial DNA in voided urine of asymptomatic adults. Front Cell Infect Microbiol. 2013 Aug 15;3:41.}

^{8 Aragón IM, Herrera-Imbroda B, Queipo-Ortuño MI, et al. The Urinary Tract Microbiome in Health and Disease. Eur Urol Focus. 2018 Jan;4(1):128-138.}

^{9 Levy M, Kolodziejczyk AA, Thaiss CA, et al. Dysbiosis and the immune system. Nat Rev Immunol. 2017;17(4):219-232}

^{10 Antunes-Lopes T, Vale L, Coelho AM, et al. The Role of Urinary Microbiota in Lower Urinary Tract Dysfunction: A Systematic Review. Eur Urol Focus. 2020 Mar 15;6(2):361-369.}

^{11 Horwitz D, McCue T, Mapes AC, et al. Decreased microbiota diversity associated with urinary tract infection in a trial of bacterial interference. J Infect. 2015 Sep;71(3):358-367.}